โรงเรียนบ้านท่าหิน ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๙ โดยทางราชการร่วมมือกับนายอุหมาก ผู้ใหญ่บ้านหมู่ที่ ๖ ตำบลควนขัน อำเภอเมือง จังหวัดสตูล และผู้ปกครองนักเรียน เปิดการเรียนการสอน เมื่อวันที่ ๑ มิถุนายน ๒๕๐๙ มีนักเรียนจำนวน ๒๐ คน ได้อาศัยบ้านของนายอุหมาก เส็นลีหมาด เป็นสถานที่จัดการเรียนการสอนชั่วคราว
พ.ศ. ๒๕๑๐ ได้รับงบประมาณ ๓๕,๐๐๐ บาท จัดสร้างอาคารเรียนแบบ ป ๑ ข (วาตภัย) จำนวน ๑ หลัง ๒ ห้องเรียน ได้จัดสร้างในที่ทุ่งเลี้ยงสัตว์ ซึ่งอยู่ในความครอบครองของนายล๊ะ สามิน
พ.ศ. ๒๕๑๘ ได้รับเงินอุดหนุนจากสภาตำบลควนขัน เป็นเงิน ๑๕,๙๐๐ บาท ซ่อมแซมและต่อเติมอาคารเรียนแบบ ป ๑ ข
พ.ศ. ๒๕๑๙ ได้รับเงินอุดหนุนจากสภาตำบลควนขัน เป็นเงิน ๑๐,๐๐๐ บาท ได้สร้างถนนทางเข้าโรงเรียนระยะทาง ๓๐๐ เมตร กว้าง ๖ เมตร
พ.ศ. ๒๕๒๐ ได้รับงบประมาณ จำนวน ๒๘๐,๐๐๐ บาท สร้างอาคารเรียนแบบ ป ๑ ก จำนวน ๑ หลัง ๔ ห้องเรียน
พ.ศ. ๒๕๒๔ ได้รับงบประมาณ ๑๔๐,๐๐๐ บาท ต่อเติมอาคารเรียนแบบ ป ๑ ข โดยเปลี่ยนเสาไม้ฝังดินเป็นเสาตอม่อคอนกรีตเสริมเหล็ก ตีฝ้าเพดานและเปลี่ยนบันไดไม้เป็นบันไดคอนกรีตเสริมเหล็ก
พ.ศ. ๒๕๓๑ ได้รับงบประมาณจัดสรรสร้างถังเก็บน้ำฝนคอนกรีตเสริมเหล็ก ๑ ชุด ๔ ถัง
พ.ศ. ๒๕๓๒ สำนักงานเร่งรัดพัฒนาชนบทได้มอบวัสดุก่อสร้างถังปูนฉาบสำหรับเก็บน้ำฝน ขนาด ๑.๕ เมตร จำนวน ๔ ถัง ในปีเดียวกันได้รับงบประมาณติดตั้งไฟฟ้าภายในโรงเรียน
พ.ศ. ๒๕๓๓ ได้รับงบประมาณ ๒๕๐,๐๐๐ บาท สร้างอาคารเอนกประสงค์แบบ สปช ๒๐๖/๒๖ ขนาด ๑๐ X ๑๒ เมตร จำนวน ๑ หลัง
พ.ศ. ๒๕๓๖ ชมรมนักศึกษาเทคโนโลยีสงขลา - สตูล ร่วมกับคณะบุคลากรและผู้ปกครองนักเรียนโรงเรียนบ้านท่าหิน สร้างโรงอาหารชั่วคราว ใช้งบประมาณ ๘๐,๐๐๐ บาท
พ.ศ. ๒๕๔๓ ได้รับงบประมาณ (โครงการมิยาซาวา ) จำนวน ๑๐๓,๙๐๘ บาท สร้างส้วมแบบ สปช ๖๐๑/๒๖ จำนวน ๑ หลัง ๔ ที่นั่ง
พ.ศ. ๒๕๔๔ ได้รับงบประมาณ จำนวน ๖๖,๙๘๖.๘๐ บาท สร้างถังซีเมนต์ แบบ ฝ ๓๐ พิเศษ จำนวน ๑ ชุด ๔ ถัง ซึ่งในปีนี้ทางโรงเรียนได้รับเหรียญทองแดง สถานที่น่าอยู่ น่าอาศัย จากกรมอนามัย
พ.ศ. ๒๕๔๕ ได้รับงบประมาณจากสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดสตูล โครงการสาธิตการปรับปรุงห้องครัวโรงเรียน เป็นเงิน ๒๐,๙๓๐ บาท
พ.ศ. ๒๕๔๗ ได้รับงบประมาณซ่อมแซมอาคารเรียน แบบ ป ๑ ข จำนวน ๕๔,๒๐๐ บาท
พ.ศ. ๒๕๔๘ ได้รับงบประมาณ ๕๕๖,๕๐๐ บาท จัดซื้อสื่อคอมพิวเตอร์ใช้ในการเรียนการสอน
( จำนวน ๑๕ เครื่อง )
พ.ศ. ๒๕๔๘ ได้รับงบประมาณ ๒๐๓,๘๐๐ บาท ปรับปรุงภูมิทัศน์ภายในบริเวณโรงเรียน
( จัดปรับปรุงสนาม )
พ.ศ. ๒๕๔๘ ได้รับงบประมาณ ๓๒๑,๕๐๐ บาท จัดสร้างรั้วความยาว ๑๔๙ เมตร
พ.ศ. ๒๕๔๘ ได้รับอนุมัติรื้อถอนอาคารเรียน แบบ ป ๑ ข
พ.ศ. ๒๕๔๘ ได้รับบริจาคงบประมาณจากคณะกรรมการสถานศึกษาและประชาชนสร้างอาคารเรียนชั่วคราว จำนวน ๒๘,๗๐๑ บาท