โรงเรียนบ้านขอนคลาน   จัดตั้งเมื่อ พ.ศ.๒๔๘๑ โดยขุนยงค์มะหงัง  กำนันตำบลมะหงัง 
นายย่อง จ้งซุ่น  และราษฎรหมู่ที่ ๓  จัดสร้างอาคารเรียนชั่วคราวในที่ดินที่ขุนยงค์มะหงังบริจาค เปิดทำการสอนอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ ๑๑ มกราคม ๒๔๘๑   มีนายกระแสร์ ใจสมุทร  เป็นครูใหญ่  และทำการสอน ชื่อ “โรงเรียนประชาบาลตำบลมะหงัง”        
          พ.ศ.๒๔๘๕ ทางราชการได้เปลี่ยนชื่อตำบลเป็นตำบลขอนคลาน โรงเรียนจึงเปลี่ยนชื่อเป็น“โรงเรียนประชาบาลตำบลขอนคลาน”  ตามชื่อหมู่บ้าน  ต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนบ้านขอนคลาน”จนถึงปัจจุบัน 
          วันที่  ๖  มิถุนายน ๒๔๙๘ ได้เปลี่ยนสถานที่โรงเรียน  ไปสร้างที่บ้านขอนคลานตะวันออก ในที่ดินที่เอกชนบริจาค  เนื่องจากที่เดิมอยู่ริมคลองวังวนถูกน้ำทะเลกัดเซาะและคลื่นสาดดินพังทลาย สร้างอาคารเรียนเรียนเสร็จ จะทำการเปิดในวันที่ 24 มิถุนายน 2498  ปัจจุบันตั้งอยู่ที่ หมู่ที่ ๓ บ้านขอนคลานตะวันตก ตำบลขอนคลาน 
          ผู้ใหญ่บ้านหมู่ที่  ๑        ชื่อ   นายสมนึก   ขุนแสง
          ผู้ใหญ่บ้านหมู่ที่  ๓        ชื่อ   นายนิพนธ์   กูลหลัง
          กำนันตำบลขอนคลาน    ชื่อ   นายประพันธ์    ขาวดี   
          ประธานองค์การบริหารส่วนตำบลขอนคลาน  ชื่อ   นายโชติ    ดำอ่อน
          สภาพชุมชนรอบบริเวณโรงเรียนมีลักษณะชุมชนชาวประมง  ประชาชนมีอาชีพหลักคือทำประมงชายฝั่ง  ทำการเกษตร  ทำสวนมะพร้าว  รับจ้างเลี้ยงกุ้ง  มีประชากรประมาณ  ๑,๕๐๐  คน  บริเวณใกล้เคียงโดยรอบโรงเรียนเป็นที่ราบชายฝั่งทะเลและป่าโกงกาง  มีป่าชายเลนเป็นแนวกั้นเขตระหว่างชายฝั่งทะเลกับที่ราบ   ส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลาม  ประเพณี/ศิลปวัฒนธรรมท้องถิ่นที่เป็นที่รู้จักโดยทั่วไปคือ  ประเพณีเข้าสุนัต  ประเพณีแต่งงานตามหลักศาสนาอิสลาม (นิก๊ะห์)  งานศพตามแบบอิสลาม  ผู้ปกครองส่วนใหญ่จบการศึกษาระดับประถมศึกษาและมัธยมบ้างเล็กน้อย นับถือศาสนาอิสลาม คิดเป็นร้อยละ  ๙๙  ฐานะทางเศรษฐกิจ/รายได้โดยเฉลี่ยต่อปี  ๔๕,๐๐๐ บาท  จำนวนคนเฉลี่ยต่อครอบครัว  ๔-๕  คน