โรงเรียนบ้านควนล่อน  สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  กระทรวงศึกษาธิการ ตั้งอยู่หมู่ที่ 3 ตำบลควนกาหลง อำเภอควนกาหลง จังหวัดสตูล ก่อตั้งเมื่อวันที่  6 มิถุนายน พ.ศ. 2520 โดยนายสว่าง ปาณะศรี ราษฎรหมู่ที่ 3 ได้บริจาคที่ดินให้แก่โรงเรียน จำนวน 30 ไร่ประชาชนได้ร่วมสร้าง อาคารเรียนชั่วคราว ขนาดกว้าง 6 เมตร  ยาว 18 เมตร จำนวน 1 หลัง โดยมีนายบัญชา  กาฬวงศ์ เป็นครูใหญ่คนแรก

          พ.ศ. 2520 นิคมพัฒนาภาคใต้ จังหวัดสตูล ได้มอบโต๊ะ-เก้าอี้นักเรียน อุปกรณ์การเรียน และสภาตำบลควนกาหลงได้อนุมัติเงิน จำนวน 9,980 บาท สร้างอาคารเรียนชั่วคราว จำนวน 2 หลัง มอบให้โรงเรียน และได้ย้ายไปทางทิศตะวันตก ห่างจากที่เดิม 150 เมตร 

          พ.ศ. 2522 โรงเรียนได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน แบบ ป 1 ก ขนาด 4 ห้อง จำนวน 1 หลัง เป็นเงิน 320,000 บาท และส้วมขนาด 3 ที่นั่ง เป็นเงิน 30,000 บาท

          วันที่ 25 ธันวาคม 2528 กรมธนารักษ์ ได้ส่งเจ้าหน้าที่ราชพัสดุมาปักหลักเขตที่โรงเรียน รวมเนื้อที่ทั้งหมด 52 ไร่ 2 งาน 85 ตารางวา

          ปีการศึกษา 2532 โรงเรียนได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนที่ได้รับรางวัลพระราชทาน ระดับประถมศึกษาขนาดเล็ก

          กรกฎาคม พ.ศ. 2546 โรงเรียนบ้านควนล่อน ผ่านการรับรองคุณภาพการศึกษาจากการประเมินคุณภาพภายนอกโดยสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.) รอบแรก

          มิถุนายน พ.ศ. 2549 โรงเรียนบ้านควนล่อน ผ่านการรับรองคุณภาพการศึกษาจากการประเมินคุณภาพภายนอกโดยสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.) รอบสอง

          มิถุนายน พ.ศ. 2554 โรงเรียนบ้านควนล่อน ผ่านการรับรองคุณภาพการศึกษาจากการประเมินคุณภาพภายนอกโดยสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.) รอบสาม

          มิถุนายน พ.ศ. 2564 โรงเรียนบ้านควนล่อน ผ่านการประเมินคุณภาพภายนอก (สมศ.)  โดยสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.)

          ตุลาคม พ.ศ. 2564 โรงเรียนบ้านควนล่อนได้รับงบประมาณซ่อมแซมหลังคา อาคารเรียน ป1ก 4 ห้องเรียน จำนวน 381,600 บาท

          สิงหาคม พ.ศ. 2565 โรงเรียนบ้านควนล่อน ผ่านการประเมินโรงเรียนคุณธรรม สพฐ. โรงเรียนดีระดับ 3 ดาว  โดยเขตตรวจราชการที่ 5 (ชุมพร สุราษฎร์ธานี นครศรีธรรมราช พัทลุง สงขลา สตูล)

          พ.ศ. 2565 โรงเรียนบ้านควนล่อน ได้รับป้ายโรงเรียนปลอดภัย ประกัยภายในสถานศึกษา พ.ศ. 2565 โดยสยามสไมล์

          กรกฎาคม พ.ศ.2566 โรงเรียนบ้านควนล่อน บันทึกข้อตกลงความร่วมมือโครงการสงวนและอนุรักษ์พื้นที่สีเขียวในที่ราชพัสดุ จังหวัดสตูล พ.ศ.2566 ระหว่าง สำนักงานธนารักษ์พื้นที่สตูล กับ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสตูล

          พฤศจิกายน พ.ศ. 2566 โรงเรียนบ้านควนล่อนได้รับงบประมาณซ่อมแซมอาคารเรียน (อื่นๆ) ชั้นเดียว 3 ห้องเรียน จำนวน 227,000 บาท