โรงเรียนบ้านเกาะยะระโตดนุ้ย  ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 12 สิงหาคม  2501  โดยคณะราษฎรในชุมชนช่วยกันสร้าง   ได้อาศัยงบประมาณของทางราชการ โดยสร้างอาคารสถานที่ชั่วคราว ขนาด 8  X 10   เมตร   จำนวน 1 ห้องเรียน   ในพื้นที่จำนวน 1  ไร่   ซึ่งนาย น่าฮู  เส็นสมมาตร เป็นผู้บริจาคที่ดิน      คณะครูโรงเรียน  ผู้ใหญ่บ้านและราษฎรในหมู่บ้านร่วมกันสละเงินจัดซื้อที่ดิน   ที่มีอาณาเขตติดต่อกับที่ดินของโรงเรียน ซึ่งมีเนื้อที่ 2 งาน 42 ตารางวา  ในราคา 1,500 บาท มอบให้เป็นสมบัติของโรงเรียน และร่วมมือกันจัดสร้างอาคารเรียน  แทนหลังแรก ซึ่งชำรุดทรุดโทรมจนใช้การไม่ได้ อาคารหลังที่ 2  นี้ เป็นอาคารกึ่งถาวร   ขนาด 6 X 10  เมตร

ปี พ. ศ  2514   ได้จัดสรรงบประมาณ 80,000บาท สร้างอาคารแบบ ป.1 ก ขนาด 2 ห้องเรียน 

ปี พ.ศ.  2523  ได้รับจัดสรรงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ  ป.1ก ขนาด  2 ห้องเรียน

ปี พ.ศ.  2532  ทางโรงเรียนขยายชั้นเรียนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 ,6

ปี พ.ศ. 2537   เปิดเรียนชั้นอนุบาล 1 และอนุบาล 2

                         ปัจจุบันโรงเรียนบ้านเกาะยะระโตดนุ้ย  มีพื้นที่ 1 ไร่  2  งาน 42  ตารางวา มีอาคารเรียน  2  หลัง  6  ห้องเรียน ส้วม  1  หลัง  4  ที่นั่ง  บ้านพักครู 2 หลัง