โรงเรียนบ้านแม่สะงาตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๒๑ สิงหาคม พ.ศ. ๒๔๗๙ โดยใช้ชื่อว่าโรงเรียนประชาบาลตำบลหมอกจำแป่ ๒ ( บ้านแม่สะงา ) อำเภอม่วยต่อ จังหวัดแม่ฮ่องสอน ผู้อุปการะคือ นายเปลี่ยน สิทธิเวช นายอำเภอ โดยอาศัยจัดเป็นที่เรียน พ.ศ. ๒๔๘๑ นายจายส่า เพียรสะอาด นายจายแสง แสงวนา และนายทุน มานิตกุล ได้อุทิศที่ดินเพื่อสร้างอาคารเรียนทางราชการ จึงสร้างอาคารเรียนให้ เปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ – ๔ ปัจจุบันมีเนื้อที่ ๓ ไร่ ๑ งาน ๖๗ ตารางวา ตามสค.๑ เลขที่ ๑๓๕ หมายเลขทะเบียน มส. ๑๔๑
พ.ศ. ๒๕๑๗ ได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครู หลังที่ ๑ เป็นเงิน ๓๐ ,๐๐๐ บาท
พ.ศ. ๒๕๑๙ ได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครู หลังที่ ๒ เป็นเงิน ๓๗,๐๐๐ บาท
พ.ศ. ๒๕๒๐ ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนถาวรหลังปัจจุบัน ๔ ห้องเรียนราคา ๒๒๐,๐๐๐ บาท ส้วมขนาด ๔ ที่นั่ง ๑ หลัง ราคา ๑๒,๐๐๐ บาท บ้านพักครูหลังที่ ๓ ราคา ๔๐,๐๐๐ บาท
พ.ศ. ๒๕๒๑ เปิดทำการสอน ป.๕ ตามหลักสูตรประถมศึกษา ๒๕๒๑
พ.ศ. ๒๕๒๓ โอนการศึกษาประชาบาลจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดไปขึ้นกับสำนักงานคณะกรรมการประถมศึกษาแห่งชาติ ( ส.ป.ช. ) กระทรวงศึกษาธิการ
พ.ศ. ๒๕๒๖ เข้าโครงการสองกลุ่มอายุเนื่องจากเด็กวัยเรียนได้ลดจำนวนลง จึงเกณฑ์เด็กเข้าเรียนปีเว้นปี
พ.ศ. ๒๕๓๑ เข้าโครงการส่งเสริมสมรรถภาพการสอน ( RIT ) เนื่องจากมีปริมาณนักเรียนต่ำ กว่า ๘๐ คน และได้รับงบประมาณสร้างถังเก็บน้ำฝนแบบฝ.๓๓ ๑ ชุด ๖๐,๐๐๐ บาท
พ.ศ. ๒๕๓๓ ได้รับจัดสรรงบประมาณติดตั้งไฟฟ้าโรงเรียน
พ.ศ. ๒๕๓๔ จัดสร้างรั้วคอนกรีตด้านหน้าโรงเรียนโดยรับบริจาคชุมชนและคณะครู-ภารโรง
พ.ศ. ๒๕๓๖ เข้าโครงการศึกษาเพื่อพัฒนาชนบท ( กศ.พช )
พ.ศ. ๒๕๓๙ หาเงินสร้างประตูและรั้วคอนกรีตโรงเรียน ราคา ๒๓,๗๕๘ บาท
พ.ศ. ๒๕๔๕ มีนักเรียนทั้งสิ้น ๖๒ คน มีครู ๔ คน
พ.ศ. ๒๕๔๘ มีนักเรียนทั้งหมด ๗๖ คน เป็นชาย ๓๕ คน หญิง ๔๑ คน มีครูประจำการ ๓ คน
พ.ศ. ๒๕๕๐ มีนักเรียนทั้งหมด ๖๔ คน มีครูประจำการทั้งหมด ๓ คน คือ นางสุภาณี นิมงคล ครู คศ.๒, นางดาลัด สุขจิต ครูคศ.๑ และนายศรีจันทร์ หลักฐาน ครู คศ.๑ มีครูพี่เลี้ยง จำนวน ๑ คน มีนักการภารโรง ๑ คนคือ นายตุ๋ย เชาว์พิกุล โดยมีนายสมชัย ลีลารัตนกุลเป็น ผู้อำนวยการสถานศึกษา และในปีนี้ได้รับบริจาคอาคารอเนกประสงค์จากบริษัทเมืองไทยประกันชีวิตจำนวน ๑ หลัง ราคา ๔๐๐,๐๐๐ บาท
