โรงเรียนบ้านตาเนาะแมเราะเดิมชื่อโรงเรียนประชาบาลตาเนาะแมเราะ 2 ตั้งอยู่หมู่ที่ 4  ตำบลตาเนาะแมเราะ อำเภอเบตง จังหวัดยะลา  มีเนื้อที่ 29 ไร่ 3 งาน 84 ตารางวา   เปิดทำการสอนเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2482 โดยมีนายแสดง มารพันธ์ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่คนแรก ตั้งแต่วันที่ 6 กรกฎาคม 2482

          ปีการศึกษา 2529 โอนโรงเรียนสังกัดกระทรวงศึกษาธิการไปอยู่องค์การบริหารส่วนจังหวัดยะลา กระทรวงมหาดไทย

          ปีการศึกษา 2521 ได้เปลี่ยนหลักสูตร พ.ศ. 2503 มาใช้หลักสูตรประถมศึกษา ทำการสอนตั้งแต่ชั้นเด็กเล็กถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6

          ปีการศึกษา 2523 โอนโรงเรียนจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดยะลา กระทรวงมหาดไทย มาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ

          ปีการศึกษา 2529 คณะกรรมการประถมศึกษาจังหวัดยะลา ประกาศให้โรงเรียนบ้านธารไม้แก้ว  เป็นโรงเรียนสาขาโรงเรียนบ้านตาเนาะแมเราะ ตั้งแต่วันที่ 1 พฤษภาคม 2539 และได้รับอนุญาตให้เปิดสอนชั้นอนุบาลชนบท ตั้งแต่วันที่ 1 มิถุนายน 2539

          ปีการศึกษา 2530 คณะกรรมการประถมศึกษาจังหวัดยะลา ประกาศล้มเลิกโรงเรียนบ้านตาเนาะแมเราะ สาขาบ้านธารไม้แก้ว ตั้งแต่วันที่ 31 มีนาคม 2530

          ปีการศึกษา 2536 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีครูทำการสอน 12 คน นักเรียน 172 คน นักการภารโรง 2 คน

          ปีการศึกษา 2539 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 เปิดทำการสอนวิชาภาษาอังกฤษในชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 เป็นปีแรก

ปีการศึกษา 2540 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 ทำการสอนวิชาภาษาไทยแบบมุ่งประสบการณ์ภาษาไทยในชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 เป็นปีแรก และเปิดการสอนวิชาภาษาอังกฤษในชั้นประถมศึกษาปีที่ 2 เป็นการต่อเนื่องจากชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ของปีการศึกษา 2539

         ปีการศึกษา 2541 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีครู 11 คน นักเรียน 143 คน มีนักการภารโรง 2 คน

         ปีการศึกษา 2542 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีครู 11 คน นักเรียน 134 คน

         ปีการศึกษา 2543 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถังชั้นประถมศึกษาปีที่ 6  มีครู 10 คน  (เข้าโครงการเปลี่ยนเส้นทางชีวิต 1 คน) นักเรียน 134 คน

         ปีการศึกษา 2544 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีครู 8 คน นักเรียน 119 คน

         ปีการศึกษา 2545 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีครู 8 คน นักเรียน 153 คน

         ปีการศึกษา 2546 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีครู 8 คน นักเรียน 170 คน

         ปีการศึกษา 2547 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีครู 11 คน นักเรียน 147 คน

         ปีการศึกษา 2548 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีนักเรียน 133 คน

         ในปีการศึกษา 2548 ท่านครูทักษิณันตบริหารได้มอบคอมพิวเตอร์ให้โรงเรียน จำนวน 1 เครื่อง บริษัท ศูนย์เกษตรบางไทร จำกัด ได้มอบทุนการศึกษาให้นักเรียนจำนวน 50,000 บาท ในปีเดียวกันมีครูเอนก แสงศรีคำ ได้รับรางวัลครูต้นแบบปฏิรูปการศึกษา รางวัลครูเกียรติยศ สาขาสังคมศึกษา และเด็กหญิงชุติมา วงศ์อาจ , เด็กหญิงสุพัตรา มะหะหมัด ได้รับรางวัลจากมูลนิธิ ดร. เทียม คนละ 1 ทุนๆ ละ 2,000 บาท โดยได้จากการเขียนเรียงความ

         ปีการศึกษา 2549 เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีนักเรียน 136 คน ในปี 2549 โรงเรียนได้ซื้อเครื่องคอมพิวเตอร์จำนวน 1 เครื่อง เป็นจำนวนเงิน 28,600 บาท และได้งบประมาณซ่อมแซมอาคารเรียน ป1ก. พิเศษ อาคารเรียน 017126 และอาคารอเนกประสงค์ เป็นจำนวนเงิน 120,000 บาท และได้ปรับปรุงต่อเติมอาคารเรียน 017 ชั้นล่าง 2 ห้องเรียน ได้เงินงบประมาณ 80,000 บาท โรงเรียนได้รับรางวัลดีเด่นหนึ่งโรงเรียน หนึ่งนวัตกรรม ระดับภาค โครงการส่งเสริมสร้างสมานฉันท์ สานสัมพันธ์ สามศาสน์ ชายแดนใต้ ภูมิใจในความเป็นไทย โดยนวัตกรรมการศึกษาพัฒนาคุณธรรม จริยธรรมนักเรียนสู่มิติการรู้จักตนอันอุดม ได้รับรางวัลระดับดี ระดับภาคใต้ ได้เงินรางวัล 10,000 บาท โรงเรียนได้รับรางวัลสร้างสรรค์สิ่งแวดล้อมดีเด่นระดับภาคใต้ โครงการตามรอยพระยุคลบาท พลังงานน้ำภูเขาเสริมสร้างความรู้ เกื้อกูลชีวิต แบบเศรษฐกิจ ได้รับรางวัลเป็นเงิน จำนวน 60,000 บาท

