โรงเรียนบ้านสันติสุขสระแก้ว เป็นโรงเรียนที่จัดการศึกษาตั้งแต่ระดับอนุบาลปีที่ ๒ ถึงประถมศึกษาปีที่ ๖ เดิมเป็นโรงเรียนสาขาของโรงเรียนบ้านหนองแสงดงอีบ่าง ตำบลนาแต้ อำเภอคำตากล้า จังหวัดสกลนคร เริ่มจัดการเรียนการสอนตั้งแต่วันที่ ๒ สิงหาคม ๒๕๒๕ ต่อมาชุมชนในหมู่บ้านสันติสุขและบ้านสระแก้ว เห็นความสำคัญของการจัดการศึกษาร่วมมือผลักดัน ให้โรงเรียนแห่งนี้เป็นเอกเทศ กระทรวงศึกษาธิการจึงประกาศให้โรงเรียนบ้านสันติสุขสระแก้วเป็นโรงเรียนรัฐบาลที่จัดการศึกษาระดับประถมศึกษา ตั้งแต่วันที่ ๑๐ พฤษภาคม ๒๕๔๘ และเมื่อวันที่ ๒๐ มิถุนายน ๒๕๔๘ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสกลนคร เขต ๓ มีคำสั่งแต่งตั้งให้นางพรนภา อัศวาวุฒิ มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนคนแรก ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่สอง คือ นางวรรณวิภา เฒ่าอุดม ผู้อำนวยการโรงเรียนคนที่สาม คือ นายประจักษ์ แสนพันนา และผู้อำนวยการคนปัจจุบัน คือ นายบัญชา คิดโสดา
