โรงเรียนบ้านอ่าวลึกน้อย จัดตั้งขึ้นโดยอาศัยความร่วมมือระหว่างทางราชการและราษฎรในท้องถิ่น บริเวณใกล้เคียง โดยนายหมาดำ เขียดสา เป็นผู้อุทิศที่ดินก่อสร้างอาคารเรียน นายก้าเหรี้ย บุตรหลำ ได้ร่วมกับราษฎรปลูกสร้างอาคารเรียนขึ้น 1 หลัง มีรองอำมาตย์เอกขุนพิทักษ์ลันตาเขต นายอำเภออ่าวลึก และนายวิชัยตุลารักษ์ ศึกษาธิการอำเภออ่าวลึก ได้ร่วมกันทำพิธีเปิด และเปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อ 26 พฤษภาคม 2475 มีนายเชิ่ม ไชยกุล เป็นครูใหญ่ เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นเตรียม ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 หลังจากเปิดทำการสอนตั้งแต่ พ.ศ. 2475 เป็นต้นมา ได้มีการปรับปรุง เปลี่ยนแปลงในหลายๆด้านตามยุคสมัย ในด้านอาคารเรียนได้มีการรื้อและปลูกสร้างอาคารหลังใหม่แทนอาคารหลังเก่าที่ชำรุดตามสภาพโดยความร่วมมือของทางราชการ กำนัน ผู้ใหญ่บ้าน และราษฎรในท้องที่บริเวณใกล้เคียงเสมอมา พอสรุปอาคารเรียนที่มีอยู่ในปัจจุบันได้ดังนี้
ในปี พ.ศ. 2514 องค์การบริหารส่วนจังหวัดกระบี่ ได้จัดสรรงบประมาณให้ปลูกสร้างอาคารเรียนแบบ
ป.1 ก ขึ้น จำนวน 1 หลัง เป็นอาคารไม้ จำนวน 3 ห้องเรียน
ในปี พ.ศ. 2521 องค์การบริหารส่วนจังหวัดกระบี่ ได้จัดสรรงบประมาณให้ปลูกสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1 ก อีก 1 หลังเป็นอาคารถาวรแบบตึกครึ่งไม้ จำนวน 4 ห้องเรียน
ในปี พ.ศ. 2522 องค์การบริหารส่วนจังหวัดกระบี่ ได้จัดสรรงบประมาณให้ปลูกสร้างอาคารเรียนแบบ
ป.1 ก อีก 1 หลังเป็นอาคารถาวรแบบตึกครึ่งไม้ จำนวน 2 ห้องเรียน
ในปี พ.ศ. 2528 สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาจังหวัดกระบี่ ได้จัดสรรงบประมาณให้ปลูกสร้างอาคารเรียนถาวร อีก 1 หลัง จำนวน 3 ห้องเรียน
สำหรับอาคารประกอบและสิ่งก่อสร้างอื่นๆ มีอีกหลายอย่าง เช่น โรงฝึกงาน ส้วม บ้านพักครู อาคารเอนกประสงค์
ด้านบุคลากร โรงเรียนมีผู้บริหารตั้งแต่เริ่มก่อตั้งจนถึงปัจจุบันทั้งหมด 11 คน ดังนี้
1. นายเชิ่ม ไชยกุล พ.ศ. 2475-2475
2. นายสุจินต์ ส่งแสง พ.ศ. 2475-2477
3. นายวิโรจน์ สุขแก้ว พ.ศ. 2477-2479
4. นายแปลก ณ พัทลุง พ.ศ. 2479-2481
5. นายสะอาด ปานเพ็ง พ.ศ. 2481-2485
6. นายเสรี เสรีวงศ์ พ.ศ. 2486-2517
7. นายไว เล็กขำ พ.ศ. 2517-2517
8. นายสมพร บัวเพชร พ.ศ. 2517-2520
9. นายเดชา ชนะกุล พ.ศ. 2520-2529
10. นายขัน ทองเสมอ พ.ศ. 2529-2537
11. นายสุทน รักบางบูรณ์ พ.ศ. 2537-2555
12. นายพิทยา สังยวน พ.ศ.2555 – ปัจจุบัน