       ปีการศึกษา 2556 เมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน 2556  นางพัชรี  เจ๊ะและ มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านตาเนาะแมเราะ

       ปีการศึกษา 2557  ได้รับงบประมาณจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน งบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนรวม สปช.101/26 จำนวน 1,727,000 บาท และงบประมาณซ่อมแซมอาคารประกอบ จำนวน 1,045,000 บาท

      ปีการศึกษา 2558  ได้รับงบประมาณก่อสร้างรั้ว จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน จำนวน 2,312,000 บาท

      ปีการศึกษา 2559 ได้รับงบประมาณจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน งบประมาณก่อสร้างลานกีฬาอเนกประสงค์ จำนวน 163,100 บาท และงบประมาณซ่อมแซมปรับปรุงอาคารที่พักนอนและสิ่งก่อสร้างประกอบ จำนวน 200,000 บาท

      ปีการศึกษา 2559 เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม 2559  องค์การบริหารส่วนตำบลตาเนาะแมเราะได้ขอใช้ ที่ดินราชพัสดุแปลงหมายเลข ยล 126 เลขที่ 0107 ของโรงเรียนบ้านตาเนาะแมเราะ เพื่อใช้ก่อสร้างลานกีฬาและศูนย์การเรียนรู้ประจำตำบล เพื่อเป็นสถานที่ออกกำลังกายและแหล่งบริการด้านความรู้                      และเทคโนโลยีสารสนเทศต่างๆ แก่เด็ก เยาวชนและประชาชนทั่วไป โดยมีสถานที่ขอใช้ได้ ดังนี้

      1. อาคารอเนกประสงค์ ขนาดกว้าง 20 ม. กว้าง 20 เมตร  ยาว 40 เมตร

      2. ห้องน้ำ ขนาดกว้าง 5.90 เมตร ยาว 17.90 เมตร

      3. โรงจอดรถ ขนาดกว้าง 18 เมตร ยาว 36 เมตร

      4. สนามฟุตบอล ขนาดกว้าง 64 เมตร ยาว 100 เมตร

      5. พื้นที่แปลงผักไฮโดรโปนิกส์

      6. ถนนทางเชื่อมโรงเรียนบ้านตาเนาะแมเราะ ขนาดกว้าง 5 เมตร ยาว 104 เมตร

      ปีการศึกษา 2561 เมื่อวันที่ 12 มกราคม 2561 องค์การบริหารส่วนตำบลตาเนาะแมเราะ  ได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารศูนย์เด็กเล็กบ้านตาเนาะแมเราะ (ข้างบ้านพักครู ด้านหน้าอาคารราชพฤกษ์)  และสิ่งก่อสร้างอื่นๆ ในบริเวณแนวเขตที่ดินราชพัสดุแปลงหมายเลข ยล 126 เลขที่ 0107 ที่ติดกับที่ดินขององค์การบริหารส่วนตำบลตาเนาะแมเราะ ตามลำดับ ได้แก่ ห้องน้ำ, ที่โรงจอดรถ, ลานจอดรถ, ลานคอนกรีต, และถนนคอนกรีตเสริมเหล็ก

      ปีการศึกษา 2561 เมื่อวันที่ 16 พฤศจิกายน 2561 นางสาวนิษฐเนตร  เทพเกื้อ  ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านจาเราะปะไต ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านตาเนาะแมเราะ

ปีการศึกษา 2561 โรงเรียนบ้านตาเนาะแมเราะปรับปรุงห้องผู้อำนวยการโรงเรียน, ห้องประชุม,  ปรับภูมิทัศน์ตกแต่งผนังห้องเรียนเป็นแหล่งเรียนรู้, ปรับปรุงห้องสมุดและห้อง ICT,  ปรับปรุงและเดินสายไฟฟ้าและไฟส่องสว่างภายในโรงเรียน, ปรับปรุงภูมิทัศน์ภายในโรงเรียน, ปรับปรุงและติดตั้งระบบกระจายเสียงภายในโรงเรียน, ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วมนักเรียนชาย 4 ที่/49  จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  จำนวน 510,000 บาท

      ปีการศึกษา 2561 เมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2562 โรงเรียนบ้านตาเนาะแมเราะได้รับการคัดเลือกจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน เข้าร่วมโครงการโรงเรียนคุณภาพประจำตำบล (1 ตำบล 1 โรงเรียนคุณภาพ)