โรงเรียนบ้านห้วยแคน  ตั้งขึ้นครั้งแรกเมื่อปี  พ.ศ. 2484  ที่วัดบ้านห้วยแคนหมู่  7  มีชื่อว่า  “โรงเรียนวัดบ้านห้วยแคน”  โดยใช้ศาลาวัดเป็นที่จัดกิจกรรมการเรียนการสอน  มีครู  2  คน  คือ  นายสอน  ทัศคร  เป็นครูใหญ่  และนายสายภูละคร  ป็นครูผู้สอน 

ปี   พ.ศ. 2513  ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนถาวร  แบบ  02  จำนวน  2  ห้องเรียน  เป็นจำนวนเงิน  60,000  บาท จึงย้ายจากที่ออกจากวัด  มาปลูกสร้างอาคารเรียนแห่งใหม่ในที่

สาธารณะของหมู่บ้านห้วยแคน หมู่ที่ 9  ตำบลตองโขบ อำเภอโคกศรีสุพรรณ จังหวัดสกลนคร  ห่างจากที่เดิม  2  กิโลเมตร  ในเนื้อที่  21  ไร่  เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1  ถึงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่  4

            จากนั้นเป็นต้นมาโรงเรียนได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากภาครัฐและเอกชนตามสมควรเรื่อยมา  จนถึงปีที่รายงาน(ปีการศึกษา  2556)  โรงเรียนเปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่  1  ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6  มีข้าราชการครู  6  คน  ชาย  1  คน  หญิง  5  คน  นักการภารโรง  1  คน  จำนวนนักเรียน  93  คน  แยกเป็นระดับชั้นอนุบาล  21    คน  ระดับชั้นประถมศึกษา  72 คน   นักเรียนชาย   40  คน    นักเรียนหญิง   32  คน