โรงเรียนบ้านคลองโตนดจัดตั้งขึ้นครั้งแรกเมื่อวันที่ ๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๘๒  โดยการนำของนายหมาดเย้ เพียรกิจ ผู้ใหญ่บ้านหมู่ที่ ๒ ในขณะนั้นพร้อมด้วยราษฎรได้ร่วมกันจัดหาพื้นที่ได้ที่บ้านแหลมแคและได้สร้างอาคารชั่วคราวขึ้นเพื่อจัดเป็นที่สถานที่จัดการศึกษาให้กับประชากรในท้องที่หมู่ที่ ๒ และเปิดทำการจัดการเรียนการสอนครั้งแรกในชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ มีนักเรียนมาเข้าเรียน ๒๐ คน และที่ว่าการอำเภอได้ส่งตัวครูมาทำงานการสอนคนแรก คือ นายเมตตา ละงู มาทำหน้าที่ครูผู้สอนและเป็นครูใหญ่มาจนถึงปัจจุบัน พร้อมมีการเปลี่ยนแปลงขั้นตั้งต้นเขตท้องที่การปกครองและการจัดการศึกษา ต่อมาในพ.ศ. ๒๕๑๗ กรรมการปกครองได้ทำการแยกหมู่บ้านในเขตท้องที่หมู่ที่ ๒ ออกมาเป็นหมู่ที่ ๕ โดยแยกเป็นบ้านคลองหมาก เป็นหมู่ที่ ๒ บ้านคลองโตนด เป็นหมู่ที่ ๕ โรงเรียนบ้านคลองโตนดจึงติดอยู่ในเขตท้องที่หมู่ที่ ๕

                   ในด้านการจัดการศึกษาโรงเรียนบ้านคลองโตนด จัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑ จัดการศึกษา ๒ ระดับคือ ระดับก่อนประถมศึกษา และระดับประถมศึกษา เป็นโรงเรียนในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ตั้งอยู่ ๒๙๖ หมู่ที่ ๕ ตำบลเกาะลันตาน้อย อำเภอเกาะลันตา จังหวัดกระบี่ รหัสไปรษณีย์ ๘๑๑๕๐ หมายเลขโทรศัพท์ ๐๗๕- ๖๘๐๐๑๕ โรงเรียนอยู่ในเขตการปกครองขององค์การบริหารส่วนตำบลเกาะลันตาน้อย ภาพตั้งอยู่บนเกาะ มีพื้นที่ลาดชัน มีเขตบริการทางการศึกษา จำนวน ๒ เขต คือ

๑.      บ้านคลองหมากหมู่ที่ ๒ ตำบลเกาะลันตาน้อย อำเภอเกาะลันตา จังหวัดกระบี่

๒.      บ้านคลองโตนด หมู่ที่ ๕ ตำบลเกาะลันตาน้อย อำเภอเกาะลันตา จังหวัดกระบี่