โรงเรียนวัดหนา ก่อตั้งเมื่อ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2475  โดยพระช่วย  สุวรรณโณ ร่วมกับชาวบ้านใกล้เคียง เป็นผู้ช่วยเหลือ  สมัยนั้นเรียกว่า โรงเรียนวัด  มีนักเรียนประมาณ 100  คน  

          ปีการศึกษา ๒๕๕๒ โรงเรียนได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารห้องสมุด ขนาดพื้นที่ ๑๔๐ ตารางเมตรโดยผู้มีจิตศรัทธาบริจาคเงิน ๓๐๐,๐๐๐ บาท และโรงเรียนได้สมทบทุนจากการจัดเลี้ยงน้ำชา  ทอดผ้าป่า และงบของโรงเรียนบางส่วน ประมาณ ๗๐,๐๐๐ บาท ก่อสร้างแล้วเสร็จประมาณเดือน กรกฎาคม ๒๕๕๒ รวมงบประมาณทั้งสิ้น ๓๗๐,๐๐๐ บาท   และได้รับบริจาคเครื่องรับสัญญาณพร้อมโทรทัศน์ ๒๙ นิ้ว ตามโครงการไทยคิด-ไทยคมจำนวน ๑ ชุดเพื่อใช้เป็นสื่อในการเรียนผ่านทางไกล

                เดือนมีนาคม ๒๕๕๓ ได้รับงบประมาณกระตุ้นเศรษฐกิจของรัฐบาล (SP ๒) ซื้อหนังสือห้องสมุด งบประมาณ ๓๕,๐๐๐ บาท ปรับปรุงซ่อมแซมส้วม แบบ ๖๐๑/๒๖ ตามโครงการส้วมสุขสันต์ ๖๘,๐๐๐ บาท และงบประมาณแปรญัติติของส.ส.ในการซ่อมแซมปรับปรุงอาคารเรียนแบบ สปช.๑๐๕/๒๙ และแบบ ป.๑ ข เป็นงบประมาณทั้งสิ้น ๔๐๐,๐๐๐ บาท

                วันที่  ๑๐  เดือน เมษายน  ๒๕๕๔ ฯพณฯ ชิณวรณ์  บุญญเกียรติ  รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้มาตรวจเยี่ยมโรงเรียน  นักเรียน  และผู้ปกครองที่ได้รับผลกระทบจากน้ำท่วม

ปีการศึกษา ๒๕๕๔  เปิดสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล – ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓ จำนวน ๑๑ ห้องเรียน นักเรียนทั้งหมด    ๒๘๗  คน   มีครู  ๑๗  คน  ชาย  ๘  คน  หญิง  ๙  คน  ลูกจ้างชั่วคราวตำแหน่งนักการภารโรง  ๑  คน  โดยมีนายอาคม  ลียวัฒนานุพงศ์  เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน  และในปีการศึกษานี้โรงเรียนได้รับงบประมาณจากการประสบอุทกภัย (น้ำท่วม)  และงบแปรญัตติ ในการปรับปรุงซ่อมแซมอาคารเรียนอาคารประกอบหลายรายการ   เป็นงบประมาณทั้งสิ้น  ๓,๒๕๕,๔๐๐  บาท (สามล้านสองแสนห้าหมื่นห้าพันสี่ร้อยบาทถ้วน)ปีการศึกษา ๒๕๕๕  เปิดสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล – ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓ จำนวน ๑๑ ห้องเรียน นักเรียนทั้งหมด    ๒๒๐  คน   มีครู  ๑๖  คน  ชาย  ๗  คน  หญิง  ๙  คน  ลูกจ้างชั่วคราวตำแหน่งนักการภารโรง  ๑  คน  และปลายปีการศึกษา  โรงเรียนได้รับจัดสรรครูอัตราจ้างโครงการยกระดับผลสัมฤทธิ์วิทย์-คณิตฯของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครศรีธรรมราช เขต ๓ จำนวน ๒ คน   และในปีการศึกษานี้โรงเรียนได้รับงบประมาณจากสพฐ. ในการปรับปรุงซ่อมแซมระบบจ่ายไฟฟ้า   เป็นงบประมาณทั้งสิ้น  ๓๓๐,๐๑๗  บาท (สามแสนสามหมื่นสิบเจ็ดบาทถ้วน)