โรงเรียนชุมชนบ้านหมอกจำแป่ ก่อตั้งขึ้นโดยความควบคุมของกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ ๑๖ สิงหาคม พ.ศ. ๒๔๗๙ โดยอาศัยศาลาวัดบ้านหมอกจำแป่ เป็นที่ทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ มีครูคนแรกชื่อ นายทองดี เพียรสุขุม เป็นครูใหญ่ ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๘๐ นายอิ่งต๊ะ ไม่ทราบชื่อสกุล ราษฎรบ้านหมอกจำแป่ ได้บริจาคที่ดิน จำนวน ๗ ไร่ ๓ งาน เพื่อสร้างเป็นโรงเรียนประถมของหมู่บ้าน และราษฎรได้ช่วยกันบริจาคทรัพย์ ร่วมแรงร่วมใจกันก่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้น ณ เลขที่ ๑๔๑ หมู่ที่ ๑ ตำบลหมอกจำแป่ ซึ่งเป็นที่ตั้งโรงเรียน ต่อมาทางราชการได้บรรจุแต่งตั้งข้าราชการครูเพิ่มอีกหนึ่งตำแหน่ง คือ นายสิงห์ ฉ่ำมณี
ปีพุทธศักราช 2580 นายทองดี เพียนสุขุม ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านปางหมู นายสิงห์ ฉ่ำมณี จึงได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ โรงเรียนบ้านหมอกจำแป่ แทนและได้รับงบประมาณจากทางราชการจำนวนหนึ่ง เพื่อก่อสร้างเป็นอาคารถาวร ซึ่งสร้างด้วยไม้ชั้นเดียว 4 ห้อง และราษฏรได้บริจาคเงินสมทบจำนวน 18,000 บาท นายเสรี พิทักษ์ ศึกษาธิการอำเภอ เป็นผู้ควบคุมอาคารก่อสร้าง แต่การก่อสร้างยังไม่แล้วเสร็จสมบูรณ์ เพราะงบประมาณไม่เพียงพอ ขณะนั้นทำการเปิดการสอน ชั้น ป.1 – ป.4 รวม 4 ชั้น
ปีพุทธศักราช 2499 ทางราชการได้ย้ายนายสิงห์ ฉ่ำมณี ไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่บ้านแม่สะงาและได้ย้ายนายโสธนัง วงค์อินทร์ ครูใหญ่โรงเรียนบ้านสบสอยมาดำรงตำแหน่งแทน ได้จัดโครงการหารายได้ เพื่อเป็นงบประมาณในการต่อเติมอาคารเรียนบางส่วน ได้รับงบประมาณต่อเติมอาคารเรียนจำนวน 80,000 บาท นายสะท้าน พรรณโรจน์ ศึกษาธิการอำเภอ เป็นผู้ควบคุมก่อสร้าง ทำให้อาคารเรียนเสร็จสมบูรณ์ตามแบบแปลน
ปีพุทธศักราช 2509 นายโสธนัง วงศ์อินทร์ ได้ลาออกจากราชการไปประกอบอาชีพอื่น ทางราชการจึงได้แต่งตั้งให้นายนิพนธ์ อภิวะ รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ และโรงเรียนได้โอนไปสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดกรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย
ปีพุทธศักราช 2513 นายนิพนธ์ อภิวะ ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ทางราชการได้ขยายการศึกษาภาคบังคับออกไปจนถึงชั้น ป. 7 และได้รับงบประมาณ จำนวน 120,000 บาท จากกองสลากกินแบ่งรัฐบาล เพื่อก่อสร้างอาคารแบบ ป.๑ ซ จำนวน 1 หลัง
