โรงเรียนบ้านบ่อหิน ก่อตั้งขึ้นเมื่อ พุทธศักราช 2471 เดิมชื่อโรงเรียนประชาบาลตำบลโต๊ะละใต้ เปิดการเรียนการสอน ณ บ้านพักขุนภิรมย์กำนันโต๊ะละใต้แิ่งอำเภอทุ่งหว้า เขตปกครองของอำเภอละงู จังหวัดสตูล (ปัจจุบันบริเวณดังกล่าวตั้งอยู่บริเวณหนองน้ำหมู่ที่ 2 ตำบลเขาขาว) โดยมีครูใหญ่คนแรก คือ นายตุด  อโณทัย ปฎิบัติหน้าที่ระหว่าง พุทธศักราช 2471 - 2472

      ต่อมาปี พุทธศักราช 2497 ได้ย้ายโรงเรียนมาตั้ง ณ สถานที่ปัจจุบัน (หมู่ที่ 3 ตำบลเขาขาว อำเภอละงู จังหวัดสตูล) โดยการอนุมัติจากพระยาสมันตรัฐบุรินทร์ ผู้ว่าราชการจังหวัดสตูล 

      โรงเรียนบ้านบ่อหินในปัจจุบันมีพื้นที่ 15 ไร่ 1 งาน 43 ตารางวา มีอาคาร 6 หลัง เปิดทำการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6