โรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าวเปิดการสอนครั้งแรก เมื่อวันที่ 1  มิถุนายน 2508 โดยทางราชการอนุญาตให้เปิดทำการสอนตั้งแต่วันที่ 1 เดือนพฤษภาคม 2508 แต่เนื่องจากอยู่ในระยะปิดเรียนภาคปลายทางราชการจึงมิได้แต่งตั้งผู้ใดมาปฏิบัติราชการต่อมาเรื่องวันที่ 25 เดือนพฤษภาคมในปีเดียวกัน ทางราชการจึงได้แต่งตั้ง นายประมูล  ชาชะ  เป็นครูโรงเรียนบ้านทุ่งมาช่วยราชการในโรงเรียน
           โรงเรียนจึงได้ปลูกสร้างอาคารเรียนแบบชั่วคราวหลังคามุงจาก มีขนาดกว้างประมาณ 6 เมตร ยาว  13 เมตร  โดยได้รับความร่วมมือกันระหว่างผู้ใหญ่บ้านและราษฎรในท้องที่เป็นอย่างดี การปลูกสร้างอาคารเรียนใช้เวลา 3 วัน ก็แล้วเสร็จลงได้ทำการเปิดสอนในวันและเวลาดังกล่าว มีนักเรียนมาเข้าเรียนทั้งหมด  28 คน ดังนี้                        นักเรียนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1     จำนวน  16  คน
                      นักเรียนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 2     จำนวน   4   คน
                      นักเรียนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 3     จำนวน   6   คน
                      นักเรียนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 4     จำนวน   2   คน

           ผู้มาร่วมในการเปิดเรียนในวันนั้นมี นายเร๊ะ  ชายเหตุ  ผู้ใหญ่บ้านหมู่ที่ 5 ตำบลละงู และราษฎรมาร่วมประมาณ 30 คนเศษ
           ต่อมาในเดือนตุลาคม 2508 ทางราชการได้สร้างอาคารเรียนแบบวาตภัย (0025) มีขนาด 2 ห้องเรียน ด้วยเงินงบประมาณ 30,000 บาท การก่อสร้างอาคารเรียนดังกล่าวแล้วเสร็จทางโรงเรียนจึงได้ย้ายนักเรียนมาจากอาคารเรียนแบบชั่วคราวมาเรียนในอาคารเรียนหลังใหม่ในเดือนตุลาคม ปีเดียวกัน
           วันที่ 28 กรกฎาคม 2517  ทางจังหวัดพิจารณาเห็นว่ามีความจำเป็นและเหตุผลหลายประการจึงได้สั่งให้นายประมูล ชาชะ ตำแหน่งครูใหญ่โท โรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าวไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โทโรงเรียนบ้านท่ายาง และนายอำพล  แอนุ้ย  ตำแหน่งตรี โรงเรียนนี้ให้รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ต่อไป ตั้งแต่วันที่ 24 กรกฎาคม 2517 เป็นต้นไป
           ในปี พ.ศ. 2517  โรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าวได้รับอนุมัติจัดสรรงบปลูกสร้างบ้านพักครู เนื่องจากสภาพที่ตั้งของโรงเรียนอยู่ห่างไกลจากตัวเมืองไม่สะดวกในการเดินทางของข้าราชการครู จึงอนุมัติเงินจำนวน 65,000 บาท
           ในปีการศึกษา 2522  ทางองค์การบริหารส่วนจังหวัดได้จัดสรรงบประมาณ 10,000 บาท ให้สร้างส้วมแบบ 401 กรมสามัญศึกษาจำนวน 2 ที่นั่งและใช้เป็นสุขาของโรงเรียนและในปีนี้ นายทองขาว ยาบา ได้บริจาคที่ดินเป็นสวนยางพาราและสวนมะพร้าวมีเนื้อที่ 3 ไร่ให้เป็นทรัพย์สมบัติของโรงเรียนและใช้ประโยชน์ให้กับโรงเรียน
           วันที่ 1 มีนาคม 2523  องค์การบริหารส่วนจังหวัดได้แต่งตั้งนายประเสริฐ  อโนทัย   ตำแหน่งผู้ช่วยครูใหญ่โรงเรียนบ้านปากบารามาดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าว  และได้รับมอบหมายหน้าที่การงานจาก นายหน่าย เรืองพริ้ม  ครู 1 รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่
            ปีการศึกษา 2523 โรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าวได้เปิดทำการขยายชั้นเรียนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 เป็นของตนเอง (แต่ก่อนยังอาศัยเปิดในชื่อโรงเรียนคลองน้ำเค็ม)
            ปีการศึกษา 2524 ทางสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูลได้จัดสรรเงินงบประมาณ 16,000 บาท เพื่อสร้างส้วมแบบ 401 กรมสามัญศึกษา จำนวน 2 ที่นั่ง เริ่มสร้างเมื่อวันที่  25 มกราคม 2525 ใช้เป็นสุขาประจำโรงเรียนในปีเดียวกัน ทางโรงเรียนได้รับอนุมัติให้เปิดขยายชั้นเรียนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีครูจำนวน  8 คน
