โรงเรียนบ้านยางน้ำกลัดใต้ ในอดีตตั้งอยู่หมู่ที่ 2 ตำบลยางน้ำกลัดใต้ อำเภอหนองหญ้าปล้อง จังหวัดเพชรบุรี เมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม 2507 โดยมีนายสามัคคีนาคะเวช เป็นครูใหญ่คนแรกมีนักเรียนทั้งหมด 37 คน
ปี พ.ศ. 2511 ได้ย้ายมาสร้างโรงเรียนในที่แห่งใหม่ ที่หมู่ 1 ตำบลยางน้ำกลัดใต้ โดยมีเนื้อที่ 6 ไร่ 2 งาน 94 ตารางวา ซึ่งประชาชนได้บริจาค เป็นที่ตั้งโรงเรียนปัจจุบันนี้
ปี พ.ศ. 2512 นายสามัคคี นาคะเวช ย้ายไปดำรงตำแหน่งหัวหน้าหมวดการประถมศึกษา องค์การบริหารส่วนจังหวัดเพชรบุรี และนายอังคาร ทัพนาค ได้มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน
ปี พ.ศ. 2524 นายสมยศ จันทรวงศ์ ได้ย้ายไปเป็นศึกษานิเทศก์อำเภอ และนายไพฑูรย์ ไชยสมนึก มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่
ปี พ.ศ. 2525 ได้รับจัดสรรตำแหน่งนักการภารโรง 1 อัตรา
ปี พ.ศ. 2530 นายไพฑูรย์ ไชยสมนึก ย้าย และนายสมชัย บังจิต ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่
ปี พ.ศ. 2531 โรงเรียนได้รับอนุมัติตำแหน่งจาก ก.ค. เป็นตำแหน่งอาจารย์ใหญ่
ปี พ.ศ. 2533 นายสมชัย บังจิต ย้าย และนายประสาท โชคลาภ ได้มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่แทน เมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2533
ปี พ.ศ. 2536 นายประสาท โชคลาภ ย้าย และนายปรีชา อารมณ์สว่าง มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่แทน เมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2536
วันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2539 ได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารศูนย์การศึกษาและวัฒนธรรมพื้นบ้าน ด้วยงบบริจาคจากมูลนิธิโซไซไกจากประเทศญี่ปุ่น เป็นเงิน 675,000 บาท ผ่านโดยมูลนิธิดวงประทีป โดยนางรจนา แพรศรีทอง นายพิทยา อินทร์มี และนางวรรณา อินทร์มี เป็นผู้ประสานงาน และดำเนินการจัดหางบประมาณ ก่อสร้างเสร็จเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2539 โดยจัดเป็นห้องสมุดโรงเรียนและชุมชน ห้องทอผ้ากะเหรี่ยง และห้องฝึกงานอาชีพ ซึ่งนายเสริมศักดิ์ สาสงเคราะห์ ได้จัดหางบประมาณเพื่อจัดซื้อเครื่องมือ ตู้ โต๊ะฝึกงานและอื่น ๆ เป็นเงิน 70,000 บาท และคณะครูได้จัดหางบประมาณสร้างระบบน้ำประปาโรงเรียนเป็นเงิน 25,000 บาท
วันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2551 นายปรีชา อารมณ์สว่าง เกษียณอายุราชการ โดยมีนายพิทยา อินทร์มี ทำหน้าที่รักษาราชการแทนผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านยางน้ำกลัดใต้
วันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552 ว่าที่ร.ต.ประเสริฐ รุจิรา ย้ายมารับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านยางน้ำกลัดใต้ วิทยฐานะชำนาญการพิเศษ ตำแหน่งเลขที่ 3050
ปี พ.ศ. 2552 – พ.ศ. 2553ปรับปรุงห้องส้วม จำนวน 4 ห้อง ปรับปรุงโรงอาหาร โดยดีดหลังคาให้สูงขึ้น พร้อมถมดินสูง 50 เซนติเมตร และปูกระเบื้องเคลือบ ปรับปรุงฟื้นฟูบริเวณโรงเรียน ใช้งบประมาณบริจาค เป็นเงิน 500,000 บาท สร้างถนนคอนกรีตภายใน ยาว 100 เมตร ปรับปรุงอาคารเรียนแบบ สปช. 017 ใช้งบประมาณของทางราชการ เป็นเงิน 450,000 บาท
ปี พ.ศ. 2553 - พ.ศ. 2554 ได้ปรับปรุงต่อเติมห้องสมุดโรงเรียน ห้องสมุดสืบค้น ห้องประชุมเล็กพร้อมติดตั้งเครื่องปรับอากาศ ห้องกิจกรรมทอผ้ากะเหรี่ยง อาคารพยาบาล (ใช้สำหรับเป็นห้องพยาบาลและห้องปฏิบัติการ กิจกรรม อย.น้อย) ใช้งบประมาณบริจาค 1,500,000 บาท
ปีการศึกษา 2554 โรงเรียนได้รับรางวัลในระดับประเทศ 3 รางวัล ได้แก่ 1)รางวัล สถานศึกษารับรางวัลพระราชทาน ระดับมัธยมศึกษา 2) ได้รับการรับรองเป็นโรงเรียนต้นแบบโรงเรียนในฝันรุ่นที่ 3 โรงเรียนดีใกล้บ้าน และ 3) โรงเรียนจัดกิจกรรมเตาน้ำส้มควันไม้ รางวัลรองชนะเลิศ ตามโครงการอาหารกลางวันแบบยั่งยืน ของสำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา
ปีการศึกษา 2555 ปัจจุบันโรงเรียนเปิดสอน 3 ระดับ ได้แก่ ระดับก่อนประถมศึกษา มีนักเรียน 51 คน ระดับประถมศึกษา มีนักเรียน 101 คน และระดับมัธยมศึกษาตอนต้น มีนักเรียน 77 คน มีนักเรียนรวม 229 คน แยกเป็นชาย 118 คน และหญิง 111 คน มีครูปฏิบัติการจำนวน 14 คน แยกเป็นครูชาย 6 คน ครูสตรี 8 คน