ปีพุทธศักราช 2514 กรมการปกครอง ได้ให้งบประมาณ 160,000 บาท เพื่อก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1ซ. อีก 1 หลัง และงบประมาณสร้างบ้านพักครู จำนวน 25,000 บาท จำนวน 1 หลัง
ปีพุทธศักราช 2515 ได้รับงบประมาณก่อสร้างโรงฝึกงาน 1 หลัง และบ้านพักครู 1 หลัง
ปีพุทธศักราช 2516 ได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครู 2 หลัง
ปีพุทธศักราช 2517 นายนิพนธ์ อภิวะ ได้รับคำสั่งย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่บ้านแม่สะงาและได้ย้าย นายธงชัย ทุนคำ ครูใหญ่โรงเรียนบ้านแม่สะงามาดำรงตำแหน่งแทน ได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครู 1 หลัง 27,000 บาท ห้องส้วม 1 หลัง 10 ที่นั่ง งบประมาณรื้อถอนอาคารหลังเดิมเพื่อสร้างใหม่จาก 4 ห้อง เป็น 3 ห้องเรียน และย้ายอาคารไปสร้างใหม่ทางทิศตะวันตก
ปีพุทธศักราช 2518 นายธงชัย ทุนคำ ลาศึกษาต่อ ทางราชการได้แต่งตั้งให้นายสุพจน์ นิยมรัตน์ รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ ได้รับงบประมาณสร้างบ้านพักครู 2 หลัง
ปีพุทธศักราช 2519 องค์การบริหารส่วนจังหวัด ได้มีคำสั่งให้นายสุพจน์ นิยมรัตน์ ไปช่วยราชการ ณ สำนักงานบริหารส่วนจังหวัดแม่ฮ่องสอน และได้แต่งตั้งให้นายพิชัย วงศ์อินทร์ เป็นผู้รักษาการแทนในตำแหน่งครูใหญ่แทน ในปีนี้โรงเรียนได้เข้าร่วมโครงการโรงเรียนชุมชนของการปกครอง ได้รับงบประมาณสร้างโรงฝึกงานจำนวน 1 หลัง บ้านพักครู จำนวน 3 หลัง และได้ขยายพื้นที่ของโรงเรียนออกไปอีก 3 ไร่ 1 งาน รวมพื้นที่ทั้งหมด 11 ไร่
ปีพุทธศักราช 2520 ได้รับรางวัลชนะเลิศการประกวดรางวัลดีเด่น ด้านการเรียนการสอนด้านบริหาร ด้านการจัดและปรับปรุงบริเวณ ด้านชุมชนสัมพันธ์ ระดับจังหวัด จากองค์การบริหารส่วนจังหวัดแม่ฮ่องสอน
ปีพุทธศักราช 2520 นายธงชัย ทุนคำ ได้สำเร็จการศึกษาและกลับมาปฏิบัติราชการ
ปีพุทธศักราช 2521 ได้จัดการเรียนการสอนตามแนวหลักสูตร พ.ศ. 2521 เริ่มขึ้น ป. 1
ปีพุทธศักราช 2522 องค์การบริหารส่วนจังหวัด ได้ย้ายนายธงชัย ทุนคำ ไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่บ้านปางหมู และได้แต่งตั้ง นายพิชัย วงค์อินทร์ รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ และวันที่ 1 พฤษภาคม 2523 ได้แต่งตั้ง นายพิชัย วงค์อินทร์ ให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่
วันที่ 9 ตุลาคม 2523 โรงเรียนได้โอนมาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติกระทรวงศึกษาธิการ
วันที่ 23 พฤศจิกายน 2523 ได้รับรางวัลชนะเลิศในการปรับปรุงสุขาภิบาลโรงเรียน ระดับกระทรวงสาธารณะสุข และได้รับเลือกตั้งเป็นที่ทำการกลุ่มโรงเรียน
