โรงเรียนบ้านนาพรุจัดสร้างเมื่อพ.ศ.2502 ในที่ดินสาธารณประโยชน์หมู่ที่  2 ตำบลลำทับอำเภอลำทับจังหวัดกระบี่มีพื้นที่ทั้งหมด46ไร่โดยนายอั้นศรีสุขผู้ใหญ่บ้านในขณะนั้นได้ชักชวนราษฎรร่วมมือกันก่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้นได้เปิดทำการสอนเมื่อวันที่  4 มิถุนายนพ.ศ. 2502  โดยทางราชการได้แต่งตั้งให้นายเที่ยงบรรเทืองมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่เป็นคนแรก

ต่อมาวันที่  25 ตุลาคมพ.ศ. 2505 โรงเรียนถูกวาตภัยเสียหายใช้เป็นที่เล่าเรียนไม่ได้จึงได้ย้ายสถานที่เล่าเรียนไปเรียนที่บ้านครูใหญ่เป็นการชั่วคราว

พ.ศ. 2506 ราษฎรและผู้ปกครองได้สร้างอาคารเรียนเป็นแบบกึ่งถาวรขึ้นจำนวน  3 ห้องเรียนตัวอาคารเป็นไม้หลังคามุงสังกะสี

พ.ศ. 2521 ทางราชการใช้งบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบถาวรขึ้นอีก  1 หลังเป็นเงิน  200,000 บาทแบบตึกชั้นเดียวหลังคามุงกระเบื้องจำนวน  4 ห้องเรียน

พ.ศ. 2526 ได้รับเงินงบประมาณสร้างอาคารเอนกประสงค์จำนวน  1 หลังแบบสปช.202/ 26 ราคา  240,000  บาท

พ.ศ. 2529 ได้งบประมาณสร้างบ้านพักครูจำนวน 1 หลังแบบสปช.301/ 26 ราคา  150,000  บาทพ.ศ. 2529 ได้แยกโรงเรียนออกเป็นสาขาอีก  1  โรงเรียนคือโรงเรียนบ้านนาพรุสาขาบ้านทรายขาว

พ.ศ. 2532   ได้รับเงินงบประมาณจัดสร้างอาคารเรียนอีก  1  หลังแบบสปช  301/26    จำนวน  6  ห้องเรียนเป็นเงิน 1,013,000บาท

พ.ศ. 2552 ได้รับเงินบริจาคสร้างอาคารเอนกประสงค์จำนวน 1 หลัง  เป็นเงิน 2,000,000 บาท ได้รับเงินบริจาคสร้างสนามเด็กเล่นจำนวนเงิน  250,000บาท 

          ได้รับเงินบริจาคก่อสร้างถนนคอนกรีตในโรงเรียน ยาว500 เมตร เป็นเงิน 140,000  บาท

พ.ศ. 2553 ได้รับเงินงบประมาณก่อสร้างส้วมหญิง 4/49 จำนวน  4 ที่นั่ง  เป็นเงิน  336,000  บาท

               ได้รับเงินบริจาคก่อสร้างรั้ว หน้าโรงเรียน  มูลค่า 650,000  บาท

พ.ศ.2554 ได้รับเงินบริจาคสร้างห้องประชุมเครือข่ายลำทับ จำนวน  1 หลัง  เป็นเงิน  200,000 บาท

ปัจจุบันทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงประถมศึกษาปีที่ 6 มีนักเรียนจำนวน 136 คน

มีครูที่ทำการสอนในโรงเรียน 9 คน ปัจจุบันมีนางสาวลัดดาวัลย์  ปริวัตรพันธ์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน