โรงเรียนคลองทางหลวง ตั้งขึ้นเมื่อวันที่  24 มิถุนายน  2491  บนที่ดินของ นายสมบูรณ์ และ นางบุญยง  บุญญานิตย์ เพื่อเป็นเกียรติแก่ท่านทั้งสองจึงนำชื่อและนามสกุลมาเป็นสร้อยของโรงเรียนว่า “สมบูรณ์บุญญานิตย์อนุสรณ์” เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4

                เดิมชื่อโรงเรียนนี้ว่า “โรงเรียนประชาบาลตำบลบางแก้ว 1(คลองทางหลวง)  มีอาคารหลังเดียว  รูปแบบทรงปั้นหยาชั้นเดียว  เสาไม้แก่น หลังคามุงจาก ไม่มีพื้นและไม่มีฝากั้นห้องเรียน ต่อมา พ.ศ. 2500  โรงเรียนชำรุดมาก จึงย้ายจากที่เดิมมาปลูกใหม่ใกล้คลอง สร้างอาคารเรียนแบบ  ป.1  พิเศษ มีมุขกลาง ทำพิธีเปิดป้ายอาคารเรียนเมื่อวันที่  16 ตุลาคม  2501 พร้อมทั้งเปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่ เรียกชื่อว่า “โรงเรียนคลองทางหลวง (สมบูรณ์บุญญานิตย์อนุสรณ์)    เดือนสิงหาคม 2516  ทางราชการได้อนุมัติงบประมาณสร้างอาคารเรียน แบบ 017 กรมสามัญศึกษา มี 4 ห้องเรียน น.พ.สนั่น บุญญานิตย์ บุตรชายของนายสมบูรณ์ และนางบุญยง บุญญานิตย์ ได้บริจาคเงินต่อเติมชั้นล่างอีก 4 ห้องเรียน  จึงตั้งชื่ออาคารเรียนหลังนี้ว่า “อาคารสนั่นบุญญานิตย์” ในปีนี้  เปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ 7  ต้นปี พ.ศ. 2531 ครอบครัวของนายสมบูรณ์ นางบุญยง  บุญญานิตย์ นำด้วยคุณเสาวณี  บุญญานิตย์  คุณเสนาะ พันธุมเสน  และภรรยาของ น.พ.สนั่น  บุญญานิตย์  ร่วมกันบริจาคทรัพย์  จำนวนประมาณ 1,700,000 บาท  (หนึ่งล้านเจ็ดแสนบาท)รื้อย้ายอาคารเรียน   แบบ  ป.1  พิเศษ    โรงอาหาร  ส้วม  และถังเก็บน้ำฝนไปปลูกสร้างใหม่ในที่ที่เหมาะสม   สำหรับอาคารเรียนนั้น  ได้ปลูกสร้างใหม่  จากชั้นเดียวเป็นสองชั้น    และชื่ออาคารว่า   “อาคารสมบูรณ์ - บุญยง บุญญานิตย์”

                ในปลายปี พ.ศ.2534 ครอบครัวบุญญานิตย์  ได้ร่วมกันบริจาคทรัพย์ก่อตั้งมูลนิธิพัฒนาการศึกษาโรงเรียนคลองทางหลวง  จำนวนเงิน   500,000  บาท (ห้าแสนบาท) พร้อมทั้งทำการสร้างรั้วคอนกรีต  รอบที่ดินของโรงเรียนยาวประมาณ  400 เมตร ราคาประมาณ  250,000 บาท   ในปีการศึกษานี้  โรงเรียนเปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้น อนุบาล 1 ถึง ชั้นประถมปีที่ 6