โรงเรียนบ้านน้ำจุน  ก่อตั้งขึ้นเมื่อ วันที่  8  กรกฎาคม พ.ศ. 2501 เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้น ประถมศึกษาปีที่ 1 - 4  โดยการนำของนายหน่อ  สิทธิภา 

ผู้ช่วยผู้ใหญ่บ้านพร้อมด้วยราษฎรบ้านน้ำจุน  ได้พร้อมกันจัดหาพื้นที่ เพื่อจัดตั้งโรงเรียนขึ้น โดยมี นายเงิน  ใจวังโลก  ครูใหญ่โรงเรียนบ้านลอ ได้ให้การสนับสนุน

ได้สำรวจเด็กนักเรียนที่เข้าเกณฑ์ ในการเรียน เสนอต่อนายอำเภอ และศึกษาธิการอำเภอเชียงคำ  จนได้รับอนุญาตจากทางราชการให้จัดตั้งโรงเรียนบ้านน้ำจุนโรงเรียนบ้านน้ำจุน

               โรงเรียนบ้านน้ำจุน ได้เปิดทำการสอน  2  ระดับ คือระดับปฐมวัย ชั้นอนุบาลปีที่ 1 และชั้นอนุบาลปีที่  2  จำนวน  2  ห้องเรียน  ระดับประถมศึกษา  ชั้นประถมศึกษาปีที่  1 – 6 

จำนวน 6  ห้องเรียน  นักเรียน  68  คน ชาย 35  คน หญิง 33 คน ครูปฏิบัติการสอน 4  คน ผู้บริหาร 1 คน ลูกจ้างประจำ 1  คน  ผู้บริหารโรงเรียน คือ  นายสิงหา  กาชัย 

ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ วันที่ 26  มิถุนายน พ.ศ. 2551  จนถึงปัจจุบัน