โรงเรียนบ้านคลองน้ำเค็มเดิมตั้งอยู่หมู่ที่ ๕ ตำบลละงู จังหวัดสตูล ต่อมาได้ย้ายมาอยู่ที่สะพานไม้แก่น ตั้งอยู่หมู่ที่ ๑๖ ตำบลละงู อำเภอละงู   จังหวัดสตูล เปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ ๑๘ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๐๘  ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ – ๔ มีจำนวนนักเรียน ๖๒ คน มีนายสำราญ สฤษฎีพีรพันธุ์ เป็นครูใหญ่คนแรก ต่อมาได้ปรับปรุงและพัฒนาเรื่อยมาตามลำดับ จนปี พ.ศ. ๒๕๓๖ นายสมาด มินขาว ซึ่งดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ ได้เปิดขยายโอกาสทางการศึกษาปัจจุบันเปิดสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล ๒ จนถึง ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓  มีหมู่บ้านในเขตบริการ  ๑  หมู่บ้าน อยู่ห่างจากตัวจังหวัดสตูล  ๕๐  กิโลเมตร  อยู่ห่างจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสตูล ระยะ  ๔๕  กิโลเมตร  เป็นโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา

ในปีการศึกษา ๒๕๕๖  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๑๓๑ คน
ในปีการศึกษา ๒๕๕๗  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๑๓๙ คน
ในปีการศึกษา ๒๕๕๘  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๑๔๒ คน
ในปีการศึกษา ๒๕๕๙  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๑๒๖ คน
ในปีการศึกษา ๒๕๖๐  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๑๒๗ คน
ในปีการศึกษา ๒๕๖๑  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๑๑๗ คน
ในปีการศึกษา ๒๕๖๒  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๑๑๐ คน

ในปีการศึกษา ๒๕๖๗  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๖๓   คน
ในปีการศึกษา ๒๕๖๘  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๖๙   คน

ในปีการศึกษา ๒๕๖๙  มีนักเรียนทั้งสิ้น  ๖๔   คน