โรงเรียนบ้านปงใหม่  ก่อตั้งขึ้นเมื่อ  วันที่  1   มิถุนายน  พ.ศ. 2482  ชื่อว่า  โรงเรียนบ้านหัวนาตั้งอยู่ที่บ้านหัวนา  ตำบลสบบง  อำเภอเชียงคำ  จังหวัดพะเยา  โดยมีนายโพธิมา  รวมสุข  เป็นครูใหญ่  ซึ่งมีอาคารชั่วคราวหลังคามุงจากใช้เป็นอาคารเรียน  มีครู  2  คน  และมีนักเรียนในปีแรกจำนวน  43  คน

          ต่อมาเมื่อวันที่  15  พฤษภาคม  พ.ศ. 2494  ได้ย้ายสถานที่ตั้งของโรงเรียนมาตั้งอยู่ที่หมู่ที่  8  บ้านปงใหม่  ซึ่งเป็นสถานที่ในปัจจุบันนี้

          วันที่  18  ธันวาคม  พ.ศ. 2505  ได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น  โรงเรียนบ้านปงใหม่ 

          พ.ศ. 2537 ได้ขยายการจัดการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้น ตามโครงการขยายโอกาสทางการศึกษา  ชั้น ม.1  และครบชั้น  ม. 3 ในปี พ.ศ. 2539  

          ปัจจุบันโรงเรียนบ้านปงใหม่ ได้จัดการศึกษา  3 ระดับ คือ ระดับก่อนประถมศึกษา ระดับประถมศึกษา และระดับมัธยมศึกษาตอนต้น