วันที่ 5 พฤษภาคม 2530 นายพิชัย วงค์อินทร์ ได้ย้ายไปตำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนเทศบาลเมืองแม่ฮ่องสอน นางพรริภา อัมมะรงค์ ได้รับแต่งตั้งให้รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่
วันที่ 9 ตุลาคม 2530 นายสมพงษ์ ณะรงค์ชัย ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่
ปีพุทธศักราช ๒๕๓๑ ได้รับงบประมาณจากโครงการยูนิเซฟ จำนวน ๘,๐๐๐ บาทเพื่อสร้างเครื่องเล่นสนามให้กับโรงเรียน
ปีพุทธศักราช ๒๕๓๒ ได้รับงบประมาณ ๒๘,๐๐๐ บาท สร้างเรือนเพาะชำ ๑ หลัง
ปีพุทธศักราช ๒๕๓๔ ได้รับคัดเลือกจากสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ ให้เป็นโรงเรียนในโครงการขยายโอกาสทางการศึกษา เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ ๑ ถึง ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓ และได้รับงบประมาณสร้างสนามวอลเลย์บอลจำนวน ๑ สนาม
ปีพุทธศักราช ๒๕๓๕ ได้รับงบประมาณ สร้างอาคารเรียน แบบ สปช.๑๐๕/๒๙ จำนวน ๑ หลัง งบประมาณ ๒,๐๗๕,๐๐๐ บาท
ปี พ.ศ. ๒๕๓๗ ได้รับจัดสรรงบประมาณ ติดตั้งไฟฟ้าในอาคารเรียน สปช.๑๐๕/๒๙
ปี พ.ศ. ๒๕๓๙ ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วม แบบ สปช.๖๐๑/๒๖ จำนวน ๑หลัง ๔ ที่นั่ง
ปีพุทธศักราช ๒๕๔๐ ได้รับงบประมาณต่อแบบอาคารเรียน อาคารอเนกประสงค์โดยเปลี่ยนแปลงหลังคา งบประมาณ ๙๘,๐๐๐ บาท ได้รับงบประมาณปรับปรุงและจัดซื้อครุภัณฑ์ห้องวิทยาศาสตร์ จำนวน ๑๐๑,๙๐๐ บาท และปรับปรุงห้องเรียนเป็นห้องปฏิบัติการทางภาษา จำนวน ๑ ห้อง ได้รับงบประมาณจัดซื้อครุภัณฑ์ประจำห้องปฏิบัติการทางภาษา งบประมาณซ่อมแซมอาคารเรียน แบบ ป.๑ ซ จำนวน ๑ หลัง จำนวน ๓๔,๙๐๐ บาท
ปีพุทธศักราช ๒๕๔๑ ได้รับงบประมาณซ่อมแซมบ้านพักครู ๑ หลัง และรั้วด้านหลัง จำนวน ๑๔,๐๐๐ บาท สร้างส้วมแบบ สปช ๖๐๑/๒๑ จำนวน ๑ หลัง ๒ ที่นั่ง จำนวน ๕๔,๐๐๐ บาท
ปีพุทธศักราช ๒๕๔๒ ได้รับงบประมาณ ปรับปรุงห้องครัว จำนวน ๓๐,๐๕๐ บาท งบประมาณ ซ่อมแซมบ้านพักครู ๓ หลัง จำนวน ๗๕,๐๐๐ บาท และได้รับบริจาคที่ดินจาก นางไฝ คำแสน จำนวน ๑๘๘ ตารางวา ให้แก่โรงเรียน
ปีพุทธศักราช ๒๕๔๖ ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วมแบบ สปช.๖๐๑/๒๖ ขนาด ๒ ที่นั่ง จำนวน๕๑,๕๐๐ บาท งบประมาณเรื่องอุปกรณ์ประจำห้องวิทยาศาสตร์ จำนวน ๑๙๕,๐๐๐ บาท
ปีพุทธศักราช ๒๕๕๒ ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.๑๐๕/๒๙ แทนอาคารเรียนแบบ ป.๑ ซ จำนวน ๒,๖๗๒,๐๐๐ บาท งบประมาณซ่อมแซมอาคารพักนอนนักเรียน/บ้านพักครู จำนวน ๓๕๐,๐๐๐ บาท
