โรงเรียนวัดมะม่วงสองต้น สร้างโดยขุนจุลพราหมณ์ศึกษาธิการ ซึ่งดำรงตำแหน่งศึกษาธิการอำเภอเมืองในอยู่ขณะนั้น ร่วมกับ นายเพิ่ม ณ นคร เสมียนแผนกการเงินศึกษาธิการ ได้จัดการขอแรงชาวบ้านในท้องที่ช่วยกันหาอุปกรณ์สร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้นในที่ดินวัดมะม่วงสองต้น ซึ่งเป็นวัดร้าง
ที่ตั้งอยู่ในหมู่ที่ 1 ตำบลมะม่วงสองต้น อำเภอเมือง จังหวัดนครศรีธรรมราช ค่าใช้ในการสร้างคิดเป็นเงิน 40 บาท
ได้เปิดสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 เมื่อวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2478 และนายอำเภอได้แต่งตั้ง นายเลียบ บัวศรี ให้รักษาการแทนครูใหญ่ นายเนื่อง กาญจนสุวรรณ และนายพร้อม อัครคำ เป็นครูผู้สอนได้รับเงินเดือนจากผู้ปกครอง เดือนละ 6 บาท อีกสามเดือนต่อมานายพร้อม อัครคำ ได้ลาออก ขณะที่นายเลียบ บัวศรี เป็นครูใหญ่ มีครู 2 คน นักเรียน 54 คน
ปี พ.ศ. 2480 นายเลียบ บัวศรี ได้ลาออกทางอำเภอได้แต่งตั้งให้นายนบ ธาตุชุม รักษาการแทนครูใหญ่
ปี พ.ศ. 2482 นายนบ ธาตุชุมนุม ย้ายไปสอนที่โรงเรียนวัดมะม่วงตลอด ทางอำเภอได้แต่งตั้งให้ นายวิรัตน์ ยังอุปกรณ์ รักษาการแทนครูใหญ่
ปี พ.ศ. 2484 ทางอำเภอได้แต่งตั้งให้ นายเขต จิรวรรณเป็นครูใหญ่
ปี พ.ศ. 2513 นายเขต จิรวรรณ ลาออก ทางอำเภอได้แต่งตั้งให้ นางประทุม เวศวิทย์ รักษาการแทนครูใหญ่
ปี พ.ศ. 2514 จังหวัดได้แต่งตั้งให้นายอมรินทร์ นวลหวาน เป็นครูใหญ่
ปีงบประมาณ 2516 ได้รับงบประมาณจากทางราชการ 140,000 บาท เพื่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป1 ก. จำนวน 4 ห้องเรียน 1 หลัง ซึ่งในขณะนั้น เรือตรีสุกรี รักศรีทอง เป็นนายอำเภอเมืองนครศรีธรรมราช นายวิทย์ อรัญเวศ เป็นศึกษาธิการอำเภอเมืองนครศรีธรรมราช และนายกวี กาญจนาภา เป็นหัวหน้าหมวดการประถมศึกษาอำเภอเมืองนครศรีธรรมราช
ปีงบประมาณ 2524 ได้รับงบประมาณจากทางราชการ 560,000 บาท เพื่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป1 ก. จำนวน 4 ห้องเรียน 1 หลัง ส้วม 3 ที่นั่ง หลัง ซึ่งในขณะนั้น นายสมบูรณ์
ชัยสวัสดิ์ เป็นนายอำเภอเมืองนครศรีธรรมราช นายเด็จ นามโชติ เป็นหัวหน้าการประถมศึกษาอำเภอเมืองนครศรีธรรมราช และนายกวี กาญจนาภา เป็นผู้อำนวยการการประถมศึกษาจังหวัดนครศรีธรรมราช
ปีงบประมาณ 2526 ได้รับงบประมาณจากทางราชการ 160,000 บาท เพื่อสร้างอาคารเอนกประสงค์ จำนวน 1 หลัง ซึ่งในขณะนั้น เรือตรีกิตติ นาคพันธ์ เป็นนายอำเภอเมืองนครศรีธรรมราช นายสุนทร สุวรรณรัตน์ เป็นหัวหน้าการประถมศึกษาอำเภอเมืองนครศรีธรรมราช และทอง สิงห์หนู เป็นผู้อำนวยการการประถมศึกษาจังหวัดนครศรีธรรมราช
ปีการศึกษา 2527 ทางราชการแต่งตั้งให้ นายอมรินทร์ นวลหวาน ไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดพระมงกุฏ และได้แต่งตั้งนายประเสริฐ เดชาภิมณฑ์ มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่แทน เมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม 2527 ขณะนั้นมีอัตรากำลังครู 10 คน นักเรียน 184 คน
ปีการศึกษา 2529 สปจ. แต่งตั้งให้นายธรรมดี จิตมนัส มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดมะม่วงสองต้น และให้นายประเสริฐ เดชาภิมณฑ์ ไปดำรงตำเหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดโพธิ์เสด็จ เมื่อวันที่ 1 มกราคม 2529 ในระหว่างนั้นเมื่อวันที่ 13-16 เมษายน 2529 อธิการวิทยาลัย
