โรงเรียนบ้านหนองซน  ตั้งอยู่ที่บ้านหนองซน  หมู่ที่  ๘ ตำบลหนองซน  อำเภอนาทม จังหวัดนครพนม สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครพนม เขต ๒ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ เมื่อปี  พ.ศ. ๒๔๗๗  เริ่มแรกโรงเรียนบ้านหนองซนไม่มีอาคารเรียน ต้องอาศัยใช้ศาลาวัดศรีบุญสงค์ซึ่งตั้งอยู่ที่บ้านหนองซน  หมู่ที่  ๘   เป็นที่ทำการเรียนการสอน   เปิดทำการเรียนการสอน ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔ โดยมีครูใหญ่ คือ นายสินธุ์ ติยะบุตร   ต่อมาเมื่อวันที่  ๑๕  มีนาคม  พ.ศ.  ๒๔๘๗   ได้ก่อตั้งโรงเรียนขึ้น ซึ่งเป็นอาคารเรียนชั่วคราว  โดยมีครูใหญ่  คือ นายกอง  สมดีตี  สังกัดสามัญศึกษา  และเมื่อปี พ.ศ.  ๒๕๑๐  องค์การบริหารส่วนจังหวัดนครพนม 
ได้จัดสรรงบประมาณประจำปี  สร้างอาคารเรียนแบบ  ป.๑ ฉ /๓  จำนวน  ๓  ห้องเรียน  ๑  หลัง  และชาวบ้านจัดหาที่ดินให้โรงเรียนเป็นเนื้อที่  จำนวน ๔๙  ไร่  ๑  งาน  ๑๖  ตารางวา  และต่อมาทางราชการได้สนับสนุนงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน อาคารประกอบ บ้านพักครู และบุคลากรเพิ่มเติม และได้พัฒนามาตามลำดับ
ปัจจุบันโรงเรียนบ้านหนองซน  ได้พัฒนาการเรียนการสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาล ๑,อนุบาล ๒  ถึงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖  มีข้าราชการครู   ๑๑  คน ลูกจ้างชั่วคราว  ๖  คน  โดยมีนายนิคม 
สีแสงจันทร์ เป็นผู้อำนวยการสถานศึกษา