โรงเรียนบ้านนาอินทร์นาโอนาคอยพัฒนา  เดิมชื่อโรงเรียนบ้านนาอินทร์  ก่อตั้งเมื่อวันที่  5  มีนาคม  2482  เป็นโรงเรียนประชาบาลใช้หลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการ  มีหมู่บ้านในเขตบริการ  3  หมู่บ้าน  คือบ้านนาอินทร์  บ้านนาโอและบ้านนาคอย  ครูคนแรกคือนายสานต์  เจริญวงศ์  จัดการเรียนการสอนที่ศาลาวัดทรายศรี  บ้านนาอินทร์  ตำบลนาเดื่อ  อำเภอศรีสงคราม  จังหวัดนครพนมเปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนบ้านนาอินทร์  นาโอ  นาคอยพัฒนา  เมื่อวันที่  9  ตุลาคม  2544  ตามประกาศคณะกรรมการการประถมศึกษาจังหวัดนครพนม  ลงวันที่  11  ธันวาคม  2544  โดยนายวิทย์     ลิมมานนท์วลาชัย

 ผู้ว่าราชการจังหวัดนครพนม

พ.ศ. 2508  ได้รับเงินอุดหนุนสร้างโรงเรียนเป็นเอกเทศและใช้เป็นสถานที่ในปัจจุบัน  ตั้งอยู่หมู่ที่  5  บ้านนาอินทร์  ตำบลนาเดื่อ  อำเภอศรีสงคราม  จังหวัดนครพนม  ระยะทางห่างจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครพนม  เขต 2  ระยะทาง  15  กิโลเมตร

พ.ศ.  2536  ย้ายสังกัดจากองค์การบริหารส่วนจังหวัด  ขึ้นตรงต่อสำนักงานการประถมศึกษาแห่งชาติ   (สปช.)  จัดการเรียนการสอน  ป. 1 -  6

พ.ศ.  2527  เปิดสอนระดับก่อนประถมศึกษาถึงชั้นประถมศึกษาปีที่  6

พ.ศ.  2537  เปิดนำร่องขยายโอกาสทางการศึกษาเมื่อวันที่  16  พฤษภาคม  2537 

พ.ศ.  2546  (  16  พฤษภาคม  2546  )  เริ่มใช้หลักสูตรสถานศึกษา  2546  เปิดใช้ในชั้นประถมศึกษาปีที่  1  ชั้นประถมศึกษาปีที่  4  ชั้นมัธยมศึกษาปีที่  1  เพื่อให้สอดคล้อง  พ.ร.บ.การศึกษาแห่งชาติ  พ.ศ.  2542  ตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย  พุทธศักราช  2540

พ.ศ.  2546  เปลี่ยนแปลงสังกัดจาก  สปช.  เป็น  สพฐ.  (สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน)  โรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานครพนมเขต  2  เมื่อวันที่  7  กรกฎาคม  2546

ผู้บริหารคนปัจจุบัน  คือ  นายเจริญพร   คำจารย์  โดยปฏิบัติหน้าที่ตั้งแต่วันที่   14   ธันวาคม  2554