โรงเรียนอนุบาลคลองท่อม ตั้งอยู่เลขที่ 219/1 หมู่ที่ 2 ตำบลคลองท่อมใต้ อำเภอคลองท่อม จังหวัดกระบี่ รหัสไปรษณีย์ 81120 ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ.2453 โดยนายเทียบ  อมาตยกุล นายอำเภอคนแรกของคลองท่อม ปลูกสร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้นในบริเวณวัดคลองท่อม จำนวน3ห้องเรียนใช้ชื่อว่าโรงเรียนรัฐคามวิทยา ตั้งชื่อตามบรรดาศักดิ์ของผู้ก่อตั้ง"ขุนรัฐคามบดี" มีนักเรียน 20 คนนายนพ  ชุมทองเป็นครูใหญ่ คนแรก  ต่อมาย้ายสถานที่เรียนจากวัดคลองท่อมไปเรียนที่สโมสรเสือป่าอำเภอคลองท่อม(ปัจจุบันเป็นเขตชุมชนโรงเลื่อยพัฒนา เทศบาลตำบลคลองท่อมใต้) บนเนื้อที่ 1.3 ไร่ ชื่อว่าโรงเรียนบ้านคลองท่อมใต้ เนื่องจากสถานที่คับแคบ  พ.ศ.2472 ทางราชการได้ย้ายสถานที่เรียนไปเรียนที่อาคารไม้ 2 ชั้นในดินสาธารณะยกให้ซึ่งเป็นสถานที่ปัจจุบัน บนเนื้อที่ 29 ไร่เศษ เปิดทำการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นเด็กเล็ก - ชั้นประถมศึกษาปีที่ 4  ต่อมาปี พ.ศ. 2521 ทางราชการประกาศใช้หลักสูตร 2521 ทางโรงเรียนจึงเปิดสอนระดับอนุบาล - ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 ตั้งแต่นั้นมา   เมื่อ พ.ศ.2542 โรงเรียนบ้านคลองท่อมใต้ได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนเครือข่ายสหวิทยาเขตฯ คณะครู กรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐานประชุมมีมติให้เปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนอนุบาลคลองท่อม และได้รับคำสั่งอนุญาติให้ใช้ชื่อโรงเรียนอนุบาลคลองท่อมในเดือนกันยายน 2543 จัดการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล - ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 จนถึงปัจจุบันนี้