โรงเรียนเริ่มดำเนินการสอนตั้งแต่เดือนมกราคม พ.ศ. 2465  โดยอำมาตย์โทหลวงชำนาญนิติกรกิจ  มีนายอำเภอบ้านแหลมและพระอธิการจุ่น  เจ้าอาวาสวัดบางขุนไทรในสมัยนั้นเป็น     ผู้อุปการะ  โดยใช้ศาลาการเปรียญเป็นสถานที่เรียน  มีนักเรียน  65  คน  มีครู  2  คน  โดยมีนายชั้ว   สุขลีเส็ง  เป็นครูใหญ่  เปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมปีที่  1-  ชั้นประถมปีที่  4

           ในปี  พ.ศ.  2482  มีจำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้น อาคารเรียนมีไม่พอเพียง     เจ้าอาวาสวัดบางขุนไทร  หมื่นธนาภิทักษ์    กำนัน  และชุมชน  ได้ร่วมกันสร้างและบริจาคเงิน  เป็นอาคารไม้  2  ชั้น  ขนาด  9  X 18  เมตร  และให้ชื่อว่า    โรงเรียนวัดบางขุนไทร (ผดุงวิทยา)

           ปี  พ.ศ.  2499  คณะกรรมการสถานศึกษาร่วมกับขุนวิภาศดรุณการสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรของบประมาณสร้างอาคารเรียน  แบบ  ป 1 ข  พิเศษ  มีมุข  ขนาด  8  X  48  เมตร

           ปี  พ.ศ. 2509 – 2511  นายนุกูล   สุมะตินันท์  ครูใหญ่  ร่วมกับพระครูวชิรวุฒิกรเจ้าอาวาสวัดบางขุนไทร   นายสมัคร   วงษ์ใหญ่   กำนันตำบลบางขุนไทร   ได้สร้างอาคารเรียนเพิ่มเติมแบบ ป.1ข 4  ห้องเรียน    และได้งบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ  014  กรมสามัญศึกษา 1 หลังพร้อมทั้งขยายชั้นเรียนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่  7

           ปี พ.ศ. 2516 ได้รับคัดเลือกเป็นโรงเรียนชุมชน   และได้รับงบประมาณสร้างโรงฝึกงาน     1 หลัง บ้านพักครู  2  หลัง

           ปี  พ.ศ. 2519 นายชลอ   ธรรมศิริ ขณะดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมการปกครองได้ร่วมก่อสร้างอาคารเรียนแบบ  004  จำนวน  2  ชั้น  8  ห้องเรียน  บ้านพักครู 1 หลัง  ในปีนี้ได้รับรางวัลลำดับที่ 2  ในการเข้าประกวดโรงเรียนดีเด่นระดับจังหวัด

           ปัจจุบัน  ชุมชน  พ่อค้า  ประชาชน  เจ้าอาวาสวัดบางขุนไทร  ร่วมกันบริจาคเงิน  ก่อสร้างอาคารเรียน   อาคารประกอบ   อุปกรณ์การเรียนการสอนต่างๆ  รวมกับงบประมาณของทางราชการ  จนทำให้โรงเรียนมีอาคารเรียน  และอุปกรณ์ต่างๆ  เพียงพอกับการจัดกิจกรรมการเรียนรู้ให้กับนักเรียนและมีการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงเรื่อยมาทั้งด้านการจัดกิจกรรมการเรียนการสอน  และสิ่งก่อสร้างที่เอื้อต่อการจัดกิจกรรมการเรียนรู้