โรงเรียนบ้านดอนคำตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 12 สิงหาคม 2483 โดย ร.ต.ท.ถวิล  ธนศรีรังกูล นายอำเภอวานรนิวาสในขณะนั้น  เริ่มแรกได้อาศัยศาลาการเปรียญวัดศรีบุญเรืองบ้านดอนคำเป็นสถานที่เรียนชั่วคราว  และตั้งชื่อว่าโรงเรียนประชาบาลตำบลคำตากล้า(วัดบ้านดอนคำ) สังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดสกลนคร มีนายอินทร์  พันธุ์โยธิน เป็นครูใหญ่และครูประจำชั้น 

                   พ.ศ. 2509  นายกัลป์  อ่อนจงไกร ครูใหญ่ได้จับจองที่ดินสาธารณะจำนวน 13 ไร่ เพื่อสร้างที่ตั้งโรงเรียนใหม่ต่อมาชาวบ้านดอนคำบริจาคเพิ่มเป็นเนื้อที่ 24 ไร่กว่า ๆ และได้ตั้งเป็นเอกเทศมีอาคารเรียนถาวร  โดยได้ย้ายออกจากศาลาการเปรียญวัดบ้านดอนคำเมื่อวันที่  3  สิงหาคม  2513  ต่อมาเมื่อวันที่  1  ตุลาคม  2523 ได้โอนไปสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  กระทรวงศึกษาธิการ และในปี พ.ศ.2546 ได้เข้าสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสกลนคร เขต 3  ต่อมาในปี 2554  เป็นสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร เขต 3  สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  กระทรวงศึกษาธิการ  ปัจจุบันมีนางวราภรณ์  ทับทอง ครู คศ.2 รักษาราชการแทนตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเป็นผู้บริหารโรงเรียน 

                   โรงเรียนบ้านดอนคำ ตั้งอยู่  บ้านดอนคำ หมู่ที่  2  ตำบลนาแต้  อำเภอคำตากล้า  จังหวัดสกลนคร  อยู่ห่างจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสกลนครเขต 3  ระยะทาง  40 กิโลเมตร และอยู่ห่างจากตัวจังหวัดสกลนคร ระยะทาง 150  กิโลเมตร มีเนื้อที่จำนวนพื้นที่  24 ไร่ 3 งาน 42  ตารางวา  หมู่บ้านในเขตบริการมี 1 หมู่บ้าน คือ บ้านดอนคำ  สีประจำโรงเรียน คือ เหลือง-น้ำตาล  สีเหลือง หมายถึง ความเจริญงอกงามและก้าวหน้า   สีน้ำตาล หมายถึง  คุณธรรมความดี ความสำเร็จ ความพอเพียง และรู้รัก

สามัคคี  ต้นไม้ประจำโรงเรียน  ต้นบานบุรี ต้นไม้ที่แสดงถึง  ความสมัครสมานสามัคคี (ขึ้นเป็นกอ) ความเพียรพยายาม (การเติบโตออกดอกตลอดปี) ความประหยัดอดออม  (การดูดน้ำไว้หล่อเลี้ยงต้น)