โรงเรียนบ้านจันทร์เพ็ญ เดิมเป็นโรงเรียนราษฎร์ชื่อ โรงเรียมารีย์นุเคราะห์
ตั้งอยู่บริเวณวัดคาทอลิค บ้านจันทร์เพ็ญ หมู่ 1 ตำบลจันทร์เพ็ญ โดยมีบาทหลวง
คำผง   กายราช เป็นผู้ดำเนินกิจการ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2499 ถึง ปี พ.ศ. 2520
จึงได้โอนกิจการของโรงเรียนให้องค์การบริหารส่วนจังหวัดสสกลนครในขณะนั้น
เป็นผู้ดำเนินกิจการจัดตั้งเป็นโรงเรียนประชาบาลและเปลี่ยนชื่อเป็น
“โรงเรียนบ้านจันทร์เพ็ญ” เปิดทำการสอนตั้งแต่ประถมศึกษาปีที่ 1 ถึง
ชั้นประถมศึกษาปีที่ 7 โดยอาศัยอาคารเรียนเดิมของโรงเรียนมารีย์นุเคราะห์
เป็นสถานที่ทำการสอนชั่วคราว มีข้าราชการครูครั้งแรก 7 คน
มีนายชาญชัย   งอยผาลา เป็นผู้รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่
   ในปี พ.ศ. 2521 จังหวัดสกลนคร ได้จัดสรรงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน
แบบ 001 ขนาด 2 ชั้น 10 ห้องเรียน ซึ่งมีผู้บริจาคที่ดินให้ตั้งโรงเรียนแห่งใหม่
จำนวน 27 ไร่  3 งาน 47.60 ตารางวา  จึงย้ายมาเรียนที่ตั้งโรงเรียนใหม่
เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2522 เป็นต้นมา โดยมีนายชาญชัย   งอยผาลา
ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง อาจารย์ใหญ่เป็นคนแรก