ประวัติความเป็นมาของสถานศึกษา
โรงเรียนบ้านควนโต๊ะเหลง ตั้งอยู่หมู่ที่ 4 ตำบลควนโดน อำเภอควนโดน จังหวัดสตูล เดิมชื่อว่า “โรงเรียนบ้านควนพระ” สังกัด กก.ตชด.ที่ 43 กองบัญชาการตำรวจชายแดน กรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย เมื่อวันที่ 26 พฤษภาคม 2531 ให้มาอยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติกระทรวงศึกษาธิการ และเมื่อวันที่ 31 เดือนมีนาคม พ.ศ.2546 ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนบ้านควนโต๊ะเหลง”
โรงเรียนนี้สร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ.2522 ด้วยความร่วมมือร่วมใจของประชาชนที่มองเห็นความสำคัญของการศึกษา เนื่องจากนักเรียนในหมู่บ้านต้องเดินทางไปเรียนที่หมู่บ้านอื่น ซึ่งอยู่ห่างประมาณ 3 - 4 กิโลเมตรโดยมอบหมายให้นายวาหาบ มาลินี เป็นตัวแทนขอความร่วมมือจากกองร้อย ต.ช.ด.ที่ 43 จังหวัดสตูล
โดยนายอับดลรอหมาน แกสมาน นายอนุ ตาเดอิน นายตอเหตุ แกสมานได้ร่วมบริจาคที่ดินเป็นจำนวน 11 ไร่ 2 งาน เพื่อใช้เป็นที่ตั้งของโรงเรียน โดยได้รับความร่วมมือจากหน่วยพัฒนาการเคลื่อนที่ 43 สตูล ในการปราบพื้นที่ ในปีแรกที่เปิดทำการสอนประชาชนในหมู่บ้านได้ร่วมบริจาคเงินครอบครัวละ 100 - 200 บาทเพื่อซื้อวัสดุอุปกรณ์ในการสร้างอาคารเรียนชั่วคราว เป็นจำนวนเงิน 9,000 บาท
ในปี พ.ศ. 2523 วิทยาลัยเทคนิคสตูล ได้ก่อสร้างเสาธงให้
ในปี พ.ศ.2525 สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ได้จัดสรรงบประมาณสร้างอาคารเรียนขนาด 6 × 8 เมตร จำนวน 3 ห้องเรียน และในปีเดียวกันหน่วยพัฒนาการเคลื่อนที่ 43 สตูล ได้สร้างรั้วคอนกรีตพร้อมประตูเหล็กเป็นเงิน 3,500 บาท
ในปี พ.ศ.2534 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบ สปช. 202/26 และส้วม แบบ สปช. 601/26 จำนวน 1 หลัง 3 ที่นั่ง รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 260,000 บาท และ 40,000 บาท ตามลำดับรวมเป็นเงินทั้งสิ้น 300,000 บาท
ในปี พ.ศ.2535 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช.105/29 จำนวน 1 หลัง 4 ห้องเรียน ในวงเงินทั้งสิ้น 1,500,000 บาท
ในปี พ.ศ.2535 ในปีเดียวกัน ผู้ปกครองนักเรียนและคณะครูได้ร่วมกันบริจาคทรัพย์สินและแรงงานสร้างห้องละหมาดขนาด 6 × 8 เมตร คิดเป็นเงินทั้งสิ้น 22,000 บาท จนแล้วเสร็จ สำหรับเป็นที่จัดกิจกรรมละหมาดของนักเรียนจนถึงปัจจุบันนี้
ในปี พ.ศ.2537 คณะนักศึกษาจากมหาวิทยาลัยรามคำแหง สมทบค่าแรงงานและค่าวัสดุร่วมกับผู้ปกครองนักเรียนสร้างอาคารห้องครัว ขนาด 7 × 10 เมตร โดยใช้เงินทั้งสิ้น 10,000 บาท ใช้เป็นโรงอาหารจนถึงปัจจุบัน
ในปี พ.ศ.2538 ได้รับงบประมาณสร้างถังน้ำซีเมนต์ แบบ ฝ.30 (พิเศษ ) พร้อมรางน้ำฝน ในวงเงินจำนวน 70,000 บาท
ในปี พ.ศ.2539 ได้รับงบประมาณต่อเติมอาคารเรียน แบบ สปช. 105/29 จำนวน 2 ห้องเรียน วงเงิน 140,000 บาท และเป็นอาคารเรียน สปช.105/29 ที่สมบูรณ์ คือ มี 8 ห้องเรียน
ในปี พ.ศ.2542 ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วม แบบ สปช.601/26 จำนวน 1 หลัง 2 ที่นั่ง วงเงิน 55,000 บาท
ในปี พ.ศ.2543 นายสาหรอ ปะดุกา อาจารย์ใหญ่ได้ขอลาออกจากราชการ นายสอาด มาลินี อาจารย์ 2 ระดับ 7 ได้รักษาการในตำแหน่งอาจารย์ใหญ่จนถึงวันที่ 3 พฤศจิกายน 2543
ในวันที่ 3 พฤศจิกายน 2543 นายน่าเสด หลีเส็น ได้เดินทางมารับตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ตามคำสั่งสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูลในวันอังคารที่ 7 พฤษภาคม 2545 นายพงศักดิ์ แสงวรทิพย์ อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านดูสน ได้เดินทางมารับตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านควนโต๊ะเหลงตามคำสั่งสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูลที่ 80/2545 ลงวันที่ 23 เมษายน 2545
ในปีการศึกษา 2547 ทางโรงเรียนได้ปรับปรุงอาคารเรียน ต.ช.ด.เป็นห้องประชุม เพื่อใช้ในการจัดกิจกรรมการเรียนเรียนการสอนและใช้ในการประชุมผู้ปกครองนักเรียนในโอกาสต่าง ๆ โดยคณะครู เป็นผู้ออกค่าใช้จ่าย โดยใช้งบประมาณ 25,000 บาท
ในวันที่ 12 ธันวาคม 2550 นายมานิต สาดีน ได้มารับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านควนโต๊ะเหลง ต่อมานายพงศักดิ์ แสงวรทิพย์ ได้ย้ายมารับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านควนโต๊ะเหลงและเกษียณอายุก่อนกำหนดเมื่อ วันที่ 30 กันยายน 2555 โดยมีนายอุทัย อุสมาเป็นผู้รักษาราชการแทน
ต่อมานายผลศักดิ์หาหลัง ได้มารับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนและย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนอื่นโดยมีนายอุทัย อุสมาเป็นผู้รักษาราชการแทน
วันที่ 19 มีนาคม พ.ศ. 2558 นางพูลทรัพย์ คชฤทธิ์ ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนจนถึง วันที่ 26 พฤศจิกายน 2559 และย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านควนโต๊ะเหลงปฏิบัติราชการแทนผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมพัฒนาภาคใต้ 1
วันที่ 27 พฤศจิกายน 2559 - 22 ธันวาคม 2559 นายสะอาด มาลินี เป็นผู้รักษาราชการแทน
วันที่ 23 ธันวาคม 2559 นางฮาสาน๊ะ ยีปันจอ ได้เข้ามารับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนิคมพัฒนาภาคใต้ 1 ปฏิบัติราชการแทนผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านควนโต๊ะเหลงจนถึงวันที่ 15 พฤษภาคม 2561
ต่อมา วันที่ 16 พฤษภาคม 2561 นางฮาสาน๊ะ ยีปันจอ ได้รับคำสั่งย้ายให้เข้ามาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านควนโต๊ะเหลงจนถึงปัจจุบัน