โรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็มใต้ ตั้งอยู่หมู่ที่10 ตำบลท่าท่าแพ แพ อำเภอจังหวัดสตูล ได้ริเริ่มก่อสร้างครั้งแรก เป็นอาคารชั่วคราวเมื่อปี พ.ศ. 2502 มีนายเจ๊ะหลี ใจสมุทร กำนันตำบลท่าแพได้ร่วมกับราษฎร จัดหาวัสดุและแรงงานช่วยกันสร้างในที่ดินสาธารณะของหมู่บ้าน มีเนื้อที่ 14 ไร่ 3 งาน 48 ตารางวา ตามทะเบียนที่ราชพัสดุที่ 314 มีนายอำเภอเมืองสตูลทำพิธีปิดทำการเรียนการสอน โดยมีนายโพยม ใจสมุทร ดำรงตำแหน่งเป็นครูใหญ่ เมื่อวันที่ 6 กันยายน 2502
ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2522 นายบ่าว อาดตันตรา ได้มอบที่ดินให้กับทางราชการเพื่อส่งเสริมการเรียนการสอน มีเนื้อที่ 1 ไร่ 2 งาน 28 ตารางวา ตามทะเบียนที่ราชพัสดุ 313
พ.ศ. 2505 โรงเรียนครูใหญ่ กำนัน กรรมการศึกษาและผู้ปกครองนักเรียนร่วมสร้างอาคารชั่วคราว มีขนาดกว้าง 6 เมตร ยาว 12 เมตร และทางราชการได้ให้งบประมาณสมทบมา 6,000 บาท
พ.ศ. 2510 จำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้น ห้องเรียนไม่เพียงพอกับจำนวนนักเรียน จึงได้ร่วมจัดสร้างต่อเติมอีก 1 ห้องเรียน
พ.ศ. 2512 - 2513 องค์การบริหารส่วนจังหวัดสตูล ได้จัดสรรโต๊ะ ม้านั่งนักเรียนจำนวน 15 ชุดโต๊ะครู 1 ชุด งบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1 ก จำนวน 1 หลัง 2 ห้องเรียน พร้อมครุภัณฑ์ เป็นเงิน 90,000 บาท
พ..ศ. 2514 องค์การบริหารส่วนจังหวัดสตูล ได้จัดสรรงบประมาณบ้านพักครู แบบกรมสามัญศึกษา จำนวน 1 หลัง เป็นเงิน 26,600 บาท
พ.ศ. 2520 องค์การบริหารส่วนจังหวัดสตูลได้จัดสรรสร้างอาคารเรียน แบบ ป.1 ก จำนวน 1 หลัง 3 ห้องเรียน เป็นเงิน 210,000 บาท พร้อมส้วม 1 หลัง 2 ที่นั่ง เป็นเงิน 8,000 บาทที่ 1 เลขที่ 191
พ.ศ. 2522 องค์การบริหารส่วนจังหวัดสตูล ได้จัดสรรงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1 ก จำนวน 1 หลัง 2 ห้องเรียน เป็นเงิน 250,000 บาท และส้วม 1 หลัง 2 ที่นั่ง เป็นเงิน 12,000 บาท
พ.ศ. 2523 องค์การบริหารส่วนจังหวัดสตูล ได้จัดสรรงบประมาณสร้างส้วมต่อเติม 2 ที่นั่ง และได้บรรจุนายกมล อาดตันตรา เป็นนักการภารโรงของโรงเรียน
พ.ศ. 2526 หน่วยเจาะบาดาลของ กรป.กลาง ได้ทำการเจาะบ่อน้ำให้กับโรงเรียนจำนวน 1 บ่อพร้อมอุปกรณ์เครื่องโยก และนายโพยม ใจสมุทร ได้เกษียณอายุราชการ สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูลจึงแต่งตั้งให้ ส.ต.ต.ผดุง ชนะภัย รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูลได้จัดสรรงบประมาณจัดทำสนามฟุตบอล เป็นเงิน 50,000 บาท
พ.ศ. 2527 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล ได้จัดสรรงบประมาณสร้างเรือนเพาะชำจำนวน 1 หลัง เป็นเงิน 10,000 บาท และได้แต่งตั้ง ส.ต.ต.ผดุง ชนะภัย ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ของโรงเรียน
พ.ศ. 2528 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล ได้จัดสรรงบประมาณต่อเติมอาคารเรียน แบบ ป.1 ก จำนวน 2 ห้องเรียน เป็นเงิน 280,000 บาท
