โรงเรียนวัดขนาน เดิมตั้งอยู่ที่วัดมะเฟืองใต้ หมู่ที่ ๓ ตำบลทุ่งใหญ่  อำเภอทุ่งใหญ่          จังหวัดนครศรีธรรมราช เมื่อปี พ.ศ.๒๔๖๖ ชื่อว่า “โรงเรียนประชาบาลตำบลทุ่งใหญ่ ๑ (วัดมะเฟืองใต้)”  โดยมี นายขาว ธนาวุฒิ เป็นครูใหญ่คนแรก หลังจากนั้นมีการเปลี่ยนแปลงผู้บริหารต่อ ๆ มา จนกระทั่งเมื่อวันที่  ๑๘ พฤษภาคม ๒๔๗๐ สมัยที่ นายหมึก  บุญขำ เป็นครูใหญ่ ได้ยุบเลิกกิจการ และย้ายไปตั้งใหม่ในวัด คือที่วัดขนาน หมู่ที่ ๔ ตำบลทุ่งใหญ่  อำเภอทุ่งใหญ่  จังหวัดนครศรีธรรมราช เนื่องจากสถานที่เดิมห่างไกลจากชุมชน การไปมาไม่สะดวก ซึ่งห่างไกลจากที่เดิมประมาณ ๕ กิโลเมตร ชื่อว่า “โรงเรียนประชาบาล   ตำบลทุ่งใหญ่ ๑ (วัดขนาน)” และในปีเดียวกันนี้ได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่ตามระเบียบของกระทรวงศึกษาธิการเป็น “โรงเรียนวัดขนาน” และทำพิธีเปิดเรียนเป็นทางการเมื่อวันที่ ๑๖ กันยายน ๒๔๗๐ ใช้ศาลาการเปรียญวัดขนานเป็นที่เล่าเรียน เป็นโรงเรียนประชาบาลประเภทนายอำเภอจัดตั้ง  ดำรงอยู่ด้วยเงินศึกษาพลี สังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ จัดการเรียนการสอนตาม พ.ร.บ.ประถมศึกษา พ.ศ. ๒๔๗๕ในต่อมาโอนเข้าสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัด กรมการปกครองกระทรวงมหาดไทย  เมื่อวันที่ ๙ ตุลาคม ๒๕๐๙ และโอนเข้าสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ กระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ ๑ ตุลาคม ๒๕๒๓ จนถึงปัจจุบัน

              ในปี พ.ศ.๒๕๑๕ นายกระจ่าง  เพชรอาวุธ ผู้ปกครองนักเรียน ได้มอบที่ดินซึ่งอยู่ติดต่อกับที่ดินของวัดทางด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือ จำนวน ๑๐ไร่  ได้ใช้เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียนจัดการเรียนการสอนจนถึงปัจจุบัน

              ปัจจุบันโรงเรียนวัดขนานเปิดสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล(๒ปี) จนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ เป็นโรงเรียนในโครงการปฏิรูปการศึกษา เข้าโครงการ เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๔๐ จัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรโรงเรียนวัดขนาน พุทธศักราช ๒๕๕๓ (ฉบับปรับปรุง พุทธศักราช ๒๕๕๗)ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑ มีห้องปฏิบัติการ ๓ ห้อง คือ ห้องสุมด ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ ห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์