พ.ศ. ๒๕๕๑ มีนักเรียนทั้งหมด ๖๔ คน มีครูประจำการทั้งหมด ๔ คน คือ นางสุภาณี นิมงคล ครู คศ.๒, นางดาลัด สุขจิต ครูคศ.๑ และนายศรีจันทร์ หลักฐาน ครู คศ.๑ มีครูพนักงานของรัฐ จำนวน ๑ คน มีครูพี่เลี้ยง จำนวน ๑ คน มีนักการภารโรง ๑ คนคือ นายตุ๋ย เชาว์พิกุล โดยมีนายสมชัย ลีลารัตนกุลเป็น ผู้อำนวยการสถานศึกษา
พ.ศ. ๒๕๕๒ มีนักเรียนทั้งหมด ๗๕ คน มีครูประจำการทั้งหมด ๔ คน คือ นางสุภาณี นิมงคล ครู คศ.๒, นางดาลัด สุขจิต ครูคศ.๑ และนายศรีจันทร์ หลักฐาน ครู คศ.๑ มีครูพนักงานของรัฐ จำนวน ๑ คน มีครูพี่เลี้ยง จำนวน ๑ คน มีนักการภารโรง ๑ คนคือ นายตุ๋ย เชาว์พิกุล โดยมีนายสมชัย ลีลารัตนกุลเป็น ผู้อำนวยการสถานศึกษา
พ.ศ. ๒๕๕๓ มีนักเรียนทั้งหมด ๖๕ คน มีครูประจำการทั้งหมด ๔ คน คือ นางสุภาณี นิมงคล ครู คศ.๒, นางดาลัด สุขจิต ครูคศ.๑ และนายศรีจันทร์ หลักฐาน ครู คศ.๒ มีครูพนักงานของรัฐ จำนวน ๑ คน มีนักการภารโรง ๑ คนคือ นายตุ๋ย เชาว์พิกุล โดยมีนายสมชัย ลีลารัตนกุลเป็น ผู้อำนวยการสถานศึกษา
พ.ศ. ๒๕๕๔ มีนักเรียนทั้งหมด ๕๙ คน มีครูประจำการทั้งหมด ๔ คน คือ นางสุภาณี นิมงคล ครู คศ.๒, นางดาลัด สุขจิต ครูคศ.๑ และนายศรีจันทร์ หลักฐาน ครู คศ.๒ มีครูพนักงานของรัฐ จำนวน ๑ คน คือ นายอนิวัตติ์ หนานยา มีนักการภารโรง ๑ คนคือ นายตุ๋ย เชาว์พิกุล โดยมีนายมานพ คงแก้ว เป็นผู้อำนวยการสถานศึกษา
พ.ศ. ๒๕๕๕ มีนักเรียนทั้งหมด ๕๙ คน มีครูประจำการทั้งหมด ๔ คน คือ นางสุภาณี นิมงคล ครู คศ.๒, นางดาลัด สุขจิต ครู คศ.๒ และนายศรีจันทร์ หลักฐาน ครู คศ.๒ มีครูพนักงานของรัฐ จำนวน ๑ คน คือ นายอนิวัตติ์ หนานยา มีนักการภารโรง ๑ คนคือ นายตุ๋ย เชาว์พิกุล โดยมีนายมานพ คงแก้ว เป็นผู้อำนวยการสถานศึกษา
พ.ศ. ๒๕๖๖ มีนักเรียนทั้งหมด ๓๒ คน มีครูประจำการทั้งหมด ๓ คน คือ นางสาวอ้อยใจ เพียรสะอาด ครู คศ.๓, นางศรีดา เลิศรัตน์ ครู คศ.๓ และนางสาวสิริภาคย์ ยอดทอง ครู คศ.๑ มีครูพี่เลี้ยง จำนวน ๑ คน คือ นางสาววรัญญา จิตอารีย์ มีเจ้าหน้าที่ธุรการ ๑ คนคือ นางสาวพิมพ์ใจ เพียรสะอาด โดยมีนายอรรถพล ชุมพู เป็นผู้อำนวยการสถานศึกษา
พ.ศ. ๒๕๖๗ มีนักเรียนทั้งหมด ๔๕ คน มีครูประจำการทั้งหมด ๓ คน คือ นางสาวอ้อยใจ เพียรสะอาด ครู คศ.๓, นางศรีดา เลิศรัตน์ ครู คศ.๓ และนางสาวสิริภาคย์ ยอดทอง ครู คศ.๑ มีครูพี่เลี้ยง จำนวน ๑ คน คือ นางสาววรัญญา จิตอารีย์ มีเจ้าหน้าที่ธุรการ ๑ คนคือ นางสาวพิมพ์ใจ เพียรสะอาด มีนักการภารโรง ๑ คน คือ นายชาญคณิต วิษณุคำภีร์โดยมีนายอรรถพล ชุมพู เป็นผู้อำนวยการสถานศึกษา ระดมทุนจากเทใจดอทคอมซ้อมแซมห้องสุขาด้วยงบประมาณ ๕๐,๐๐๐ บาท ได้รับงบประมาณในการซ่อมแซม สุขาดี มีความสุข จาก สพฐ. ๑๐,๐๐๐ บาท ได้งบประมาณซ่อมแซมอาคารเรียนอนุบาล งบปี ๒๕๖๗ จำนวน ๑๑๐,๖๐๐ บาท