โรงเรียนบ้านบ่อหิน เริ่มก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ.2507 โดยมีนายกาญจน์ อินทรทองคำ ศึกษาธิการอำเภอบันนังสตา จังหวัดยะลา เป็นผู้ริเริ่มก่อสร้าง

และเปิดสอนตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม พ.ศ.2508 มีนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 จำนวน 20 คน

และมีครูผู้สอนคนแรกคือ นางมณีศรี  เชาว์ทอง และรักษาการตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านบ่อหิน ปัจจุบันเปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นอบาลปีที่ 2 ถึง

ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6