โรงเรียนบ้านมาลาตั้งขึ้นโดยราษฎรหมู่บ้านมาลา มีนายซาเดียะ ซียง เป็นผู้มอบที่ดินให้ทำการก่อสร้างอาคารเรียน ในเนื้อที่ 2 ไร่ 2 งาน เมื่อ พ.ศ. 2483 มีนายเจ๊ะเงาะ  ปาแว ผู้ใหญ่บ้านเป็นผู้ติดต่อประสานงานการก่อสร้างโรงเรียน โดยมีพันตรีประยูร  รัตนกิจ นายอำเภอเบตงเป็นผู้ควบคุมงานก่อสร้างในวงเงิน 1,850 บาท ซึ่งการศึกษาประชาบาลได้จัดสรรงบประมาณให้เป็นอาคารไม้ชั้นเดียวยกพื้นสูงขนาดกว้าง 8 เมตร ยาว 12 เมตร เปิดทำการสอนครั้งแรกวันที่ 11 พฤษภาคม 2483

ประวัติผู้บริหาร

1. นายสุพจน์  ศุภรัตน์ เป็นครูใหญ่คนแรก ต่อมา นายสุพจน์  ศุภรัตน์
2. นายเดช พวงมาลา เป็นครูใหญ่แทน ตั้งแต่วันที่ 1 กันยายน 2484 ต่อมา นายเดช  พวงมาลา ขอลาออกจากราชการมารับบำนาญเพราะสุขภาพไม่ดี
3. นายนรชัย  ชัยพานิชกุล เป็นครูใหญ่ ถึงวันที่ 20 มิถุนายน 2539 นายนรชัย  ชัยพานิชกุล ได้ขอปรับปรุงกำหนดตำแหน่งสายผู้สอนสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดยะลา ได้มีคำสั่งแต่งตั้งให้ นายนรชัย ชัยพานิชกุล ไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ 2 ระดับ 6 โรงเรียนบ้านยะรม
4. นายครื้น  มากจัน รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่
5. นายพิพัฒน์  คชฤทธิ์  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านมาลา วันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2535 ถึง วันที่ 15 ตุลาคม 2541
6. นายประสิทธิ์  อ้วนเส้ง  มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ วันที่ 2 พฤศจิกายน 2541 ถึง ในวันที่   15 พฤศจิกายน 2544
7. นายวันชัย  หวังสวาสดิ์ มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ วันที่ 16 พฤศจิกายน 2544 ถึงวันที่ 4 พฤศจิกายน  2546
8. นายสมมาต  ศรีใหม ผู้ช่วยหัวหน้าการประถมศึกษาอำเภอ ได้เดินทางมารักษาการในตำแหน่งสายงานบริหารในสถานศึกษา (อาจารย์ใหญ่ปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านมาลา) วันที่ 19 ธันวาคม 2546
9. นายพิเชษฐ์  อุบลสุวรรณ  ผู้ช่วยผู้อำนายการโรงเรียนบ้านยะหา รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านมาลา วันที่ 8 มกราคม 2548
10. นายทวัฒน์  จุลเสวก มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านมาลา วันที่ 24 มิถุนายน 2548 ถึง วันที่ 24 มีนาคม 2553
11. วันที่ 22 มีนาคม 2553 นายพิเชษฐ์  อุบลสุวรรณ มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านมาลา ถึงวันที่ 20 สิงหาคม 2546
12. วันที่ 6  ธันวาคม 2556  นางสาวซารีนา   เจ๊ะโด  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านมาลา ถึงวันที่ 18 พฤศจิกายน  2561
13. วันที่ 1 มีนาคม  2562  นางสาวอนุรี   แซ่ไว  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านมาลาถึง วันที่ 30 กันยายน 2566
14. วันที่ 1 ตุลาคม 2566 นางสาววรรณี หนูชูสุข มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านมาลา ถึงปัจจุบัน