ภายในปี ๒๕๕๖ โรงเรียนวัดธงทอง มุ่งจัดการศึกษาให้ผู้เรียนมีความรู้ตามเกณฑ์มาตรฐานชาติ ผู้เรียนมีคุณธรรม จริยธรรม พัฒนาครูให้เป็นครูดี สู่มืออาชีพ จัดสิ่งแวดล้อมภายในและพัฒนาให้เป็นแหล่งเรียนรู้ ให้ชุมชนมีส่วนร่วมในการจัดการศึกษา
