โรงเรียนบ้านควนยวน มีระบบการบริหารจัดการโดยยึดหลักธรรมาภิบาล ผู้เรียนมีความรู้คู่คุณธรรม มีทักษะชีวิตตามปรัญาเศรษฐกิจพอเพียง เป็นต้นแบบสู่ชุมชนและพัฒนาสู่ความเป็นสากล