พ.ศ. 2529 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล ได้จัดสรรงบประมาณซิอมแซมอาคารเรียนแบบ ป.1 ก จำนวน 2 ห้องเรียน เป็นเงิน 94,030 บาท สร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบ สปช.202/2526 จำนวน 1 หลัง เป็นเงิน 200,000 บาท และได้ย้าย ส.ต.ต.ผดุง ชนะภัย ไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็ม และแต่งตั้งนางอารยา พรหมสุนทร รักษาการในตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็มใต้
พ.ศ. 2530 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล ได้แต่งตั้ง นายสิทธิศักดิ์ แกสมาน เข้ามาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ของโรงเรียน
พ.ศ. 2533 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล ได้แต่งตั้งย้ายนายสิทธิศักดิ์ แกสมาน ไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านดุสน สปอ.ควนโดน และแต่งตั้งนายนิพร หวันตาหลา อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านวังปริง มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่แทน
พ.ศ. 2534 ได้เปิดรับนักเรียนก่อนประถมศึกษา ชั้นเด็กเล็ก 1 ห้องเรียน ชั้นอนุบาล 2 จำนวน 2 ห้องเรียน
พ.ศ. 2535 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล ได้จัดสรรงบประมาณเป็นเงิน 129,470 บาท ให้สร้างรั้วโรงเรียนแบบเสาคอนกรีต ลวดหนาม 0 ชั้น ใช้กั้นโยรอบโรงเรียนบนเนื้อที่ 14 ไร่ 3 งาน 48 ตารางวา บนที่ราชพัสดุที่ 314
พ.ศ. 2536 มีนักเรียนทั้งสิ้น 307 คน แบ่งชั้นเรียนได้ 13 ชั้นเรียน จึงมีห้องเรียนไม่เพียงพอแก่ชั้นเรียน คณะครูและผู้ใจบุญได้ร่วมกันบริจาคเงินสร้างอาคารเรียนชั่วคราว มีขนาดกว้าง 4 เมตร ยาว 18 เมตร จำนวน 1 หลัง โดยใช้เงินค่าก่อสร้าง ทั้งสิ้น 70,000 บาท
พ.ศ. 2537 ได้รับอนุญาตให้รื้อถอนบ้านพักครูที่มีอยู่ จำนวน 1 หลัง และได้ดัดแปลงเสาคอนกรีตที่มีเหลืออยู่เดิมก่ออิฐถือปูนโดยรอบ ติดตั้งวงกบประตู หน้าต่าง มุงหลังคากระเบื้อง ใช้เป็นสำนักงานห้องพักครู โดยใช้งบประมาณจากการบริจาคของครูในโรงเรียนเป็นเงิน 20,000 บาท และได้รับจัดสรรงบประมาณจากสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล เป็นเงิน 649,000 บาท ให้ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.102/26 ขนาด 3 ห้องเรียน พร้อมครุภัณฑ์ประจำห้องเรียนพ.ศ. 2538 ได้รับจัดสรรงบประมาณสร้างส้วม แบบ สปช.601/26 จำนวน 1 หลัง 2 ที่นั่ง เป็นเงิน 45,000 บาท พร้อมถังเก็บน้ำฝนแบบ ฝ.30 พิเศษ เป็นเงินงบประมาณ 70,000 บาท โดยสร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 30 สิงหาคม 2538
