พันธกิจโรงเรียนบ้านโตนดน้อย
1.พัฒนาผู้เรียนให้มีคุณภาพตามมาตรฐานการศึกษา มีสุขภาพกายและสุขภาพจิตที่สมบูรณ์ มีคุณธรรม จริยธรรม คุณลักษณะค่านิยมที่พึงประสงค์และรับผิดชอบต่อสังคม
2.ส่งเสริมครูและบุคลากรทางการศึกษาให้มีความรู้ ความสามารถ มีคุณภาพตามมาตรฐานวิชาชีพ
3.พัฒนาการบริหารจัดการศึกษาอย่างมีระบบตามหลักธรรมาภิบาล
4.พัฒนาสถานศึกษาให้เป็นแหล่งเรียนรู้และมีสภาพแวดล้อมที่เอื้อต่อการเรียนรู้อย่างมีคุณภาพ
5.ประสานความร่วมมือระหว่างโรงเรียน ผู้ปกครอง ชุมชน และสร้างภาคีเครือข่าย เพื่อสนับสนุนการจัดการศึกษา
6.สร้างนักเรียนให้มีคุณภาพ จัดกิจกรรมการเรียนการสอนรวมทั้งกิจกรรมต่างๆภายในโรงเรียนที่สอดแทรกคุณธรรมจริยธรรม ปลูกฝังค่านิยมและจิตสำนึกที่ดีงามให้เกิดขึ้นในตัวนักเรียน โดยสอดแทรกคุณธรรมจริยธรรมของนักเรียนตามแนวทางคุณธรรมพื้นฐาน 8 ประการ ค่านิยม 12 ประการ
7.ยกกระดับผลสัมฤทธิ์ทางการเรียน 5สาระหลัก ภาษาไทย คณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ ภาษาอังกฤษ สังคมศึกษาตั้งแต่ ป.1-ป.6 ให้เต็มตามศักยภาพและมุ่งสู่มาตรฐานการศึกษา ชาติ เน้นการพัฒนาทักษะในศตวรรษที่ 21 อาทิ ทักษะการคิดอย่างมีวิจารณญาณ การแก้ปัญหา การอ่านออก เขียนได้ คิดเลขเป็น โดยเน้นให้ผู้เรียนชั้น ประถมศึกษาปีที่ 1 อ่านออก เขียนได้ เพื่อหล่อหลอมคุณลักษณะที่ดีให้แก่ผู้เรียนไม่ว่าจะเป็นความรับผิดชอบ ความมีวินัย ซื่อสัตย์อดทนส่งเสริมการเรียนรู้ให้ผู้เรียนยึดหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียงใน การดำเนินชีวิต เพื่อการพัฒนาอย่างยั่งยืน