โรงเรียนบ้านดอนดู่  เดิมชื่อว่า  "โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดนพิทักษ์สันติราชวิทยา"  ตั้งอยู่หมู่ที่ 10 บ้านดอนดู่  ตำบลไชยบุรี  อำเภอท่าอุเทน  จังหวัดนครพนม  ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 9  กันยายน พ.ศ. 2506   โดยมี  ส.ต.ต. พีรพงษ์  สุวรรณ   พลฯสมัคร  ปราโมทย์  อึ้งวานิช  เป็นครูทำการสอนโดยใช้ศาลาการเปรียญวัดโพธิ์ศรีเป็นอาคารเรียนชั่วคราว  มีนักเรียนทั้งสิ้น  32  คน  ต่อมาเดือนกุมภาพันธ์  พ.ศ.  2507  ได้สร้างอาคารใหม่ทางทิศใต้ของวัดโพธิ์ศรี  โดยกองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดน เขต 4 มีการสับเปลี่ยนกำลังให้ พลฯปริญญา  บัวรอด เป็นครูใหญ่  เดือน สิงหาคม พ.ศ.2426 ได้รับเงินซ่อมแซมอาคารเรียน  จำนวนเงิน  3,378  บาท  เดือนพฤษภาคม   พ.ศ. 2527  การไฟฟ้านครหลวงร่วมกับการไฟฟ้าจังหวัดนครพนมได้ก่อสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ใช้งบประมาณ 465,000 บาท สร้างเสร็จเมื่อวันที่8  ธันวาคม  พ.ศ.  2527   วันที่  12  พฤศจิกายน  พ.ศ.  2528  วันที่  ได้โอนมาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติและได้เปลี่ยนชื่อมาเป็นโรงเรียนบ้านดอนดู่

วันที่ 1  เดือนกันยายน  พ.ศ. 2531  นายนครราช  อันสุข  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่คนแรก   

นายบุญช่วย  อุดมผลมาบรรจุเป็นครูคนแรก 

วันที่ 1  เดือน พฤศจิกายน  พ.ศ.  2532  นายทองเปลี่ยน  ตามา  ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่    

วันที่  26  เดือน กันยายน พ.ศ.  2534 นายปรีชา  จีรพัทธ์พงศกร เจ้าหน้าที่ฝึกอบรม 4สปจ. นครพนม  ย้ายมาดำรงดำแหน่งครูใหญ่  

วันที่  30  เดือนพฤศจิกายน  พ.ศ. 2536  นายนพพร  พรหมจันทร์ ครูใหญ่โรงเรียนบ้านนาดอกไม้ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่  

วันที่  1  พฤษภาคม  พ.ศ.  2537  นายวิทวัส  บุญรักษาครูใหญ่บ้านนาดีหัวดู  สปอ.  บ้านแพงย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่

วันที่  22  เดือนมีนาคม  พ.ศ. 2542  คณะผ้าป่าแรงงานจากประเทศสิงคโปร์บริจาคเงินสร้างอาคารเรียนอนุบาล  เป็นจำนวนเงิน  85,000  บาท   

วันที่ 23  เดือน กรกฎาคม  พ.ศ.  2544  นายปิยะ  มั่นธง  อ.1 โรงเรียนราษฎร์สามัคคี  ย้ายมารักษาการในตำแหน่งครูใหญ่  และได้รับคำสั่งจากคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  ให้ดำรงครูใหญ่ตั้งแต่วันที่  13  เดือน กรกฎาคม  พ.ศ. 2544 

วันที่  19  เดือน ตุลาคม  พ.ศ.  2549  นายนิรันดร์  แก้วฝ่าย  รองผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านข่า  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านดอนดู่ 

วันที่  6 - 8 เดือนกุมภาพันธ์  พ.ศ. 2550  โรงเรียนบ้านดอนดู่ได้รับการประเมินภายนอกจาก  ส.ม.ศ. รอบ  2  โดยมีนายนิพนธ์  ธัญหมอ  และ นายสิงแก้ว  พงษ์ปวณ  เป็นผู้ประเมิน   

วันที่ 8 กรกฎาคม  พ.ศ.  2553  นายสนอง เดชทะสอน ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านใหม่วังเซือม  ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านดอนดู่

วันที่ 25 ธันวาคม 2556 นายประสิทธิ์ ขุณิกากอน ย้ายมาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านดอนดู่

วันที่ 1 มีนาคม  2562 นางศรีแพ  ผลบุญ ครู โรงเรียนบ้านนาคำ ได้มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านดอนดู่