โรงเรียนวัดปัณณารามเปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อวันที่๑๐ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๐๐  โดยอาศัยศาลาวัดเป็นที่จัดการเรียนการสอน ต่อมาได้สร้างอาคารเรียนแบบ ป ๑ ก. และเปิดใช้ทำการสอนเมื่อวันที่ ๑ กุมภาพันธ์พ.ศ.๒๕๑๓  หลังจากนั้นโรงเรียนได้พัฒนาเรื่อยมาจนถึงปัจจุบัน