โรงเรียนตลาดเกาะแรต เปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ 9 ตุลาคม พ.ศ.2482 โดยใช้ห้องแถวในตลาดเกาะแรตเป็นสถานที่เรียน

โดยมีนายปลูก วงษ์จักซี่ (ศรีธงชาติ) เป็นผู้รักษาการแทนครูใหญ่ มีครู 2 คน นักเรียนจำนวน 63 คน

                         พ.ศ. 2489 ได้ย้ายอาคารเรียนไปสร้างอาคารชั่วคราวในที่สาธารณะด้านทิศใต้ของตลาดเกาะแรต   ต่อมาอาคารหลังนี้ได้ถูก

พายุพัดพังจนไม่สามารถซ่อมแซมได้ จึงได้ซื้อบ้านนายเชื้อ บุญคาม ซึ่งอยู่ทางทิศตะวันออกด้านริมคลองหน้าตลาดเป็นจำนวนเงิน 400บาท

โดยได้รับความร่วมมือจากคณะครูและประชาชนร่วมบริจาคสร้างเป็นอาคารเรียนเมื่อวันที่ 1 กันยายน พ.ศ.2491 และมีจำนวนนักเรียนเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ

จนสถานที่คับแคบไม่เพียงพอกับจำนวนนักเรียนและประกอบกับมีน้ำท่วม  ทำให้นักเรียนต้องหยุดเรียนทุกปี  ปีละ 2 – 3 เดือน

                         พ.ศ.2496 ขุนเชาวัน ปรีชา ศึกษาธิการจังหวัดนครปฐม นายเฉลิม สุวรรณเนตร นายอำเภอบางเลนและนายประเชิญ  ฟักประไพ

ครูใหญ่ ได้ร่วมมือกับนายประกาศ  ศรียิ่งยงค์ กำนันตำบลบางปลา ได้สำรวจที่ดินสาธารณประโยชน์ที่เคยได้ปลูกสร้างอาคารเรียนครั้งก่อน 

เห็นว่ามีเนื้อที่กว้างขวางพอจึงได้ตกลงเป็นเอกฉันท์ทำการปลูกสร้างอาคารเรียนในเนื้อที่  9 ไร่ 36 ตารางวา เป็นที่ตั้งโรงเรียนตลาดเกาะแรต

มาจนถึงปัจจุบัน