           มกราคม  2526  คณะกรรมการศึกษาได้ประชุมตกลงกันสละเงินส่วนตัวคนละ 100 บาท และหาเงินสมทบอีก 4,000  บาท ทำการว่าจ้างรถแทรคเตอร์เพื่อทำสนามหน้าโรงเรียนพร้อมใช้การได้ และขุดบ่อเลี้ยงปลาเป็นของโรงเรียน
           ปีการศึกษา 2527 (มกราคม 2528) ทางโรงเรียนได้รับการจัดสรรงบประมาณจากสภาตำบลละงู ขุดสระเก็บน้ำขนาด 40*100*4  เมตร  ให้เป็นกรรมสิทธิ์ของโรงเรียนในที่ดินของโรงเรียนและนำดินที่ขุดนั้นถมพื้นที่บริเวณโรงเรียนทั้งหมดด้วย
           วันที่ 1 ธันวาคม 2530  สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล ได้แต่งตั้ง นายบุญมาก สองเมือง  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทนนายประเสริฐ อโนทัย  ซึ่งย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านนาพญา  โรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าวมีครูทั้งหมด 7 คน มีวิทยากรสอนศาสนา 1 คน
           ในปีงบประมาณ 2531  ทางสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูลได้จัดสรรงบประมาณสร้างอาคารเอนกประสงค์แบบ สปช. 202/26 จำนวน 1 หลัง งบประมาณ 200,000 บาท และอาคารเรียนแบบ ป1ก ขนาด 4 ห้องเรียนงบประมาณ  520,000 บาท และได้มีการส่งมอบงานจ้าง โดยมีหัวหน้ากาประถมศึกษาอำเภอละงู นายพินิจ ไพจิตจินดา อาจารย์ 2 ระดับ 5 โรงเรียนละงู และคณะมาดูและตรวจงานในครั้งนี้
           ในปี พ.ศ. 2537  สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดสตูล  ได้แต่งตั้ง นายสมทบ ฉันทะอุไร มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทนนายบุญมาก สองเมือง อยู่ในตำแหน่ง  6 ปี
           ในปี พ.ศ. 2542   นายผัน   ชูช่วย  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ อยู่ในตำแหน่ง 5 ปี
           ในปี พ.ศ. 2547  นายเจริญ    นิติวิศิษฎ์กุล  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าว แต่เนื่องจากไม่ค่อยได้เข้าโรงเรียน ทำให้อยู่ในตำแหน่ง 3 ปี ก่อนที่จะโดยออกจากราชการ
           ในปี พ.ศ. 2549  สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสตูล  ได้แต่งตั้งนายอารีย์  หวันตาหลา มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าว และย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านตะโละใส ในปี 2551
           ในปี พ.ศ. 2551 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสตูล  ได้แต่งตั้งนายภาณุมาศ  เพชรรัตน์  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าว  โดยได้ทำการปรับปรุงภูมิทัศน์บริเวณรอบโรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าวและสร้างอาคารห้องสำนักงานในปัจจุบัน
           วันที่ 9 ธันวาคม 2553 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสตูล ได้แต่งตั้งนายสุรพงษ์  สาแล่หมัน  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าว
           วันที่ 22 ธันวาคม  2557 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสตูล ได้แต่งตั้งนายปรีชา  หมีนคลาน  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าว
           วันที่ 17 พฤษภาคม 2564 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสตูล ได้แต่งตั้งนายเอกวิทย์สาโส๊ะ  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าว

             โรงเรียนบ้านห้วยมะพร้าว   เป็นโรงเรียนประถมศึกษา ในศูนย์เครือข่ายละงู  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสตูล    สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  จัดการศึกษาตั้งแต่ระดับอนุบาลปีที่ 2  ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6   มีนักเรียนทั้งหมด  149  คน (ข้อมูล 10 มิถุนายน  2565)