พ.ศ. 2539 โรงเรียนได้รับการคัดเลือกเป็นโรงเรียนปฏิรูปการศึกษา ได้รับงบประมาณปรับปรุง 3 ห้องเรียน คือห้องปฏิบัติการทางภาษา ห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์ ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ เป็นเงิน 44,939 บาทได้รับงบประมาณซ่อมแซมโรงเรียน เป็นเงิน 78,290 บาท ฝ่ายปกครองอำเภอท่าแพ จัดสรรถังน้ำไฟเบอร์กลาสให้จำนวน 4 ถัง สามารถบรรจุน้ำได้ 20,000 ลิตร และวันที่ 4 ธันวาคม 2539 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล มีคำสั่งย้ายนายนิพร หวันตาหลา ไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านแป-ระใต้ และแต่งตั้ง นายเก็ม หมีดหรน อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านวังปริง มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่แทน
พ.ศ. 2540 ปรับปรุงโรงเรียนให้เป็นปัจจุบันแล้วเสร็จ สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูลรับตรวจและอนุญาตให้โรงเรียนใช้จัดกิจกรรมการเรียนการสอนได้
พ.ศ. 2543 โรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างลานกีฬาอเนกประสงค์ เป็นเงิน 100,000 บาท
พ.ศ. 2545 คณะครูในโรงเรียนได้ร่วมบริจาคเงิน ปรับปรุงห้องพักครูและห้องสมุด เป็นเงิน 25,000 บาท
พ.ศ. 2546 ได้รับงบประมาณปรับปรุงประปาในโรงเรียนเป็นเงิน 12,900 บาท และงบจัดสรรตู้ห้องสมุดเป็นเงิน 8,420 บาท ทำการปรับปรุงปูพื้นกระเบื้องห้องเรียนอนุบาล 2 งบบริจาคเป็นเงิน 25,000 บาท จัดทำสนามเด็กเล่นงบ อบต.ท่าแพ ประมาณ 20,000 บาท ปรับปรุงอาคารอเนกประสงค์งบประมาณ 30,000 บาทงบบริจาค 40,000 บาท ปรับปรุงต่อเติมโรงอาหารงบบริจาค 150,000 บาท ปรับปรุงปูกระเบื้องฐานเสาธง งบบริจาค 4,000 บาท เรือนเพาะชำ งบประมาณ 20,000 บาท และจัดทำที่นั่งใต้ร่มไม้และแหล่งเรียนรู้ งบบริจาค 11,000 บาท ต่อเติมอาคารชั่วคราว งบประมาณ 5,000 บาท งบบริจาค 10,000 บาท ปรับปรุงห้องพยาบาล งบบริจาค 12,000 บาท ครุภัณฑ์ห้องสมุด งบประมาณ 38,000 บาท จัดทำป้ายจราจร งบบริจาค 2,000 บาท
พ.ศ. 2547 มีนักเรียนรวมทั้งสิ้น 240 คน มีห้องเรียน 8 ห้องเรียน ครู จำนวน 6 คน โรงเรียนต้องจ้างนายชินวัชร ท่าเทศ เป็นครูจ้างสอนก่อนประถมศึกษาด้วยการรับบริจาคเงินจากครูในโรงเรียนและผู้ปกครองนักเรียน ผู้บริหารสถานศึกษาได้จัดหางบประมาณสร้างสื่อ IT ในห้องสมุดของโรงเรียนเป็นเครื่องโปรเจคเตอร์ เป็นเงิน 50,000 บาท โรงเรียนได้รับการคัดเลือกเป็นโรงเรียนศูนย์เครือข่ายท่าแพ และมีผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็มใต้เป็นประธานศูนย์เครือข่ายท่าแพ
พ.ศ. 2548 มีนักเรียนทั้งสิ้น 219 คน มีห้องเรียนทั้งหมด 8 ห้องเรียน ครูจำนวน 9 คน โรงเรียนเป็นที่ตั้งศูนย์เครือข่ายท่าแพ โดยมีนายเก็ม หมีดหรน ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็มใต้เป็นประธานศูนย์เครือข่าย และแต่งตั้งนางสปีน๊ะ หมีนพราน ตำแหน่งครู โรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็มใต้ รักษาราชการแทนในกรณีที่ผู้อำนวยการสถานศึกษาไปราชการ โรงเรียนได้ดำเนินการปรับปรุงห้องส้วมนักเรียนโดยใช้งบประมาณ 14,000 บาท และได้รับจัดสรรจานดาวเทียมจำนวน 12 เครื่อง จากมูลนิธิการศึกษาทางไกลผ่านดาวเทียม
