โรงเรียนบ้านอ่าวลึกน้อย จัดตั้งขึ้นโดยอาศัยความร่วมมือระหว่างทางราชการและราษฎรในท้องถิ่น บริเวณใกล้เคียง โดยนายหมาดำ เขียดสา เป็นผู้อุทิศที่ดินก่อสร้างอาคารเรียน  นายก้าเหรี้ย  บุตรหลำ ได้ร่วมกับราษฎรปลูกสร้างอาคารเรียนขึ้น 1 หลัง   มีรองอำมาตย์เอกขุนพิทักษ์ลันตาเขต นายอำเภออ่าวลึก และนายวิชัยตุลารักษ์ ศึกษาธิการอำเภออ่าวลึก ได้ร่วมกันทำพิธีเปิด และเปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อ  26  พฤษภาคม  2475  มีนายเชิ่ม ไชยกุล  เป็นครูใหญ่  เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นเตรียม ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ 4  หลังจากเปิดทำการสอนตั้งแต่ พ.ศ. 2475 เป็นต้นมา ได้มีการปรับปรุง เปลี่ยนแปลงในหลายๆด้านตามยุคสมัย ในด้านอาคารเรียนได้มีการรื้อและปลูกสร้างอาคารหลังใหม่แทนอาคารหลังเก่าที่ชำรุดตามสภาพโดยความร่วมมือของทางราชการ กำนัน  ผู้ใหญ่บ้าน และราษฎรในท้องที่บริเวณใกล้เคียงเสมอมา  พอสรุปอาคารเรียนที่มีอยู่ในปัจจุบันได้ดังนี้

         ในปี พ.ศ. 2514  องค์การบริหารส่วนจังหวัดกระบี่ ได้จัดสรรงบประมาณให้ปลูกสร้างอาคารเรียนแบบ  

ป.1 ก ขึ้น จำนวน 1 หลัง  เป็นอาคารไม้  จำนวน 3  ห้องเรียน

          ในปี พ.ศ. 2521  องค์การบริหารส่วนจังหวัดกระบี่ ได้จัดสรรงบประมาณให้ปลูกสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1 ก อีก 1 หลังเป็นอาคารถาวรแบบตึกครึ่งไม้  จำนวน  4  ห้องเรียน

        ในปี พ.ศ. 2522  องค์การบริหารส่วนจังหวัดกระบี่ ได้จัดสรรงบประมาณให้ปลูกสร้างอาคารเรียนแบบ

ป.1 ก อีก 1 หลังเป็นอาคารถาวรแบบตึกครึ่งไม้  จำนวน  2  ห้องเรียน

         ในปี พ.ศ. 2528  สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาจังหวัดกระบี่ ได้จัดสรรงบประมาณให้ปลูกสร้างอาคารเรียนถาวร  อีก 1 หลัง จำนวน  3  ห้องเรียน

         สำหรับอาคารประกอบและสิ่งก่อสร้างอื่นๆ มีอีกหลายอย่าง เช่น โรงฝึกงาน  ส้วม  บ้านพักครู  อาคารเอนกประสงค์

        ด้านบุคลากร โรงเรียนมีผู้บริหารตั้งแต่เริ่มก่อตั้งจนถึงปัจจุบันทั้งหมด  11  คน ดังนี้

1.  นายเชิ่ม  ไชยกุล                         พ.ศ.  2475-2475

2.  นายสุจินต์  ส่งแสง                    พ.ศ.  2475-2477

3.  นายวิโรจน์  สุขแก้ว                    พ.ศ.  2477-2479

4.  นายแปลก  ณ  พัทลุง                พ.ศ.  2479-2481

5.  นายสะอาด  ปานเพ็ง                 พ.ศ.  2481-2485

6.  นายเสรี  เสรีวงศ์                       พ.ศ.  2486-2517

7.  นายไว  เล็กขำ                            พ.ศ. 2517-2517

8.  นายสมพร  บัวเพชร                  พ.ศ.  2517-2520

9.  นายเดชา  ชนะกุล                     พ.ศ. 2520-2529

10.  นายขัน  ทองเสมอ                   พ.ศ. 2529-2537

11.  นายสุทน  รักบางบูรณ์            พ.ศ. 2537-2555

12. นายพิทยา  สังยวน                     พ.ศ.2555 – ปัจจุบัน