ภายในปี 2559 โรงเรียนบ้านนาพรุจัดการศึกษาเพื่อให้นักเรียนมีคุณภาพตามมาตรฐานการศึกษามีคุณธรรมจริยธรรมอนุรักษ์วัฒนธรรมและสิ่งแวดล้อมบนพื้นฐานของความเป็นไทยตามหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียงภายใต้การบริหารแบบมีส่วนร่วมเพื่อก้าวสู่ประชาคมอาเซี่ยน