โรงเรียนบ้านห้วยบุ่นนาทัน ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2485 โดยนายหนู ศิริกุล นายอำเภอพรรณานิคม เป็นผู้จัดตั้งด้วยเงินงบประมาณการประถมศึกษา ทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่1-4 มีนายมหา อุปการ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ เมื่อวันที่ 4 มิถุนายน 2487 ทางราชการได้แต่งตั้งนายเจียง กางทองมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่จนถึง พ.ศ. 2489 เมื่อวันที่8 พฤษภาคม 2489 ทางราชการได้แต่งตั้งนายสา ชินบุตร มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่จนถึงวันที่ 11 ตุลาคม 2493 เมื่อวันที่ 11 ตุลาคม 2493 ทางราชการได้แต่งตั้งนายเคน  โสมชัย มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่จนถึงวันที่ 1 กรกฎาคม 2496 เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม 2496 ทางราชการแต่งตั้งนายสิงคำ แก้วก่า มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ จนถึงวันที่ 1 กรกฎาคม 2500 เมื่อวันที่ 1กรกฎาคม 2500 ทางราชการแต่งตั้งนายยศ นาคบุตรศรี มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ จนถึงวันที่ 15 สิงหาคม 2501 เมือวันที่ 16 สิงหาคม 2401 ทางราชการให้นายประสาท จันทวงษ์ มารักษาการในตำแหน่งครูใหญ่จนถึงวันที่ 1 สิงหาคม 2502 เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2502 เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2502 ทางราชการแต่งตั้งนายวัง เทพิน มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ในปีนี้นายวัง เทพิน ได้ร่วมมือกับนายใคร เรือริรักษ์ (ผู้ใหญ่บ้านห้วยบุ่น) ยกโครงอาคารเรียนชั่วคราวต่อมาทางราชการงบประมาณสมทบก่อสร้างอาคารเรียนจนเสร็จ เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2506 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนหลังใหม่มีนักเรียนทั้งสิ้น 56 คน โดยมีนายวิไล จันฤาชัย เป็นครูใหญ่ เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม 2518 ได้รับงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดก่อสร้างอาคารเรียนแบบป๑ฉ.กว้าง 8.50 คูณ 18 สูง 2 เมตร งบประมาณ 95,000 บาทในปีพ.ศ. 2529 ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วมแบบ สปช 601/26 2ที่นั่ง จำนวนเงิน 20,000 บาท และได้ขอเพิ่มชื่อจากโรงเรียนบ้านห้วยบุ่นเป็นโรงเรียนบ้านห้วยบุ่นนาทันจนถึงปัจจุบัน ในปีพ.ศ. 2536 ได้รับหนังสือจากสำนักงานราชพัสดุจังหวัด ที่ สน. 0003/21289 ลว. 9 สิงหาคม 2536 เรื่องรังวัดปักหลักเขตที่ราชพัสดุ โดยมอบหมายให้นายผิน โนนคู่เขตโขง ตำแหน่งช่างสำรวจ 4 ได้มาทำการรังวัดทำแผนที่ปักหลักเขตที่ดินราชพัสดุแปลงหมายเลขทะเบียน สน. 932 ตำบลนาใน อำเภอพรรณานิคม จังหวัดสกลนคร ตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียนได้มีการปรับปรุงการกำหนดตำแหน่งเรื่อยมาจากครูใหญ่ อาจารย์ใหญ่ และในปีพ.ศ.2548 โรงเรียนบ้านห้วยบุ่นนาทันได้รับอนุมัติให้เป็นตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียน จนถึงปัจจุบัน โรงเรียนบ้านห้วยบุ่นนาทัน ตำบลนาใน อำเภอพรรณานิคม จังหวัดสกลนคร สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนครเขต 2 มีเนื้อที่ 10 ไร่  90 ตารางวา ปัจจุบัน นายศรี ปงผาบ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน ปีการศึกษา2560