โรงเรียนนาแกพิทยาคม   เดิมชื่อ โรงเรียนนาแก  ได้รับอนุญาตให้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน  พ.ศ. 2494 สังกัด

กองโรงเรียนรัฐบาลส่วนภูมิภาคกรมวิสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ โดยได้รับการบริจาคที่ดิน  นส.3 ก  ทะเบียนเลขที่ 2287 เลขที่ดิน  276  จาก นายเขียน   มีระหงษ์  (ปัจจุบันเสียชีวิตแล้ว) และนางเก มีระหงษ์ ภรรยาโดยบริจาคให้องค์การบริหารส่วนจังหวัดนครพนมเพื่อประโยชน์ของการศึกษาประชาบาลอำเภอนาแก 

          แรกเริ่มจัดตั้งโรงเรียนจัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรมัธยมสามัญตามหลักสูตรวิสามัญ ในระดับชั้น ม.1 - ม.3   มีนายสว่าง  ศิริจันทร์  รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่  ในปี พ.ศ. 2504  ได้โอนมาสังกัดกองการศึกษาพิเศษ  กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ   จัดการเรียนการสอนในระดับประถมศึกษาตอนปลาย  (ป.5-ป.7) ปี พ.ศ.2520 ได้เปลี่ยนชื่อเป็น  โรงเรียนนาแกพิทยาคม  และโอนมาสังกัดกองการมัธยมศึกษา   กรมสามัญศึกษา   จัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น  พุทธศักราช  2503  เปิดสอนชั้น  ม.ศ.1-ม.ศ.3 ปี พ.ศ. 2522 จัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้นพุทธศักราช  2521  เปิดสอนในระดับชั้น  ม.1 –  ม.3  ในปี พ.ศ. 2527 โรงเรียนได้เข้าโครงการปรับปรุงโรงเรียนมัธยมศึกษาขนาดเล็ก  (ค.ป.ล.) รุ่นที่ 1 ในปี พ.ศ.2536 โรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปิดสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายตามหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนปลาย  พุทธศักราช 2524 (ฉบับปรับปรุง พ.ศ.2533) 

          ปัจจุบันโรงเรียนจัดการเรียนการสอนประเภทสหศึกษาในระดับชั้น  ม.1 – ม.6