โรงเรียนสมาคมเลขานุการสตรี 3 เดิมชื่อโรงเรียนบ้านปลักแรด ก่อตั้งเมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2514  ตั้งอยู่หมู่ที่ 5 ตำบลสาคร อำเภอท่าแพ จังหวัดสตูลโดยนายเฉ็น  ลารีนู  เป็นผู้ริเริ่มการก่อสร้าง  ได้รับบริจาคที่ดินจากนายบ่าว   พาลิพัง จำนวน  8  ไร่  1  งาน  โดยความร่วมมือของราษฎรบ้านปลักแรดและหน่วยงานราชการที่เกี่ยวข้องในตอนนั้นเป็นอาคารเรียนชั่วคราว  เสาไม้กลม  มุงด้วยสังกะสีไม่มีฝากั้น  เปิดทำการสอนเมื่อวันที่  15   กรกฎาคม  2514  มีนักเรียนจำนวน 12 คน ชาย 9 คน หญิง 3 คน ครูใหญ่และครูผู้สอนเป็นคนเดียวกันคือ นายคะเน  เหมะรักษ์  โรงเรียนสมาคมเลขานุการสตรี 3ในตอนนั้นสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดสตูล

    อาคารเรียนชั่วคราวชำรุดทรุดโทรมตามสภาพ จำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้น  ทางกองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดน เขต 9  สงขลาได้รับพระราชทานเงินจากสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีซึ่งสมาคมเลขานุการสตรีแห่งประเทศไทยทูลเกล้าถวายเพื่อเสด็จพระราชกุศล ให้สร้างอาคารเรียนหลังใหม่  สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี ทรงเสด็จทำพิธีเปิดอาคารเรียน และพระราชทานนามโรงเรียนใหม่ ว่า   “ โรงเรียนสมาคมเลขานุการสตรี 3”  วันที่ 15  กรกฎาคม  2518   และองค์การบริหารส่วนจังหวัดสตูลได้ส่งมอบโรงเรียนให้กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดน เขต 9  สงขลาเป็นผู้ดูแลและจัดการศึกษา

    นายอาด  ลารีนู  ได้บริจาคที่ดินจำนวน  2  ไร่  1  งาน  ให้เป็นสมบัติของโรงเรียน  เพื่อให้ครบตามหลักเกณฑ์ในการขอทุนพระราชทาน  รวมโรงเรียนมีที่ดินทั้งหมด  10  ไร่  2  งาน

    1  มิถุนายน 2521 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนเขต 9 สงขลาได้โอนโรงเรียนสมาคมเลขานุการสตรี 3  ให้กับองค์การบริหารส่วนจังหวัดสตูลเป็นผู้ดูแลและบริหารจัดการ

    1  ตุลาคม  2523  โรงเรียนได้โอนการจัดการศึกษามาสังกัด สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ กระทรวงศึกษาธิการ 

    17  กรกฎาคม  2547  ได้มีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างการบริหารของกระทรวงศึกษาธิการ ตาม พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ 2547 และโอนการจัดการศึกษามาอยู่ในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) และ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสตูล เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน

            ผู้บริหารคนปัจจุบัน  คือ  นางสาวศิรานิจ หลังแดง