ศรีโสภณ ได้นำอาจารย์ 5 คน นักศึกษา 22 คน มาเข้าค่ายอาสาพัฒนาสร้างโรงอาหารให้แก่โรงเรียนขนาด 6X8 เมตร คิดเป็นเงิน 31,000 บาท โดยมี นายเอนก สิทธิประสาสน์ผู้ว่าราชการจังหวัดนครศรีธรรมราชในขณะนั้น มาทำพิธีเปิดการเข้าค่ายในวันที่ 15 เมษายน 2529 และนายประสาน สุขรังสรรค์ ปลัดจังหวัดนครศรีธรรมราช มาทำพิธีเปิดและรับมอบโรงอาหารให้แก่ทางราชการ และเมื่อวันที่ 15 กันยายน ในปีเดียวกันนี้ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณจากทางราชการ 20,000 บาท
เพื่อสร้างส้วม จำนวน 1 หลัง มี 2 ที่นั่ง
ปีการศึกษา 2530 ได้รับงบประมาณจากทางราชการจำนวน 15,000 บาท เพื่อสร้างเรือนเพาะชำ ขนาด 4X6 เมตร ในปีนี้มีครู จำนวน 9 คน เป็นชาย 2 คน หญิง 7 คน และมีนักเรียน 162 คนเป็นชาย 81 คน หญิง 81 คน
ปีการศึกษา 2531 ได้รับงบประมาณจากทางราชการจำนวน 72,000 บาท เพื่อสร้างถังน้ำซีเมนต์เก็บน้ำฝน จำนวน 2 ชุด
ปีการศึกษา 2535 ทางราชการได้แต่งตั้งนายตบินทร์ เสาวรัญ มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดมะม่วงสองต้นและนายธรรมดี จิตมนัส ไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านทวดเหนือ เมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม 2535
ปีการศึกษา 2537 นายตบินทร์ เสาวรัญ เกษียณอายุราชการ นายสมศักดิ์ ประจิมพันธ์ อาจารย์ 2 ระดับ 6 โรงเรียนวัดมะม่วงสองต้น รักษาการแทนในตำแหน่งอาจารย์ใหญ่เมื่อวันที่
1 ตุลาคม 2537 เมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน 2537 ทางราชการได้แต่งตั้งให้ นายวิรัตน์ ศรีเปารยะ
มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดมะม่วงสองต้น
ปีการศึกษา 2539 โรงเรียนได้รับรางวัลที่ 2 ประเภทโรงเรียนจัดกิจกรรม กศ.พช. ดีเด่น ระดับอำเภอ และรางวัลที่ 3 ประเภทโรงเรียนดีเด่น (ขนาดเล็ก) ระดับอำเภอ
ปีการศึกษา 2540 โรงเรียนเปิดสอนในระดับก่อนประถมศึกษา โดยเปิดหลักสูตรอนุบาล 1
(4 ขวบ) และในปีนี้โรงเรียนได้รับรางวัลที่ 1 ประเภทโรงเรียนดีเด่น(ขนาดเล็ก) ระดับอำเภอ และรางวัล
ที่ 2 ประเภทโรงเรียนจัดกิจกรรม กศ.พช. ดีเด่น ระดับอำเภอ
ปีการศึกษา 2541 โรงเรียนได้ดำเนินการพัฒนาคุณภาพการศึกษาได้เป็นที่น่าพอใจ และเปิดสอน ตั้งแต่ระดับอนุบาล 1-2 ระดับประถมศึกษาปีที่ 1-6
ปีการศึกษา 2542 โรงเรียนได้จัดทำธรรมนูญโรงเรียนเป็นฉบับแรก และจัดทำมาตรฐานโรงเรียน เพื่อเตรียมพัฒนาโรงเรียนทั้งด้านการบริหาร ด้านการเรียนการสอน และด้านคุณภาพ กำหนดเป็นแนวทางการพัฒนาตามระบบ ตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พุทธศักราช 2542
ปีการศึกษา 2543 โรงเรียน ได้จัดการเรียนการสอนตามแนวปฏิรูปการศึกษา และโรงเรียนได้รับคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนแกนนำปฏิรูปการศึกษาระดับกลุ่มโรงเรียน
วันที่ 1 กันยายน 2543 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดนครศรีธรรมราช ได้แต่งตั้ง
นายจักรทิพย์ บุญถนอม มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนนี้ แทนนายวิรัตน์ ศรีเปารยะ ซึ่งเสียชีวิตในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน มีข้าราชการครู จำนวน 9 คน และนักการภารโรง 1 คน นักเรียน
