โรงเรียนบ้านหนองเขียว ก่อตั้งขึ้นเมื่อปีพุทธศักราช ๒๕๒๗ โดยความริเริ่มของมูลนิธิโครงการหลวงหนองเขียว ซึ่งเป็นหน่วยงานในโครงการพระราชดำริ เมื่อวันที่ ๔ มิถุนายน ๒๕๒๗ โดยสร้างเป็นอาคารชั่วคราว ณ บริเวณปากทางเข้าหมู่บ้านหนองเขียว มีนักเรียนในขณะนั้น ๑๕๔คน ต่อมาชมรมวิทยาลัยพัฒนา วิทยาลัยครูเชียงใหม่ ในขณะนั้นเห็นว่าโรงเรียนตั้งอยู่ไกลจากหมู่บ้านใหม่สามัคคีมาก จึงย้ายมาตั้งใหม่บริเวณกึ่งกลางระหว่างหมู่บ้านหนองเขียวกับหมู่บ้านใหม่สามัคคี  ซึ่งเป็นที่ตั้งของโรงเรียนในปัจจุบัน  และได้ร่วมกับหน่วยทหารชุด ศปศ.๓๑๓ บ้านนาหวาย สร้างอาคารเรียนกึ่งถาวรขนาด ๔ ห้องเรียนขึ้นเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๒๘ ต่อมาได้โอนโรงเรียนมาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  และตั้งชื่อว่า “โรงเรียนบ้านอรุโณทัย สาขาบ้านหนองเขียว”  และในวันที่ ๑๗ พฤศจิกายน ๒๕๒๙ ได้จัดตั้งเป็นโรงเรียนเอกเทศ ชื่อว่า “โรงเรียนบ้านหนองเขียว”

                    ต่อมาในวันที่ ๗ กรกฎาคม ๒๕๔๖ ได้รับคำสั่งกระทรวงศึกษาธิการ ที่ ๔/๒๕๔๖ ลว. ๗ ก.ค. ๔๖ เรื่อง ให้ข้าราชการและลูกจ้างปฏิบัติราชการในเขตพื้นที่การศึกษา และประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง โอนโรงเรียนสังกัดสำนักคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ ให้ไปสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา โรงเรียนบ้านหนองเขียวจึงอยู่ในสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาเชียงใหม่ เขต ๓ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