ปีพุทธศักราช ๒๕๕๓ ได้รับงบประมาณสร้างส้วม สปช ๖๐๔/๔๕ ขนาด ๔ ที่นั่ง ๑ หลัง จำนวน ๒๔๐,๐๐๐ บาท งบประมาณส่งเสริมกีฬาไทยและกีฬาพื้นบ้านจำนวน ๒๑,๕๘๙ บาท งบประมาณจัดหาระบบคอมพิวเตอร์และอินเตอร์เน็ตความเร็วสูง จำนวน ๕๖๖,๔๖๐ บาท งบประมาณซ่อมแซมส้วมแบบ สปช ๑๐๒/๒๖ จำนวน ๗๗,๐๐๐ บาท งบประมาณซ่อมแซมห้องสมุด จำนวน ๑๕๐,๐๐๐ บาท งบประมาณจัดหาระบบคอมพิวเตอร์และอุปกรณ์ประจำห้องสมุด จำนวน ๑๑๒,๘๔๐ บาท งบประมาณพัฒนาสื่ออิเล็กทรอนิกส์ จำนวน ๕๐,๐๐๐ บาท งบประมาณวัสดุสิ่งพิมพ์ จำนวน ๗๐,๐๐๐ บาท งบประมาณปรับปรุงอาคารพักนอนชั่วคราว จำนวน ๖๕๐,๐๐๐ บาท งบประมาณค่าอาหารนักเรียนพักนอนโรงเรียนในพื้นที่ยากลำบาก จำนวน ๑๗๗,๐๐๐ บาท
ปีพุทธศักราช ๒๕54 ได้รับงบประมาณสนับสนุนในการจัดซื้อเครื่องดนตรี(วงดุริยางค์)จากองค์การบริหารส่วนจังหวัดแม่ฮ่องสอน จำนวน 268,000 บาท
ปีพุทธศักราช ๒๕54 นายสมพงษ์ ณะรงค์ชัย ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ สกสค.
จังหวัดแม่ฮ่องสอน นายสมชัย ลีลารัตนกุล ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านแม่สะงา จึงได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนชุมชนบ้านหมอกจำแป่ จนถึงปัจจุบัน
วันที่ 21 สิงหาคม พ.ศ. 2555 จัดทอดผ้าป่าสามัคคีโรงเรียนเพื่อสร้างอาคารเรียนปฐมวัย จำนวน 1 หลัง
ปีพุทธศักราช ๒๕56 ผ่านการประเมินโรงเรียนดี ศรีตำบล โดยสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
วันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2555 มูลนิธิสามสาระ ได้บริจาคเงิน จำนวน 47,500 บาท ในการ
สร้างห้องส้วมนักเรียน จำนวน 1 หลัง และเครื่องกรองน้ำดื่มสำหรับนักเรียน จำนวน 1 เครื่อง
วันที่ ๑๙ กุมภาพันธ์ พ.ศ. 255๗ มูลนิธิสามสาระ ได้บริจาคเงิน จำนวน 130,000 บาท ในการ
สร้างหอพักนักเรียน จำนวน 1 หลัง
ปีพุทธศักราช ๒๕๕๘ ได้รับโรงผลิตน้ำดื่มสะอาด ตามโครงการพัฒนาแหล่งน้ำบาดาลเพื่อสนับสนุนน้ำดื่มสะอาด จากกรมทรัพยกรน้ำบาดาล กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
ในปีการศึกษา ๒๕๕๙ โรงเรียนโรงเรียนชุมชนบ้านหมอกจำแป่ สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาแม่ฮ่องสอนเขต ๑ จัดการศึกษาตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาล ๑ ถึง ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓ มีนักเรียนทั้งสิ้น ๒๘๖ คน ข้าราชการครู ๒๐ คน พนักงานราชการ ๒ คน ครูพี่เลี้ยง ๑ คน เจ้าหน้าที่ธุรการ ๑ คน ภารโรง ๑ คน โดยมี นายสมชัย ลีลารัตนกุล เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน