ในปี พ.ศ. 2521 กำนัน ผู้ใหญ่บ้านและประชาชนในหมู่ที่ 5 ตำบลเกาะลันตาใหญ่ ซึ่งเป็นหมู่บ้านที่ได้จัดตั้งขึ้นใหม่ ยังไม่มีโรงเรียน และอยู่ห่างไกลจากหมู่ที่ 6 บ้านคลองนิน ซึ่งเป็นหมู่บ้านติดกัน เด็กในหมู่บ้านนี้ จึงต้องไปเรียนที่หมู่บ้านนั้นซึ่งมีระทางไกลและกันดารมาก

นายสัน  เชี่ยวชาญ นายพินิจ  สันม่าแอ และนายหมาดสาด  กสิคุณ ได้ร่วมกันสละที่ดินส่วนตัวในการก่อสร้างโรงเรียนขึ้น 1 แปลง มีเนื้อที่ประมาณ 12 ไร่ เรียกว่าโรงเรียนบ้านคลองหิน อยู่ห่างจากทะเลประมาณ 100 เมตร สภาพพื้นที่ลาดเอียงเล็กน้อย มีคลองหินไหลผ่านทางด้านทิศเหนือและอยู่ใกล้กับมัสยิดบ้านคลองหิน

เดือนเมษายน 2521 กำนัน ผู้ใหญ่บ้านและประชาชนได้ร่วมกันก่อสร้างอาคารขึ้น 1 หลังขนาดพื้นที่ 6 × 12 ตารางเมตร ใช้เสาไม้กลม หลังคามุงจาก ฝาไม้ไผ่ขัดแตะ

17 มกราคม 2521 โรงเรียนเปิดทำการการสอนโดยมี นายอมร อมรพรรณศิริ หัวหน้าหมวดการศึกษาอำเภอเกาะลันตา นายมนัส หาญกล้า ครูใหญ่โรงเรียนบ้านคลองนิน พร้อมด้วยกำนันผู้ใหญ่บ้านและประชาชนหมู่ที่ 5 ร่วมกันเปิดโรงเรียน ในปีแรกเปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 และเป็นสาขาของโรงเรียนบ้านคลองนิน โดยมี นายสงบ โปตะการักษ์ ครูโรงเรียนบ้านคลองนิน มาประจำการสอนเป็นครั้งแรก

ปี พ.ศ. 2522 ได้เปิดทำการสอน ชั้นเรียนเพิ่ม คือ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 2 และชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 ในปี พ.ศ. 2523 ตามลำดับ

ปี พ.ศ. 2523 โรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนถาวรแบบ ป.1 ก 4 ห้องเรียน 1 หลัง เป็นอาคารก่ออิฐถือปูน มุงกระเบื้องแต่ไม่กั้นแบ่งห้องเรียน พร้อมสร้างส้วมแบบสามัญ 2 ที่นั่ง 1 หลัง สร้างแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2524

ปี พ.ศ. 2524 โรงเรียนได้เปิดสอน ชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 พร้อมกับโรงเรียนได้รับการแต่งตั้งแยกเป็นเอกเทศตั้งแต่ 14 มกราคม 2524 และแต่งตั้งให้นายสงบ โปตะการักษ์ ดำรงตำแหน่งรักษาการตำแหน่งครูใหญ่เมื่อ 21 เมษายน 2524

ปี 2526 นายสำราญ กสิคุณ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และโรงเรียนได้เปิดชั้นเรียนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6

ปี พ.ศ. 2528 นายกิจจา อ่อนหวาน มารับหน้าที่ในตำแหน่งครูใหญ่แทนนายสำราญ กสิคุณ ซึ่งย้ายไปโรงเรียนวัดเกาะลันตา เมื่อวันที่ 14 ธันวาคม 2530 นายเรวัตร จำปีพันธ์ ได้มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ต่อมาเดือนมกราคม 2531 ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านลิกี   นายธีรนาท พลนุ้ย ได้รักษาการในตำแหน่งอยู่ชั่วระยะเวลาหนึ่ง

วันที่ 4 พฤษภาคม 2531 นายสมพงศ์ กุลวิจิตรังสี ได้รับการแต่งตั้งให้มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านคลองหินและโรงเรียนได้เปิดการสอนชั้นเด็กเล็กเป็นปีแรก

วันที่ 16 พฤษภาคม 2533 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดกระบี่ ได้สั่งการให้โรงเรียน จัดกิจกรรมการเรียนการสอนแบบสำเร็จรูป (R.I.T.) ในหลักสูตรปกติ

วันที่ 29 พฤศจิกายน 2536 นายสมพงศ์ กุลวิจิตรรังสี ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านทุ่งหยีเพ็ง และได้แต่งตั้งนายธีรนารถ พลนุ้ย รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่

วันที่ 27 มีนาคม 2537 นายวันชัย เกิดพัฒน์ ครูใหญ่โรงเรียนบ้านเกาะปอ ได้รับคำสั่งให้มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านคลองหิน

วันที่ 20 มิถุนายน 2537 โรงเรียนได้เปิดรับนักเรียนจากศูนย์รับเลี้ยงเด็กชั่วคราวเพื่อเตรียมการขออนุญาตเปิดชั้นเรียนอนุบาลศึกษา ในปีการศึกษา 2538

วันที่ 30 กันยายน 2537 นายวันชัย เกิดพัฒน์ ได้รับการอนุมัติจากสำนักงานข้าราชการครู (ก.ค.) ให้ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ เกณฑ์การปรับปรุงการกำหนดตำแหน่งข้าราชการครูในโรงเรียนที่ตั้งอยู่ในพื้นที่กันดารตามประกาศกระทรวงการคลัง

วันที่ 30 ธันวาคม 2540 นายวันชัย เกิดพัฒน์ ได้รับการอนุมัติจากสำนักงานข้าราชการครู (ก.ค.) ให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน เกณฑ์การปรับปรุงการกำหนดตำแหน่งข้าราชการครูในโรงเรียนที่ตั้งอยู่ในพื้นที่กันดารตามประกาศกระทรวงการคลัง

วันที่ 29 กันยายน 2543 นายวันชัย เกิดพัฒน์ ไดรับคำสั่งให้ไปดำรงตำแหน่งรักษาการครูใหญ่โรงเรียนบ้านเกาะปอ และนายพรศักดิ์ พงษ์อรุณรัตน์ ได้เดินทางมารับตำแหน่งรักษาการครูใหญ่โรงเรียนบ้านคลองหิน

วันที่ 14 พฤศจิกายน 2543 นายพรศักดิ์ พงษ์อรุณรัตน์ ได้รับคำสั่งให้ไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านอ่าวนาง นางศศิธร กองแก้ว ได้รักษาราชการแทนครูใหญ่ชั่วระยะเวลาหนึ่ง

วันที่ 6 ธันวาคม 2543 นายสามารถ รักทอง ครูใหญ่โรงเรียนบ้านเกาะปอ ได้เดินทางมารับตำแหน่ง รักษาการผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคลองหิน

วันที่ 10 พฤศจิกายน 2545 นายสามารถ รักทอง ได้รับคำสั่งให้ไปรับตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านควน และนายอนันต์ บรรณาลังก์ ได้เดินทางมารับตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านคลองหิน แทน

วันที่ 3 มิถุนายน 2547 นายอนันต์ บรรณาลังก์ ได้รับอนุญาตให้ลาออกจากราชการ ตามคำสั่งสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากระบี่ ที่ 412/2547 และได้แต่งตั้งนายสมศักดิ์ โคจีจุล อาจารย์ 1 รักษาราชการแทนครูใหญ่โรงเรียนบ้านคลองหิน

วันที่ 26 ธันวาคม 2547 เกิดเหตุการณ์ธรณีพิบัติภัย อันเนื่องมาจากแผ่นดินไหวที่ประเทศอินโดนีเซีย ทำให้เกิดคลื่นยักษ์สึนามิพัดถล่มชายฝั่งทะเลอันดามัน โรงเรียนบ้านคลองหินมีนักเรียนที่ประสบภับพิบัติดังกล่าวจำนวน 11 ครอบครัว

วันที่ 20 มิถุนายน 2548 นายบุญเกื้อ คิดรอบ ได้เดินทางมารับตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนบ้านคลองหิน

วันที่ 23 พฤศจิกายน 2548 ได้งบประมาณจากมูลนิธิศุภนิมิตแห่งประเทศไทยก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช. 105 / 29 2 ชั้น 4 ห้องเรียน เนื่องจากเป็นโรงเรียนที่ได้รับผลกระทบจากเหตุการณ์ ธรณีพิบัติภัย

วันที่ 1 พฤศจิกายน 2549 นายบุญเกื้อ คิดรอบ ได้รับคำสั่งให้ไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านช่องเสียด อำเภอคลองท่อม นางสาวภัทรสุดา สมทอง รักษาราชการแทนผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคลองหิน ชั่วระยะเวลาหนึ่ง

วันที่ 27 พฤศจิกายน 2549 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา กระบี่ ได้แต่งตั้ง นายชรินทร์ สายนุ้ย รักษาราชการแทนผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคลองหิน

วันที่ 5 มกราคม 2550 นายชรินทร์ สายนุ้ย ได้รับคำสั่งจาก สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา กระบี่ ให้ย้ายไปดำรงใหม่ที่โรงเรียนบ้านไหนหนัง นางสาวภัทรสุดา สมทอง

วันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2550 นายธรรมยุทธ สุรินทร์ ได้มาดำรงตำแหน่ง รักษาการผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคลองหิน

วันที่ 7 มีนาคม 2550 นายธรรมยุทธ สุรินทร์ ได้รับคำสั่งจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากระบี่ให้มาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคลองหิน

วันที่ 1 พฤศจิกายน 2550 นายธรรมยุทธ สุรินทร์ ได้รับคำสั่งจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากระบี่ให้ไปดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านทุ่ง นางสาวภัทรสุดา สมทอง รักษาราชการแทนผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคลองหิน ชั่วระยะเวลาหนึ่ง

วันที่ 12 พฤศจิกายน 2550 นางสาวนิตยา สาระภี ได้รับคำสั่งจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากระบี่ให้มาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคลองหิน

วันที่ 14 มกราคม 2552 นางสาวนิตยา สาระภี ได้รับคำสั่งจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากระบี่ให้ไปดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหาดยาว นางสาวภัทรสุดา สมทอง รักษาราชการแทนผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคลองหิน ชั่วระยะเวลาหนึ่ง

วันที่ 22 มกราคม 2552 นายสมศักดิ์ โคจีจุล ได้รับคำสั่งจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษากระบี่ให้มาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคลองหิน จนถึงปัจจุบัน