โรงเรียนบ้านคำบอน ได้เริ่มทำการสอนเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๙๖ โดยอาศัยศาลาวัดบ้านคำบอนเป็นที่พักสงฆ์เป็นที่สอนนักเรียน นายธนู คงสุวรรณ เป็นผู้ก่อตั้งเริ่มแรกให้นายบุญมี วงค์สง่า ดำรงตำแหน่งเป็นครูใหญ่ ต่อมาได้รับมอบหมายจากชาวบ้านให้นำนักเรียนถากถางป่าด้านทิศตะวันตกให้เป็นที่สร้างอาคารแบบเรียน ป.๑ ฉ. โดยความร่วมมือร่วมใจจากชาวบ้านและได้ครูเพิ่ม ๒ คน เมื่อ ปี พ.ศ. ๒๔๙๗ ได้แต่งตั้งให้นาย ค่ำ ปาละสิทธิ์ เป็นครูใหญ่โรงเรียนได้เพิ่มกิจกรรมการเรียนการสอนตามหลักสูตรที่กระทรวงกำหนดและเปิดทำการสอนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ ในปี พ.ศ. ๒๕๒๐ นายนพคุณ (ค่ำ) ปาละสิทธิ์ ได้ลาออกจากราชการและได้แต่งตั้งนายฮองชัย ไพรีรณ มาดำรงตำแหน่งแทน ปี พ.ศ. ๒๕๔๒ ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่บ้านหนองจาน นายสมพร กองแก้ว มารับตำแหน่งครูใหญ่แทน ปี พ.ศ. ๒๕๔๖ นายสมพร กองแก้ว ไปบรรจุตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านทุ่งปลากัด สปอ.สว่างแดนดิน นายฮองชัย ไพรีรณ กลับมารับตำแหน่งแทนอีกครั้ง จนถึงปี พ.ศ. ๒๕๔๘ นายฮองชัย ไพรีรณ ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านนาดี อำเภอเจริญศิลป์ และนายปรีดี ราชกรมได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคำบอน ต่อมา วันที่ ๕ มิถุนายน ๒๕๕๒ นายปรีดี ราชกรม ได้รับคำสั่ง สพท. สกลนครเขต ๓ ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านสร้างฟาก และนายทรงฤทธิ์ วงศ์คำจันทร์ ได้รับคำสั่งแต่งตั้งให้มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคำบอนและรับคำสั่ง สพป.สน ๒ ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน และนายธนบดี อินลี มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคำบอน เมื่อวันที่ ๑ ธันวาคม ๒๕๕๓ จนถึงปัจจุบัน
