โรงเรียนวัดธงทอง  เป็นโรงเรียนขนาดเล็ก  ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ.๒๔๕๓  พ.ศ. ๒๔๕๒  พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เสด็จเยี่ยมภาคใต้โดยเสด็จด้วยช้างทรงจากทุ่งสง – ร่อนพิบูลย์และได้หยุดประทับในพลับพลารับเสด็จที่เสาธง(บริเวณตลาดเสาธงปัจจุบัน)  หลังจากนั้น  ๑  ปี  คือ  พ.ศ.๒๔๕๓  ได้ตั้งชื่อโรงเรียนขึ้น  โรงเรียนวัดเทา(ตั้งขึ้นตามต้นเทาซึ่งมีมากในบริเวณนั้น)  และได้เปลี่ยนชื่อเป็น  โรงเรียนวัดธงทอง  เมื่อ  พ.ศ.๒๔๗๓

             โรงเรียนวัดธงทอง  เปิดสอนครั้งแรกมีนักเรียน  ๕๐  คน  มีพระครูเหม  เจติยานุรักษ์  เจ้าอาวาสวัดธงทองเป็นผู้อุปการะ  ต่อมาระยะหลังก็มีการเปลี่ยนแปลงเป็นระยะ

                พ.ศ. ๒๔๗๕ – ๒๔๗๘  เปิดสอนชั้น ป. ๑  ถึงชั้น  ป.๖  ตามแผนการศึกษาภาคบังคับ

                พ.ศ.  ๒๔๗๙    แผนการศึกษาภาคบัคับ  ตัด ป. ๕,๖  ออก  ให้เหลื่อชั้น  ป.๑ – ๔

                พ.ศ. ๒๕๐๒     พระด้วง  อัตถาทีโป  เจ้าอาวาสวัดธงทอง  ได้นำชาวบ้านสร้างอาคารเรียน  ป ๐๓  ขนาด๗/๙  เมตร

                พ.ศ.  ๒๕๐๕       เกิดมหาวาตภัยได้งบประมาณสร้างใหม่แบบ  ๐๐๒  ขนาด  ๗/๙  เมตร  งบประมาณ  ๓๐,๐๐๐  บาท

                พ.ศ. ๒๕๑๗  นายชุมพร  จินตนุพงค์  เป็นครูใหญ่ได้สร้างอาคาร  ๐๑๗  ขนาด  ๔  ห้องเรียน  ๒  ชั้น  งบประมาณ  ๒๗๐,๐๐๐  บาท  ต่อเติมปีพ.ศ.  ๒๕๑๘  งบประมาณ  ๒๐๐,๐๐๐  บาท

                พ.ศ. ๒๕๒๐  ได้งบประมาณ  ๑๖๕,๐๐๐  บาท  สร้างอาคารเรียนแบบ  ป.๑ ก  ๓  ห้องเรียน  ขนาด  ๗/๙  เมตร

                พ.ศ. ๒๕๓๒    นายพีรกิจ  กลิ่นพิกุล  เป็นอาจารย์ใหญ่  ได้งบประมาณ  ๑,๓๖๐,๐๐๐  บาท  สร้างอาคารแบบ  สปช.  ๑๐๘/๒๙   ๒  ชั้น  ๔  ห้องเรียน

                พ.ศ. ๒๕๓๖   นายภักดี  แรกวาทีเป็นอาจารย์ใหญ่  ได้มีการปฏิรูป  ปรับปรุงเปลี่ยนแปลงการใช้ที่ดินร่วมกันโดยแบ่งเป็นสัดส่วนตามความเห็นชอบของท่านพระครูวิศาล  ศิลาวัตร  สภาตำบลเสาธง  (ซึ่งมีนายอุดร  ไหวพริบ  เป็นกำนัน)  โดยใช้เนื้อที่คนละส่วน  ทางทิศตะวันตกวัดเป็นผู้ดำเนินการ  มีถนนระหว่างกลางจากปากทางเข้าวัดตรงไปจดคลองเสาธง  ซึ่งโรงเรียนมีเนื้อที่  ๘  ไร่  ๑  งาน  ๓  ตารงวา  เมื่อแบ่งเนื้อที่เสร็จวัดได้สร้างอุโบสถเสร็จภายใน  ๒  ปี

                พ.ศ. ๒๕๓๗  โรงเรียนได้งบประมาณ  ๑๐๐,๐๐๐  บาท  ทำการเดินไฟฟ้าภายในอาคารเรียนทุกอาคาร  ตลอดจนอาคารประกอบ  จัดระบบประปา  โดยต่อท่อน้ำไปสู่อาคารและอาคารประกอบตามจุดต่าง ๆ

๓๐  ธันวาคม  ๒๕๕๒       นางอารีย์   บุญเชิด      ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ

โรงเรียนวัดธงทอง  และเมื่อวันที่   ๒๗   มีนาคม   ๒๕๕๓     ได้รับการจัดสรรงบประมาณจากโครงการปฏิบัติการไทยเข้มแข็งและหาเงินสนับสนุนเพื่อปรับปรุง  โรงเรียน    ดังนี้

• ปรับปรุงห้องเรียนให้ทันสมัยและปรับปรุงสภาพแวดล้อม

(อาคาร ป. ๑ ก)   จำนวน  ๙๑,๐๐๐   บาท

    ๒.   ปรับปรุงห้องสมุด    จำนวน   ๑๐๐,๐๐๐   บาท

    ๓.   ปรับปรุงซ่อมแซมอาคาร ๐๑๗ จำนวน  ๒๐๐,๐๐๐  บาท

    ๔.  ปรับปรุงห้องสำนักงานโรงเรียน

    ๕.  ปรับปรุงระบบไฟฟ้าภายในอาคารเรียนแบบ ๐๑๗

    ๖.  ปรับปรุงซ่อมแซมอาคารเรียน แบบ สปช.๑๐๕/๒๙

               นอกจากนั้นได้ก่อสร้างเวทีการจัดกิจกรรมขนาดกว้าง ๔ ๖  เมตรและก่อสร้างห้องเก็บพัสดุขนาด ๔ ๖  เมตร  จำนวน ๑ ห้อง โรงจอดรถจำนวน ๑ หลังขนาด  ๓   ๑๗  เมตร และติดตั้งเหล็กดัดชั้นบนของอาคาร ๐๑๗   ปรับปรุงระบบไฟฟ้าในห้องสำนักงานโรงเรียน

• ปรับปรุงอาคารเรียน  ป ๑ ก
• ปรับปรุงอาคารโรงฝึกงาน(แบบกรมสามัญ)
• ปรับปรุงสภาพแวดล้อม

                        ๑๙  สิงหาคม ๒๕๕๔      โรงเรียนได้รับงบประมาณ จากนายชินวรณ์ บุณยเกียรติ รัฐมาตรีว่าการการะทรวงศึกษาธิการ จำนวน ๗๙๘,๐๐๐ บาท เพื่อปรับปรุงและซ่อมแซมอาคารเรียนดังนี้

                                                                     ๑. อาคารเรียน ป.๑ ก

                                                                     ๒. อาคารเรียน สปช.๐๑๗

                                                                     ๓.  อาคารเรียน ๑๐๕/๒๕