โรงเรียนบ้านนาเส เดิมตั้งอยู่ที่วัดควนมะปริง หมู่ที่ ๕ ตำบลนากะชะ อำเภอฉวาง จังหวัดนครศรีธรรมราช เปิดทำการสอนเมื่อ พ.ศ. ๒๔๖๔ ต่อมาอาคารเรียนชำรุด จึงย้ายไปเรียนที่บ้านนายเกตุ ติกขนา เมื่อวันที่ ๑ พฤศจิกายน ๒๔๗๑ เมื่อวันที่ ๗ สิงหาคม ๒๔๗๒ ได้รับงบประมาณ ๕,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างอาคารเรียนใหม่ ในที่ดิน ของนายหอ ติกขนา อดีตผู้ใหญ่บ้าน
ในวันที่ ๒๕ ตุลาคม ๒๕๐๔ อาคารเรียนถูกพายุพัดชำรุดเสียหายใช้การไม่ได้ จึงของบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัด จำนวน ๑๖๐,๐๐๐ บาท สร้างอาคารเรียนแบบ ป. ๑ ก ขนาด ๔ ห้องเรียน ในที่ดินซึ่งวัดรังษีบูรณาราม มอบให้ประมาณ ๑๐ ไร่เศษ สร้างแล้วเสร็จ และเข้าเรียนเมื่อวันที่ ๒๕ กรกฎาคม ๒๕๑๗
ปี พ.ศ.๒๕๑๙ ได้รับอนุมัติให้ขยายชั้นเรียน ถึงชั้น ป.๕ สภาตำบลนากะชะ ใช้งบประมาณ ๓๕,๐๐๐ บาท สมทบ กับเงินบริจาค ของประชาชนต่อเติมอาคารเรียนอีก ๒ ห้องเรียน และประชาชนบริจาคเงิน ต่อเติมอีก ๑ ห้องเรียน ใน ปี ๒๕๒๒ รวมเป็น ๗ ห้องเรียน
ปี พ.ศ.๒๕๔๐ สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอฉวาง กำหนดให้โรงเรียนบ้านนาเส เป็นโรงเรียนในโครงการปฏิรูปการศึกษา ได้รับครุภัณฑ์ห้องปฏิบัติการทางภาษา จำนวน ๒๐ ชุด โดยได้รับงบประมาณในการปรับปรุงห้อง ๔๕,๐๐๐ บาท แต่อาคารเรียนไม่มีความมั่นคงเพียงพอ คณะกรรมการโรงเรียนจึงจัดงานทอดผ้าป่าขึ้นในวันที่ ๗ กุมภาพันธ์ ๒๕๔๐ ได้รับเงินประมาณ ๒๐๐,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างอาคารแบบใหม่ แบบ ป ๑ ก ขนาด ๓ ห้องเรียน ใช้เป็นห้องปฏิบัติการทางภาษา ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ และห้องพักครู โดยใช้เงินทอดผ้าป่า สมทบกับวัสดุจากการรื้อถอนอาคารเรียน และบ้านพักครู โรงเรียนวัดควนมะปริง ซึ่งยุบเลิกในปี ๒๕๓๒ เริ่มก่อสร้างเมื่อวันที่ ๑๐ มีนาคม ๒๕๔๐ จนสำเร็จใช้การได้ โดยการช่วยเหลือด้านแรงงาน และเงินบริจาคเพิ่มเติมจากประชาชน คิดเป็นมูลค่า ๔๕๐,๐๐๐ บาท
ในปี พ.ศ. ๒๕๔๓ ได้รับงบประมาณโครงการประมงเพื่อโครงการอาหารกลางวันและพระราชดำริ ขุดบ่อปลา ในพื้นที่ของโรงเรียนเดิม (โคกเหรียง) การดำเนินงานของโรงเรียนได้รับความร่วมมือจากบุคลากรในโรงเรียน และชุมชน เป็นอย่างดี
ในปีการศึกษา ๒๕๕๒ วัดรังษีบูรณาราม ได้ให้โรงเรียนทำประโยชน์เพื่อการศึกษาบนพื้นที่ ของวัดเพิ่มขึ้น เป็นจำนวน ๒๑ ไร่ ๓๓ ตารางวา ปัจจุบันโรงเรียนบ้านนาเส มีอาคารเรียนถาวร จำนวน ๔ หลัง อาคารประกอบ จำนวน ๒ หลัง ห้องส้วม ๓ หลัง จำนวน ๙ ที่นั่ง โรงเรียนเปิดทำการสอน ๒ ระดับ คือระดับชั้นก่อนประถมศึกษา และระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ – ๖
ในปีการศึกษา ๒๕๕๓ โรงเรียนบ้านนาเส ได้รับการคัดเลือกเป็นโรงเรียนดีประจำตำบล รุ่นที่ ๑ ตามนโยบายกระทรวงศึกษาธิการ สมัยท่านชินวรณ์ บุณยเกียรติ เป็นรัฐมนตรีว่าการกระทวงศึกษาธิการ ได้รับจัดสรรงบประมาณจาก สพฐ. เป็นเงินจำนวน ๕,๙๓๒,๙๐๐ บาท
ในปีการศึกษา ๒๕๕๗ โรงเรียนบ้านนาเส ได้รับจัดสรรงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช. ๑๐๕/๒๙ จำนวน ๖ ห้องเรียน งบประมาณ สพฐ. เป็นเงินจำนวน ๓,๗๔๓,๑๐๐ บาท
ในปีการศึกษา ๒๕๕๙ โรงเรียนบ้านนาเส ได้รับการคัดเลือกเข้าร่วมโครงการโรงเรียนประชารัฐ โดยโรงเรียนได้รับสนับสนุนสื่อดิจิทัลและอุปกรณ์ประกอบด้วย เครื่องคอมพิวเตอร์ พร้อมโทรทัศน์ขนาด ๔๓ นิ้ว จำนวน ๙ ชุด และห้องถ่ายทอดสด ๑ ห้อง
ในปีการศึกษา ๒๕๖๑ โรงเรียนบ้านนาเส ได้รับจัดสรรงบประมาณก่อสร้างโรงอาหาร ๒๖๐ ที่นั่ง จำนวน ๑ หลัง งบประมาณจาก สพฐ. เป็นเงินจำนวน ๓,๔๑๕,๕๐๐ บาท
ในปีการศึกษา ๒๕๖๒ โรงเรียนได้รับการคัดเลือกเป็นโรงเรียนคุณภาพตำบล (๑ ตำบล ๑ โรงเรียนคุณภาพ )
ในปีการศึกษา ๒๕๖๓ โรงเรียนบ้านนาเส ได้รับจัดสรรงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.๑๐๕/๒๙ จำนวน ๔ ห้องเรียน ใต้ถุนโล่ง งบประมาณจาก สพฐ. เป็นเงินจำนวน ๓,๒๙๙,๙๙๙ บาท
ปัจจุบันในปีการศึกษา ๒๕๖๔ โรงเรียนบ้านนาเส มีนักเรียนจำนวน ๒๙๓ คน ข้าราชการครูและบุคลากร ๒๐ คน เป็นโรงเรียนขนาดกลาง ตั้งอยู่ศูนย์กลางชุมชน การคมนาคมติดต่อสะดวกตลอดปี