จำนวนทั้งสิ้น 141 คน
ปีการศึกษา 2544 มีข้าราชการที่ปฏิบัติการสอนอยู่จริง จำนวน 9 คน มีนักเรียนจำนวน
133 คน จัดการเรียนการสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาล ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 รวม 8 ห้องเรียน
ปีการศึกษา 2545 มีข้าราชการครูปฏิบัติการสอนอยู่จริง จำนวน 9 คน มีนักเรียนจำนวน
124 คน
ปีการศึกษา 2546 มีข้าราชการครูปฏิบัติการสอนอยู่จริง จำนวน 9 คน มีนักเรียนจำนวน
107 คน
ปีการศึกษา 2547 มีข้าราชการครูปฏิบัติการสอนอยู่จริงจำนวน 7 คน มีนักเรียนจำนวน86 คน ปีนี้ไม่ได้ชั้นเรียนอนุบาล เนื่องจากได้ตกลงกับอบต.มะม่วงสองต้นให้รับผิดชอบจัดเป็นศูนย์พัฒนาเด็ก
ก่อนวัยเรียน
ปีการศึกษา 2548 มีนักเรียนจำนวน 70 คน มีครู จำนวน 7 คน
ปีการศึกษา 2550 มีนักเรียน จำนวน 72 คน มีครู จำนวน 6 คน
ปีการศึกษา 2551 มีนักเรียน จำนวน 85 คน มีครู จำนวน 6 คน
ปีการศึกษา 2552 มีนักเรียน จำนวน 84 คน มีครู จำนวน 6 คน (รวมอัตราจ้าง 1 คน)พนักงานธุรการ 2 คน
ปีการศึกษา 2553 มีนักเรียน จำนวน 71 คน มีครู จำนวน 6 คน (รวมอัตราจ้าง 1 คน)
พนักงานธุรการ 1 คน
ปีการศึกษา 2554 มีนักเรียน จำนวน 66 คน มีครู จำนวน 5 คน พนักงานธุรการ 1 คน พนักงานขับรถ 1 คน โรงเรียนวัดราษฎร์ประดิษฐ์ได้นำนักเรียนตั้งแต่ชั้น ป.1 – ป.6 มาเรียนร่วมกัน และมีครูจากโรงเรียนวัดราษฎร์ประดิษฐ์ จำนวน 2 คน มาสอนร่วมกัน
ปีการศึกษา 2557 มีนักเรียน จำนวน 51 คน มีครูจำนวน 4 คน เจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน พนักงานขับรถ 1 คน พี่เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน โรงเรียนวัดราษฎร์ประดิษฐ์ได้นำนักเรียนตั้งแต่ชั้น ป. 4-5 มาเรียนร่วมกัน และมีครูจากโรงเรียนวัดราษฎร์ประดิษฐ์ จำนวน 2 คน มาสอนร่วมกัน
ปีการศึกษา 2558 มีนักเรียน จำนวน 46 คน มีครูจำนวน 4 คน เจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน พนักงานขับรถ 1 คน พี่เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน โรงเรียนวัดราษฎร์ประดิษฐ์ได้นำนักเรียนชั้น ป. 5 มีนักเรียนจำนวน 2 คน มาเรียนร่วมกัน และมีครูจากโรงเรียนวัดราษฎร์ประดิษฐ์ จำนวน 2 คน มาสอนร่วมกัน
ปีการศึกษา 2560 มีนักเรียน จำนวน 42 คน มีครูจำนวน 4 คน เจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน พนักงานขับรถ 1 คน พี่เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน
ปีการศึกษา 2561 มีนักเรียน จำนวน 42 คน มีครูจำนวน 4 คน เจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน พนักงานขับรถ 1 คน พี่เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน
ปีการศึกษา 2562 มีนักเรียน จำนวน 43 คน มีครูจำนวน 4 คน เจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน พนักงานขับรถ 1 คน พี่เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน
ปีการศึกษา 2563 มีนักเรียน จำนวน 48 คน มีครูจำนวน 4 คน เจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน พนักงานขับรถ 1 คน พี่เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน