พ.ศ.๒๔๖๒ หลวงธานินทร์ปฐมรัตน์และประชาชนได้สร้างโรงเรียนนี้ขึ้นลนที่ดิน ๑ ไร่ ซึ่งนายชม หิรัญรัตน์ อุทิศให้ ๓ งาน นายพัน ภู่รุ่งเรือง อุทิศให้ ๑ งาน สิ้นค่าก่อสร้างเป็นเงินจำนวน ๑,๕๐๐ บาท(หนึ่งพันห้าร้อยบาท) ชื่อโรงเรียน"ธานินทรประชานุกูล"
เปิดเรียนเมื่อวันที่ ๑๑ ตุลาคม พ.ศ.๒๔๖๒ สอนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๓ นายสมาน สุชาติกุล เป็นครูใหญ่ ดำรงอยู่ได้โดยเก็บค่าเล่าเรียน
พ.ศ.๒๔๖๕ ได้เปลี้่ยนเป็นโรงเรียนประชาบาล เปลี่ยชื่อเป็นโรงเรียนประชาบาลตำบลบางยุง(ธานินทรประชานุกูล) เปิดสอนชั้นประถมศึกษา
พ.ศ.๒๔๘๓ สร้างอาคารเรียนแบบ ป.๒ เป็นอาคารไม้สองชั้นแบบถาวร จำนวน ๘ ห้องเรียน งบประมาณ ๑๕,๐๐๐ บาท (หนึ่งหมื่นห้าพันบาท) ใช้เป็นสถานที่เรียน เมื่อวันที่ ๑๕ ธันวาคม ๒๔๘๓
พ.ศ.๒๕๑๐ จำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้น อาคารเรียนไม่เพียงพอและสถานที่จะสร้างอาคารเพิ่มไม่กว้างพอ นายพวง พันธุลาภ ศึกษาธิการจังหวัดนครปฐม นายอาณัติ กระสินธุ์ นายอำเภอบางเลนและนายเฉลิม สิทธิชัย ศึกษาธิการอำเภอบางเลน ได้ของบประมาณจำนวน ๒๕๗,๙๙๙ บาท (สองแสนห้าหมื่นเจ็ดพันเก้าร้อยเก้าสิบเก้าบาท) ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ๐๐๘ จำนวน ๖ ห้องเรียน บนที่ดินของนางอนงค์ สุนทานนท์ อุทิศให้ ๕ ไร่ ๑ งาน ๒๐ วา นายสวัสดิ์ ฟักประไพ อุทิศให้ ๒ ไร่ ๓ งาน ๖๐ ตารางวา รวมเป็นเนื้อที่ ๘ ไร่ ๘๐ วา อยู่ห่างจากอาคารเรียนเดิม ๘๐๐ เมตร เปิดใช้เป็นสถานที่เรียนเมื่อวันที่ ๒๔ มกราคม พ.ศ.๒๕๑๑
พ.ศ.๒๕๑๕ ท่านเจ้าคุณพระอุดรคุณารักษ์(กิตติวุฒโฑภิกขุุ) ได้ก่อสร้างอาคารเรียนคอนกรีตเสริมเหล็กใต้ถุนสูง ขนาด ๕ ห้องเรียน พร้อมโต๊ะ เก้าอี้ครู นักเรียน ส้วม ๑๐ ที่นั่ง งบประมาณ ๘๐๐,๐๐๐ บาท(แปดแสนบาท) สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี เสด็จทรงเปิดอาคารเรียนเมื่อวันที่ ๗ กุมภาพันธ์ พ.ศ.๒๕๑๖
พ.ศ.๒๕๒๓ ได้รับงบประมาณ ๑,๑๐๐,๐๐๐ บาท (หนึ่งล้านหนึ่งแสนบาท) ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ๐๑๗ จำนวน ๔ ห้องเรียน และได้รับงบประมาณต่อเติมชั้นล่าง ๔ ห้องเรียน จำนวน ๑๓๙,๐๐๐ บาท (หนึ่งแสนสามหมื่นเก้าพันบาท) ในปี พ.ศ.๒๕๒๕
พ.ศ.๒๕๒๒ ได้รับงบประมาณสร้างโรงฝึกงานแบบกรมสามัญ ๓๑๒ ขนาด ๗x๑๗.๕๐ เมตร
พ.ศ.๒๕๒๖ ได้รับงบประมาณสร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบ สปช.๒๐๒/๒๖ ขนาด ๑๐x๒๐ เมตร จำนวนเงิน ๒๖๓,๐๐๐ บาท (สองแสนหกหมื่นสามพันบาท) และได้รับงบประมาณจำนวน ๗๙๘,๐๐๐ บาท (เจ็ดแสนเก้าหมื่นแปดพันบาท) ก่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช.๑๐๕/๒๖ ขนาด ๑๐x๓๖ เมตร ๔ ห้องเรียน
พ.ศ.๒๕๒๗ ได้รับงบประมาณ จำนวน ๔๓,๗๕๐ บาท(สี่หมื่นสามพันเจ็ดร้อยห้าสิบบบาท) สร้างส้วม แบบ สปช.๖๐๒ จำนวน ๕ ที่นั่ง พร้อมที่ปัสสาวะชาย
พ.ศ.๒๕๒๘ ได้รับงบประมาณ ๑๕,๐๐๐ บาท (หนึ่งหมื่นห้าพันบาท) สร้างเรือนเพาะชำ แบบ พ.๑
พ.ศ.๒๕๓๐ ประชาชนบริจาคทรัพย์สร้างหอส่งนำ้บาดาล ถังนำ้ซีเมนต์สูง ๘ เมตร เป็นเงินจำนวน ๕๐,๐๐๐ บาท (ห้าหมื่นบาท)
พ.ศ.๒๕๓๑ ได้รับงบประมาณ ๖๙๙,๐๐๐ บาท(หกแสนเก้าหมื่นเก้าพันบาท) สร้างบ้านพักครู แบบ ๓๐๓/๒๘ จำนวน ๔ ยูนิต
พ.ศ.๒๕๓๓ ได้รับงบประมาณต่อเติมอาคารเรียนแบบ สปช.๑๐๕/๒๖ ชั้นล่าง ๔ ห้องเรียน จำนวนเงินงบประมาณ ๒๔๐,๐๐๐ บาท (สองแสนสี่หมื่นบาท)
พ.ศ.๒๕๓๖ ได้รับงบประมาณ ๔๙๐,๐๐๐ บาท (สี่แสนเก้าหมื่นบาท) สร้างบ้านพักครู แบบ ๓๐๓/๒๘ จำนวน ๒ ยูนิต
พ.ศ.๒๕๓๘ ย้ายชั้นเด็กเล็กและชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ มาเรียน ณ ที่ตั้งโรงเรียนปัจจุบันและรื้อถอนอาคารเรียนแบบ ป.๒ เนื่องจากชำรุดทรุดโทรม ในปี พ.ศ.๒๕๓๙ เปิดสอนชั้นอนุบาล ๒ ห้องเรียน
พ.ศ.๒๕๔๒ ได้รับเงินบริจาคจำนวน ๖,๐๐๐ บาท (หกพันบาท) สร้างส้วม ๑ หลัง ๔ ที่นั่ง สำหรับเด็กอนุบาล
พ.ศ.๒๕๔๒ ได้รับงบประมาณ(มิยาซาวา) เป็นจำนวนเงิน ๑,๖๑๙,๐๐๐ บาท (หนึ่งล้านหกแสนหนึ่งหมื่นเก้าพันบาท) สร้างอาคารเรียนแบบ สปช.๑๐๕/๒๙ ขนาด ๔ ห้องเรียน ใต้ถุนสูง
พ.ศ.๒๕๔๓ สร้างอาคารห้องสมุดจากเงินบริจาคและวัสดุรื้อถอนอาคารเรียนแบบ ป.๒ และนายบุญสม ชมภูพงษ์ บริจาคเงินสร้างป้ายชื่อโรงเรียน จำนวน ๒๐๐,๐๐๐ บาท (สองแสนบาท) สโมสรโรตารีบางเลนร่วมกับสโมสรโรตารีสากล บริจาคคอมพิวเตอร์พร้อมอุปกรณ์จำนวน ๑๕ เครื่อง งบประมาณจำนวน ๔๔๘,๕๐๐ บาท(สี่แสนสี่หมื่นแปดพันห้าร้อยบาท) และผู้ปกครองนักเรียนบริจาค ๒ เครื่อง เป็นเงิน ๖๘,๔๓๐ บาท(หกหมื่นแปดพันสี่ร้อยสามสิบบาท)
พ.ศ.๒๕๔๕ ได้รับงบประมาณ ๙๐,๙๐๐ บาท (เก้าหมื่นเก้าร้อยบาท) สร้างส้วมแบบ สปช.๖๐๑/๒๖ ขนาด ๔ ที่นั่ง ๑ หลัง
พ.ศ.๒๕๔๗ นายบุญสม ชมภูพงษ์ บริจาคเงิน ๕๐,๐๐๐ บาท(ห้าหมื่นบาท) สร้างถนนคอนกรีต นางมาลี ลำใย บริจาคเงิน ๙๐,๐๐๐ บาท(เก้าหมื่นบาท) สร้างสวนสุขภาพ(Fitnes Park)
พ.ศ.๒๕๔๘ ได้รับคัดเลือกให้เป็น "โรงเรียนศูนย์ปฐมวัยต้นแบบ" ของอำเภอบางเลน
พ.ศ.๒๕๕๑ ได้รับงบประมาณ ๓๐๙,๐๐๐ บาท (สามแสนเก้าพันบาท) ก่อสร้างส้วมแบบ สปช.๖ ที่/๒๗ จำนวน ๖ ที่นั่ง ๑ หลัง
พ.ศ.๒๕๕๒ จัดตั้งศูนย์พระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ในโรงเรียน
พ.ศ.๒๕๕๔ สร้างโรงจอดรถจากเงินบริจาค เป็นเงิน ๒๒๐,๐๐๐ บาท (สองแสนสองหมื่นบาท) และปรับปรุงพื้นที่ใต้อาคารเรียน แบบ สปช.๑๐๕/๒๙ เป็นห้องอเนกประสงค์สำหรับจัดกิจกรรมต่าง ๆ และประชุม
พ.ศ. ๒๕๖๒-๒๕๖๓ นายณรงค์ เทียนพิทักษ์ ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบางเลน(บางเลนวิทยาคาร)
พ.ศ.๒๕๖๓-๒๕๖๕ นางศิวิไล ทีคำ ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบางเลน(บางเลนวิทยาคาร)
วันที่ ๑๘ พฤศจิกายน ๒๕๖๕ ดร.รัตนชัย เอี่ยมพิทักษ์พร ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบางเลน(บางเลนวิทยาคาร)