พ.ศ. 2549 มีนักเรียนจำนวน 233 คน คน มีห้องเรียนทั้งหมด 8 ห้องเรียน ครูจำนวน 9 คน โรงเรียนเป็นที่ตั้งศูนย์เครือข่ายท่าแพ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสตูลมีคำสั่งย้ายและแต่งตั้ง นายเก็ม หมีดหรน ไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านวังปริง และมีคำสั่งย้ายและแต่งตั้ง นางจุรีรัตน์ แคยิหวา มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็มใต้แทน เมื่อวันที่ 10 สิงหาคม 2549 โรงเรียนได้รับการคัดเลือกเข้าประกวดโรงเรียนพระราชทาน และโรงเรียนในฝันของโครงการ “หนึ่งอำเภอ หนึ่งโรงเรียนในฝัน ของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสตูล
พ.ศ. 2550 มีนักเรียนทั้งสิ้น 231 คน โรงเรียนร่วมกับชุมชนระดมทุนก่อสร้างป้ายชื่อโรงเรียน โรงเรียน คิดเป็นมูลค่าประมาณ 130,000 บาท ได้รับงบประมาณ (รายหัว) เป็นเงิน 239,451 บาท
เงินนอกงบประมาณจากหนังสือพิมพ์มติชน เป็นเงิน 220,500 บาท เพื่อปรับปรุงและยกระดับคุณภาพการศึกษาในโครงการโรงเรียน I See U 30 ปีมติชน
พ.ศ. 2551 โรงเรียนได้รับงบประมาณจากโครงการ “หนึ่งอำเภอ หนึ่งโรงเรียนในฝัน (โรงเรียนดีใกล้บ้าน) รุ่นที่ 2 สำหรับพัฒนาห้องสมุด เป็นเงิน 50,000 บาท และได้รับจัดสรรงบประมาณจัดซื้อเครื่องคอมพิวเตอร์ จำนวน 12 เครื่อง นอกจากนี้โรงเรียนและชุมชนได้ร่วมกันระดมทุนโดยการจัดกิจกรรมต่าง ๆ เช่น จัดการแข่งขันกีฬาฟุตบอล วอลเลย์บอล เปตอง ประชาชนทั่วไป และแข่งขันชกมวยสมัครเล่น เพื่อจัดหารายได้สมทบทุนการก่อสร้างรั้วหน้าโรงเรียนเป็นเงินทั้งสิ้น ประมาณ 200,000 บาทเศษ
ในปีการศึกษา 2551 โรงเรียนและชุมชน ได้ร่วมกันพัฒนายกระดับคุณภาพการศึกษาในทุก ๆ ด้านโดยเฉพาะการพัฒนาด้านอาคารสถานที่ ภูมิทัศน์ สภาพแวดล้อม และแหล่งเรียนรู้ต่าง ๆ ในโรงเรียนเข้าสู่มาตรฐานการศึกษา และผ่านการประเมินมาตรฐานได้รับการรับรองเป็น “โรงเรียนต้นแบบ โรงเรียนในฝัน โรงเรียนดีใกล้บ้าน” เมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ 2552
พ.ศ. 2552 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสตูลมีคำสั่งย้ายและแต่งตั้งนางจุรีรัตน์ แคยิหวา
ไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนวัดหน้าเมือง และมีคำสั่งแต่งตั้ง นางนารีรัตน์ โภชนาหาร ตำแหน่งครูโรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็มใต้ รักษาราชการแทน ในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็มใต้ เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม 2552 - วันที่ 27 พฤษภาคม 2553
พ.ศ. 2553 มีนักเรียนจำนวนทั้งหมด 142 คน มีห้องเรียนทั้งหมด 8 ห้องเรียน ครูจำนวน 8 คน โดยนายอาหลี ลิมานัน ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็มใต้ และเป็นประธานศูนย์เครือข่าย แต่งตั้งนางนารีรัตน์ โภชนาหาร ตำแหน่งครู โรงเรียนบ้านท่าน้ำเค็มใต้รักษาราชการแทนในกรณีที่ผู้อำนวยการสถานศึกษาไปราชการ