โรงเรียนนี้เปิดสอนเมื่อวันที่ ๒๔ มิถุนายน  พ.ศ. ๒๔๘๙  นับจนถึงปัจจุบันเป็นเวลา  ๗๑ ปี  เดิมชื่อ โรงเรียนประชาบาลตำบลกระบี่ใหญ่ ๒ (บ้านหนองกก) มีครู ๓ คน คือ นายเริ่ม เดชอักษร เป็นครูใหญ่  นายกลิ่น เกิดสุข และนายเสรี เดชอักษร ต้องอาศัยที่ดินของชาวบ้านและสร้างอาคารเรียนชั่วคราว เป็นสถานที่เรียน ต่อมา นายง่วน และนางด้วง  เต้บำรุง ได้อุทิศที่ดินให้ปลูกสร้างอาคารเรียนมีเนื้อที่ ๓ งาน ประชาชนได้ร่วมแรงและบริจาคเงินสร้างอาคารเรียน ๑ หลัง ขนาด ๒ ห้องเรียนกว้าง ๕×๑๖ ซึ่งต่อมาทางราชการแจ้งสังกัด คือ กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนตามชื่อหมู่บ้าน เป็นโรงเรียนบ้านในช่อง

          ต่อมาปี พ.ศ.๒๕๐๙ (๑ ตุลาคม ๒๕๐๙) โรงเรียนประชาบาลทั่วประเทศได้โอนไปสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัด กรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย จำนวนครูและนักเรียนได้เพิ่มขึ้น จำนวนห้องเรียนไม่เพียงพอกับจำนวนนักเรียนในปี พ.ศ. ๒๕๑๑ กรรมการการศึกษาของโรงเรียน และนายพุก ฤกษ์เกษม ผู้ว่าราชการจังหวัดจึงได้ขอที่ดินของ นายต่วน เอ่งฉ้วน จำนวน ๑๒ ไร่ คิดเป็นเงิน ๑๒,๐๐๐ บาท ซึ่งนายต่วน  เอ่งฉ้วน ยินดีบริจาคให้แก่ทางราชการที่ดินแปลงนี้อยู่เยื้องกับที่ดินแปลงเก่าคนละฝากถนนกระบี่ - พังงา ทางหลวงหมายเลข ๔ ทางราชการได้จัดสรรเงินช่วยเหลือ และของบสำนักงานสลากกินแบ่งรัฐบาลจำนวน ๑๐๕,๐๐๐ บาท มาสร้างอาคารเรียน แบบอาคารวันครูจำนวน ๑ หลัง ขนาด ๓ ห้องเรียน

ต่อมาเมื่อมีจำนวนนักเรียนเพิ่มขึ้น ทางราชการบริหารส่วนจังหวัดได้บรรจุครูมาเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ จนถึงปี พ.ศ. ๒๕๑๕ โรงเรียนได้ขยายชั้นประถมศึกษาตอนปลาย (ป.๕) เป็นปีแรก ทำให้อาคารเรียนไม่เพียงพอ คณะกรรมการศึกษา และประชาชนในท้องถิ่นร่วมกับคณะครูได้สละเงิน วัสดุ แรงงานสร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้นอีก ๑ หลัง จำนวน ๒ ห้องเรียน ขนาด ๘x๑๖ เมตร มุงสังกะสี พื้นซีเมนต์ คิดเป็นเงิน ๑๐,๐๐๐ บาท ซึ่งบัดนี้ได้ชำรุดไปแล้ว

          ปี พ.ศ. ๒๕๑๖ องค์การบริหารส่วนจังหวัดกระบี่ ได้จัดงบประมาณสมทบกับเงินของมูลนิธิมิตรภาพไทย – อเมริกา สร้างอาคารเรียนแบบ ๐๑๗ ขนาดกว้าง ๙×๓๖ เมตร จำนวน ๔ ห้องเรียน คิดเป็นเงิน ๒๖๐,๐๐๐ บาท สร้างเสร็จเมื่อวันที่ ๑๒ มกราคม ๒๕๑๖ ทำพิธีรับมอบในสมัยนายฉลอง กัลยาณมิตร เป็นผู้ว่าราชการจังหวัดกระบี่ เมื่อวันที่ ๔ พฤศจิกายน ๒๕๑๖ และให้เติมชื่อต่อท้าย มิตรภาพที่ ๑๒๓ จากชื่อเดิมจึงเป็นชื่อ โรงเรียนบ้านในช่องมิตรภาพที่ ๑๒๓ ตั้งแต่นั้นมา

          ปี พ.ศ. ๒๕๑๘ ทางโรงเรียนได้รับเงินจำนวน  ๗,๐๐๐ บาท จากโครงการ ช.ป.ล. เงินผันของรัฐบาลสมัยนั้น โดยผ่านสภาตำบลทับปริก เพื่อให้ต่อเติมกั้นฝาหน้าห้องเรียนชั้นล่างของอาคาร ๐๑๗ มีประชาชนสละแรงงาน และเงินสมทบเพิ่มเติมจำนวนหนึ่งจนเสร็จเรียบร้อย ได้ห้องเรียนเพิ่มอีก ๔ ห้อง

          ปี พ.ศ. ๒๕๒๐ ทางราชการได้ย้ายนายอนันต์ ห่อทอง มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ แทนนายลำดวน ปานแก้ว วันที่ ๑ ตุลาคม ๒๕๒๓ โรงเรียนประถมศึกษาทั่วประเทศได้โอนไปสังกัดกระทรวงศึกษาธิการ โดยขึ้นกับสำนักงานคณะกรรมการศึกษาแห่งชาติ (สปช) และได้เปลี่ยนแปลงหลักสูตร พ.ศ. ๒๕๒๑ คงเปิดสอนตั้งแต่ ป.๑ – ๖ แต่ไม่แบ่งเป็นประถมต้น ประถมปลาย เหมือนที่ผ่านมาปัจจุบันเปิดทำการสอน ตั้งแต่ระดับอนุบาลถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