โรงเรียนบ้านไชยสถาน เริ่มก่อตั้งเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2510 และเปิดทำการสอน วันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2510 ณ หมู่ที่ 4 ตำบลเชียงม่วน อำเภอเชียงม่วน จังหวัดพะเยา ด้วยความร่วมแรงร่วมใจกันของราษฎร และผู้นำหมู่บ้านที่เห็นความสำคัญของการศึกษา และคำนึงถึงความยากลำบากของบุตรหลานที่ต้องเดินทางไปเรียนที่โรงเรียนบ้านหลวง จึงได้จัดสร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้น ในเนื้อที่ที่ราษฎรได้จับจองไว้ใช้เป็นที่สาธารณะประโยชน์ จำนวน 5 ไร่ 3 งาน 91 ตารางวา และได้โอนนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – ชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 จำนวน 109 คน จากโรงเรียนบ้านหลวงมาเข้าเรียน ทางราชการได้แต่งตั้งให้ นายสมฤทธิ์ ศรีนุรักษ์ มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ จนถึงปี พ.ศ.  2514 ต่อมามีผู้มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ อาจารย์ใหญ่ และผู้อำนวยการโรงเรียน ดังนี้

          1.  นายประมวล    อินวกุล        ปี  พ.ศ. 2514  -  พ.ศ. 2519

          2.  นายสินาด    จารุสาร          ปี  พ.ศ. 2519  -  พ.ศ. 2526

          3.  นายสังวาลย์    ออมสิน        ปี  พ.ศ. 2526  -  พ.ศ. 2535

          4.  นายสมบัติ    เร่งเร็ว            ปี  พ.ศ. 2535  -  พ.ศ. 2545

          5.  นายสมพงษ์   ไชยสิงห์         ปี  พ.ศ. 2545  -  พ.ศ. 2550

          6.  นายสมบูรณ์  แสนอุ้ม            ปี  พ.ศ. 2550  -  พ.ศ. 2564

ปัจจุบันโรงเรียนบ้านไชยสถาน  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาพะเยา เขต 2  เปิดทำการสอน ตั้งแต่ชั้นอนุบาล 2 - ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีนายกฤษฎิ์ กาบทุม มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน  เมื่อวันที่ 14  ตุลาคม  พ.ศ. 2564  จนถึงปัจจุบัน